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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-21 16:30:56 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-4-18 16:20
sob老师,请教一下计算结合能的问题。
1.在一篇文献中,团簇材料是各种金属与BnCn结合,如图1,文中计算了 ...

1 计算M(H2)n与BnCn的结合能。其中再减去(H2)n与BnCn的结合能更严格一些

2 可以

下次发帖时请把图片调整到合适尺寸,并且用jpg或者png格式,直接贴图而不作为附件上传,这样看起来方便得多还省服务器空间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-22 15:22:19 | 只看该作者 Only view this author

高斯不收敛问题

本帖最后由 文艺青年别装笔 于 2021-4-22 15:24 编辑

关于高斯模拟不收敛问题
我想计算该分子的过渡态,然后分子能量已经稳定,但是一直收敛失败。下面附上了一些关于计算程序的信息。
我计算过同样的分子,在缺少一个甲氧基的情况下,分子就可以正常收敛,得到我想要的过渡态结构。不知道是什么导致的,该分子确实可以形成,但多了一个甲氧基后,就无法收敛了。

%chk=E:\TS-duiwei-2.chk
# opt=(calcfc,tight,ts,cartesian,noeigentest,gdiis) freq ub3lyp/6-31g(d)
scrf=smd geom=connectivity

Title Card Required

0 2
C                  3.05602900    0.16201800   -0.59947100
C                  2.46107500    1.13255800   -1.53574400
C                  1.13969500    1.14883100   -1.76299800
C                  0.23122100    0.18571400   -1.08578900
C                  0.78676300   -0.77007500   -0.14552900
C                  2.12199500   -0.79685700    0.10212600
H                  3.15102500    1.81669400   -2.01979000
H                  0.67380600    1.84887000   -2.44970800
H                  0.08740500   -1.44613400    0.33085400
O                  4.26318700    0.12518900   -0.38204700
C                 -1.83272182    1.80603236   -0.35527739
H                 -2.32044382    1.08150536   -1.01578339
H                 -2.51192882    2.01015336    0.48040261
H                 -1.63940582    2.73057036   -0.90052039
C                 -0.54044282    1.23947936    0.16729261
O                 -0.98160800    0.22594200   -1.34693200
O                 -3.55260691   -1.66530455   -0.64190820
Cl                -2.24851691   -0.74841455   -0.93696720
O                 -0.63549982    0.06884036    0.84238861
O                  0.56732518    1.73510836    0.04638561
H                 -1.56402882   -0.22222264    0.90100761
O                  2.78897800   -1.61240300    0.92040100
C                  2.08686100   -2.49479100    1.82017800
H                  2.66512700   -2.49947700    2.74559500
H                  1.07178400   -2.15334300    2.02430600
H                  2.07293500   -3.49950300    1.38901000



屏幕截图 2021-04-22 152125.png (35.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

屏幕截图 2021-04-22 152125.png

屏幕截图 2021-04-22 152046.png (15.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

屏幕截图 2021-04-22 152046.png

TS-duiwei-2.gjf

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发表于 Post on 2021-4-22 21:22:21 | 只看该作者 Only view this author

Win10下运行G09W, 一修改Rou文件就报错

入手一个电脑,做高斯(大约都是50个非氢原子),配置如下:

现在在默认核数与内存的条件下运行G09w就可以,但是一修改Rou文件,比如改成(-M- 5120MB    -P- 20 )就报错,请问是怎么回事? 是系统的事儿吗?

12.png (155.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

12.png

1.png (260.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

1.png

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发表于 Post on 2021-4-22 21:27:00 | 只看该作者 Only view this author
看Sob老师博文《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://sobereva.com/439
“2 在Windows下安装和运行Gaussian ”
段落
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2021-4-23 22:16:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2021-4-23 22:18 编辑
sobereva 发表于 2021-4-21 16:30
1 计算M(H2)n与BnCn的结合能。其中再减去(H2)n与BnCn的结合能更严格一些

2 可以

sob老师,请问对于如图1的体系,算FeB3C3中金属与基底的结合能如何做呢?是首先将Fe去掉,其余部分不优化,算出能量,然后将Fe算出能量,两者加合与FeB3C3相减吗?

picture1.jpg (177.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 88)

picture1.jpg

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发表于 Post on 2021-4-23 22:28:05 | 只看该作者 Only view this author
用高斯计算完的结果,如果GaussView用不了的话,还有什么其它办法查看electron configuration吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-23 22:29:09 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-4-23 22:28
用高斯计算完的结果,如果GaussView用不了的话,还有什么其它办法查看electron configuration吗?

electron configuration指代不明
本来就没必要用gview
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-23 22:29:46 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2021-4-22 21:22
入手一个电脑,做高斯(大约都是50个非氢原子),配置如下:

现在在默认核数与内存的条件下运行G09w就可 ...

32bit版Gaussian至多4核、1500MB内存
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-23 22:30:20 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-4-23 22:16
sob老师,请问对于如图1的体系,算FeB3C3中金属与基底的结合能如何做呢?是首先将Fe去掉,其余部分不优化 ...

如果目的是体现当前结构下Fe与其它部分的结合强弱,是如此
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-23 22:34:25 | 只看该作者 Only view this author
文艺青年别装笔 发表于 2021-4-22 15:22
关于高斯模拟不收敛问题
我想计算该分子的过渡态,然后分子能量已经稳定,但是一直收敛失败。下面附上了一 ...

说收敛的时候一定要说清楚什么的收敛
如果是几何优化不收敛,先把没必要写的tight去了
cartesian和gdiis根本就不能一起用
opt freq过程中不建议用SMD,要用就用默认的IEFPCM
这么小体系,可以靠结合calcall增加几何优化成功几率
优化过渡态的过程中一定要注意监控结构变化,如果当前结构已经没有TS的苗头了,赶紧停了重新调整初猜
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发表于 Post on 2021-4-23 22:37:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-23 22:30
如果目的是体现当前结构下Fe与其它部分的结合强弱,是如此

不好意思,麻烦再次请问sob老师,在任意的构型下拿掉一个原子都可以用这样的方法算结合能是吗?即使该原子在内部,比如笼型的内部。不需要考虑拿掉原子后的构型是不是极小点吗?非常感谢。

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发表于 Post on 2021-4-23 23:37:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-23 22:29
electron configuration指代不明
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就是要看每个分子轨道里的电子的情况

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-24 11:51:12 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-4-23 23:37
就是要看每个分子轨道里的电子的情况

Gaussian输出文件里直接就有各个轨道能量,以及是否占据的信息

也可以把fch载入Multiwfn,进主功能0,用菜单里的orbital info.将轨道能量和占据情况直接显示出来,下文提了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-24 11:51:42 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-4-23 22:37
不好意思,麻烦再次请问sob老师,在任意的构型下拿掉一个原子都可以用这样的方法算结合能是吗?即使该原 ...

如果你把结合能就是定义为不考虑结构弛豫的情况,都是这么算
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发表于 Post on 2021-4-26 10:49:43 | 只看该作者 Only view this author

请教各位老师,同一分子不同结构计算能量差别很小正常吗?

同一个分子有两种结构,一种U型,一种H型,但是在能量计算时,这两种结构能量差别非常小。

u.PNG (51.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

u.PNG

h.PNG (46 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

h.PNG

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