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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-28 14:41:52 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-4-28 10:52
【提问】在下在做一个中等大小的分子(C21H20O6)的激发态研究,需要比较1) S2->S1以及 2) S2->T1这两个过程 ...

此问题请单独发帖
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发表于 Post on 2021-4-28 15:59:09 | 只看该作者 Only view this author
bxu764 发表于 2021-4-28 10:52
【提问】在下在做一个中等大小的分子(C21H20O6)的激发态研究,需要比较1) S2->S1以及 2) S2->T1这两个过程 ...

首先确定一下S2->S1和S2->T1是不是无垒过程,方法是用随便哪个软件优化S2结构,看S2平衡结构下S2能量是不是低于S1或T1。对于不支持root-following的程序,改为看S2能量是不是几乎等于S1能量并且出现几何优化收敛困难(也就是说是不是几何优化陷到S1/S2锥形交叉点附近了)。然后分情况讨论:
(1)如果都是无垒过程,或能垒都和kT可比,应该跑非绝热动力学;
(2)如果有一个反应无垒或者几乎无垒,另一个能垒比较大,那么直接得出结论,前一个反应更容易;
(3)如果两个反应都有显著的能垒,应该用费米黄金规则计算。
找锥形交叉点对于阐释非辐射过程的途径有一定意义,但是对于计算速率意义不大,因为很容易证明,要么最低能量反应途径不经过锥形交叉点,要么锥形交叉点不是最低能量反应途径上的最高点,所以锥形交叉点处的能量不直接进入速率的表达式。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-4-28 16:40:01 | 只看该作者 Only view this author
请问IRC与化学反应历程有关吗?像这样的IRC,前面非常平缓然后有个像突跃一样的能量变化该怎么理解?

屏幕截图 2021-04-28 142258.jpg (118.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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发表于 Post on 2021-4-28 17:43:38 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-4-28 16:40
请问IRC与化学反应历程有关吗?像这样的IRC,前面非常平缓然后有个像突跃一样的能量变化该怎么理解?

就是说明过渡态附近的势能面特别平呗
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-4-28 19:25:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-4-28 00:30
如果以你优化的T2结构作为初始构型来优化T3呢?

没有试过,这样子会有效吗?

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发表于 Post on 2021-4-29 00:04:04 | 只看该作者 Only view this author
sui 发表于 2021-4-28 19:25
没有试过,这样子会有效吗?

有一定几率吧,如果优化T3跑到了T2,说明初始结构的T3和收敛结构的T2成分一致。一种可能是两个结构差别太大,或者说初始结构不好;另一种可能是从你T3的初始结构出发,可以经过一个无垒过程,通过一个锥形交叉点直接到T2。如果是前者,改善初始结构有希望解决;如果是后者,说明T3很可能根本就没有平衡结构。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-4-29 08:53:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-4-29 00:04
有一定几率吧,如果优化T3跑到了T2,说明初始结构的T3和收敛结构的T2成分一致。一种可能是两个结构差别太 ...

谢谢,我试试看

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发表于 Post on 2021-4-29 20:50:30 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问一下,在光催化氧化反应中,反应物被空穴氧化(sp3 C-H键活化),我的催化剂模型是在催化剂结构里加上一个正电荷,那如何寻找催化剂上的活性位点?可以通过自旋电荷密度分析单电子所在的位置来确定位点吗?

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发表于 Post on 2021-4-29 21:19:38 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-4-29 20:50
sob老师,请问一下,在光催化氧化反应中,反应物被空穴氧化(sp3 C-H键活化),我的催化剂模型是在催化剂结 ...

根据化学经验是最靠谱的。原则上自旋密度大的地方反应几率大,但是自旋密度和位点的活性不是严格相关的,不如化学经验靠谱
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-4-29 22:08:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-4-29 21:19
根据化学经验是最靠谱的。原则上自旋密度大的地方反应几率大,但是自旋密度和位点的活性不是严格相关的, ...

好的 多谢老师

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发表于 Post on 2021-4-30 11:34:29 | 只看该作者 Only view this author

高斯软件无法生成log文件如何解决

本帖最后由 924555681 于 2021-4-30 12:17 编辑

各位大佬,求助:用Gaussian view建模后,直接提交计算的时候出现无法生成log文档是怎么回事?我的是Gaussian09W版本。

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发表于 Post on 2021-4-30 15:29:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,求助!请问一下,审稿人让我讨论binding energy和cohesive energy之间的关系,我的体系如下图。
1.我在找文献的时候大多是在多金属团簇或者金属修饰苯环或者石墨烯类材料中计算了binding energy,我这个体系的构型不是那种金属修饰在体系表面的,我该怎么算呢?
2.针对我的体系这个cohesive energy 该怎么算呢?

ctm.jpg (20.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

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发表于 Post on 2021-4-30 16:22:25 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2021-4-30 15:29
sob老师,求助!请问一下,审稿人让我讨论binding energy和cohesive energy之间的关系,我的体系如下图。
...

审稿人的原话是什么?你的原文提到过binding energy和cohesive energy吗?
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-30 20:44:14 | 只看该作者 Only view this author
924555681 发表于 2021-4-30 11:34
各位大佬,求助:用Gaussian view建模后,直接提交计算的时候出现无法生成log文档是怎么回事?我的是Gaussi ...

只有GaussView没有Gaussian view
截图说明你遇到的情况
如果你是通过GaussView直接提交的,建议先保存成gjf然后自己用Gaussian计算
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发表于 Post on 2021-4-30 23:56:31 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师。还有一个问题,我换了新电脑,原来电脑上的gjf文件不能计算是什么原因呀?只有这个新电脑上构建的模型才可以计算。

本版积分规则 Credits rule

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