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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-4-15 20:16:10 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-4-15 19:16
可能不是基元反应……
不要以为你以为的就是你以为的,甲基环己烷的甲基从平伏键翻到直立键就不是基元反 ...

嗯嗯,我同意前辈的看法
但是,这个团队做PAHs生成机理方面很有经验,发的文章也是燃烧界权威期刊。把(HACA机理中的一步)苯乙炔脱是有过渡态的基元反应。

反应物:苯乙炔上的乙炔(C2H2)是平伏键,产物:(C2H)乙炔为直立键+H。通过前辈的话,我也觉得平伏到直立可能存在一个过渡态,可是他们这样处理,应该也有他们的道理,不知道前辈对此处理有什么看法?

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发表于 Post on 2021-4-15 22:02:46 | 只看该作者 Only view this author
发光 发表于 2021-4-15 20:16
嗯嗯,我同意前辈的看法
但是,这个团队做PAHs生成机理方面很有经验,发的文章也是燃烧界权威期刊。把( ...

啊,苯环连的基团都在苯环平面,怎么会有平伏键直立键一说?
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-16 09:11:01 | 只看该作者 Only view this author
sui 发表于 2021-4-15 17:28
请问老师,如果分子基态是开壳层的,应该如何设置优化基态,s1, t1的关键词?

说清楚是开壳层单重态(如双自由基)还是自旋多重度>1的开壳层
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-16 09:12:16 | 只看该作者 Only view this author
发光 发表于 2021-4-15 17:22
找寻过渡态遇到问题  针对(多环芳烃直接脱氢/双分子直接结合生成芳烃初始物)等类似基元反应(有一部分文 ...

提问的时候不要把英文自行翻译成中文,只会给别人回答造成障碍
QST2只能用于基元过程。考虑当前不是基元反应的可能性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-16 09:38:52 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-4-15 22:02
啊,苯环连的基团都在苯环平面,怎么会有平伏键直立键一说?

很抱歉,我是刚接触这一行,有的专业名词还不了解。我会重新发个带机理图的帖子,到时候希望前辈多多指点

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发表于 Post on 2021-4-16 10:06:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-16 09:11
说清楚是开壳层单重态(如双自由基)还是自旋多重度>1的开壳层

开壳层单重态

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发表于 Post on 2021-4-16 11:22:45 | 只看该作者 Only view this author
请教一个用origin2018画能量折线图的问题:如图所示的这种黑色的scatter在红色的line下面的情况,该如何把scatter放line的上一层从而遮住line?另外,origin里显示的斜着的直线时有很明显的锯齿,有无好的解决办法能使线条像ppt里一样光滑流畅呢,本意是想用origin代替ppt绘制能量折线图,但scatter和line的锯齿实在无法令人满意。

屏幕截图 2021-04-16 111216.jpg (42.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

屏幕截图 2021-04-16 111216.jpg

H.opju

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发表于 Post on 2021-4-16 11:53:40 | 只看该作者 Only view this author
希望老师们指点一下   nonisogyric reaction 与 isogyric reaction 的判定依据是什么呢?  

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发表于 Post on 2021-4-16 13:28:17 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-4-15 11:01
g09 < opt.gjf > opt.out &
在最后加个 & 就能让它后台运行了
另外命令里最好多几个空格,看得清爽很多

嗯嗯,太感谢了

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发表于 Post on 2021-4-17 09:54:54 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,当两个开壳层的分子相互吸附,做轨道分析,alpha电子和beta电子的轨道需要相互对应吗?也就是说,一个分子的alpha的HOMO轨道电子是不是只能进入另一个分子的alpha的LUMO轨道?两个都是开壳层的分子是不是可以通过自旋密度来预测反应位点?

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发表于 Post on 2021-4-18 16:20:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教一下计算结合能的问题。
1.在一篇文献中,团簇材料是各种金属与BnCn结合,如图1,文中计算了团簇材料在储氢前后金属原子与BnCn之间的结合能,请问,储氢后如何计算金属与BnCn的结合能?
2.如果金属显著影响了BnCn的结构,BnCn的构型变形严重时, 如图2,图3,还可以计算金属与BnCn间的结合能吗?

图3.tif

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图2.tif

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图1.tif

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-21 15:43:20 | 只看该作者 Only view this author
发光 发表于 2021-4-16 11:53
希望老师们指点一下   nonisogyric reaction 与 isogyric reaction 的判定依据是什么呢?

google搜isogyric reaction,立马找到答案
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AndrewX 发表于 2021-4-16 11:22
请教一个用origin2018画能量折线图的问题:如图所示的这种黑色的scatter在红色的line下面的情况,该如何把s ...

此问题和量子化学计算没直接关系,应当发到http://bbs.keinsci.com/forum.php ... peid&typeid=226板块
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-21 15:45:58 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2021-4-17 09:54
老师您好,当两个开壳层的分子相互吸附,做轨道分析,alpha电子和beta电子的轨道需要相互对应吗?也就是说 ...

通过自旋密度预测反应位点是对于单个分子而言的

两个开壳层分子之间结合通常会形成新的化学键,会导致各种轨道显著混合、变形,而且不只是一对轨道的事。你对这个过程的图景认识得过于简单了
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发表于 Post on 2021-4-21 16:00:07 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-4-16 11:22
请教一个用origin2018画能量折线图的问题:如图所示的这种黑色的scatter在红色的line下面的情况,该如何把s ...

为什么不用 chemdraw 画呢
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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