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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-4-26 12:22:32 | 只看该作者 Only view this author
差4kcal了应该不小了吧~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-26 14:10:10 | 只看该作者 Only view this author
zzx 发表于 2021-4-26 10:49
同一个分子有两种结构,一种U型,一种H型,但是在能量计算时,这两种结构能量差别非常小。

本来柔性分子的不同构象能量差往往就很小,这种程度的差异太正常了
多看看构象搜索的文章心里就有数了
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-26 16:19:44 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我这边有一个问题怎么都想不清楚,望得到解答。一个体系里有A、B、C三个部分,如何单独求解B和C之间的相互作用能呢?我想利用公式E1=E(ABC)-E(A)-E(B)-E(C),这样可以得到A、B、C三者之间的相互作用能,再用E2=E(ABC)-E(A)-E(BC)得到A和B+C的相互作用能,再用E1-E2得到B和C之间的相互作用能,但这样最后就变成了E(BC)-E(B)-E(C),这就明显不合理,没法体现A的影响了,请问这种想法的问题出在哪呢?真正的B和C间的相互作用能该如何计算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-26 16:41:01 | 只看该作者 Only view this author
qlyfe 发表于 2021-4-26 16:19
老师们好,我这边有一个问题怎么都想不清楚,望得到解答。一个体系里有A、B、C三个部分,如何单独求解B和C ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-26 17:45:12 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2021-4-27 10:34:33 | 只看该作者 Only view this author
请问在优化T3构型时,总是优化成T2,添加了opt(maxstep=3,notrust)关键词,多算了几个态td(triplet root=3 nstates=8),结果也没有发生变化,要怎么才能得到T3构型?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-27 14:16:28 | 只看该作者 Only view this author
sui 发表于 2021-4-27 10:34
请问在优化T3构型时,总是优化成T2,添加了opt(maxstep=3,notrust)关键词,多算了几个态td(triplet root=3  ...

谈谈势能面交叉对激发态优化的影响
http://sobereva.com/468http://bbs.keinsci.com/thread-12318-1-1.html
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发表于 Post on 2021-4-27 14:53:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师打扰了,请教一下如何计算一个过渡态中两个片段的立体位阻的大小是多少kcal呀

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发表于 Post on 2021-4-27 14:53:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-27 14:16
谈谈势能面交叉对激发态优化的影响
http://sobereva.com/468(http://bbs.keinsci.com/thread-12318-1-1 ...

sob老师,这个帖子我看了,按照上面的方法试了,还是优化到同一个态了

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发表于 Post on 2021-4-27 16:02:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我做molpro,CCSD(T)不冻心的单点计算,用什么基组比较好?def2-tzvp可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-27 23:26:39 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2021-4-27 16:02
sob老师,我做molpro,CCSD(T)不冻心的单点计算,用什么基组比较好?def2-tzvp可以吗?

如果你确定不做冻核的话,一般建议用cc-pwCVnZ系列,可以描述核-价相关
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-27 23:27:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-4-27 14:53
sob老师打扰了,请教一下如何计算一个过渡态中两个片段的立体位阻的大小是多少kcal呀

没有普适的计算方法
一个做法是NBO里的steric分析,但也有很多局限性,必须得有合适的NLMO轨道的互斥作用正好能对应于你要研究的问题
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发表于 Post on 2021-4-27 23:43:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-27 23:27
没有普适的计算方法
一个做法是NBO里的steric分析,但也有很多局限性,必须得有合适的NLMO轨道的互斥作 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-4-28 00:30:26 | 只看该作者 Only view this author
sui 发表于 2021-4-27 14:53
sob老师,这个帖子我看了,按照上面的方法试了,还是优化到同一个态了

如果以你优化的T2结构作为初始构型来优化T3呢?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-4-28 10:52:53 | 只看该作者 Only view this author
【提问】在下在做一个中等大小的分子(C21H20O6)的激发态研究,需要比较1) S2->S1以及 2) S2->T1这两个过程的速率/难易程度。请问
a. 使用Qchem的SF-TDDFT可以研究这两类过程吗?效果如何?
b. 文献中更常用的方法是CASPT2//CASSCF这种组合来寻找圆锥交叉点,那即使是找到了交叉点,倘若这个交叉点结构和极小点结构有较大的能垒其实也不能保证IC或者ISC是很有效率的对吗?
c. 如果都使用energy gap law来估算过程的速率,这样的计算能否用于发表呢?
感谢解答

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