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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-5-6 10:35:14 | 只看该作者 Only view this author

请管理员删除

本帖最后由 rainseason 于 2022-5-3 16:34 编辑

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 4000 才可浏览,您当前积分为 0

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发表于 Post on 2021-5-6 15:57:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-4 23:55
你的体系的alpha单电子和beta单电子相距远吗?有明显重叠吗?

对不起老师,回复您晚了。相距不远,有很大的重叠

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发表于 Post on 2021-5-6 20:25:38 | 只看该作者 Only view this author
rainseason 发表于 2021-5-6 03:35
老师们好,对一个有机小分子优化T1,优化成这样了,还有必要进行下去吗?

图没有上传成功
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-5-6 20:28:27 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-5-6 08:57
对不起老师,回复您晚了。相距不远,有很大的重叠

你贴的那个公式主要适用于alpha、beta单电子重叠比较少的情况。如果重叠足够多,用这个公式得到的结果反倒不如用有自旋污染的结果好。
现在你这个情况我不好说是校正了好还是没校正好。最好还是做个多参考态计算或者spin-flip TDDFT计算看看
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-5-6 21:45:15 | 只看该作者 Only view this author

G4计算结构能否查看整振动模态

大家好
  我在采用G4完成过渡态计算,正常结束后,发现输出文件频率满足要求(单一虚频),但是在将其拖动到gview时,会报错如图,请问怎样才能查看频率和振动模态,另外,G4计算结果中G4(0 k)是否是经过zpe校正的电子能呢,谢谢大家!

fc3fbfdf8593799817f5051a14cf417.png (11.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

fc3fbfdf8593799817f5051a14cf417.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-7 03:24:29 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2021-5-6 21:45
大家好
  我在采用G4完成过渡态计算,正常结束后,发现输出文件频率满足要求(单一虚频),但是在将其拖动 ...

路径别有中文
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-7 03:28:40 | 只看该作者 Only view this author
rainseason 发表于 2021-5-6 10:35
老师们好,对一个有机小分子优化T1,优化成这样了,还有必要进行下去吗?

仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-5-7 09:53:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-6 20:28
你贴的那个公式主要适用于alpha、beta单电子重叠比较少的情况。如果重叠足够多,用这个公式得到的结果反 ...

谢谢老师的建议

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发表于 Post on 2021-5-7 12:58:29 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我打算用Amber做一个蛋白-配体复合物的动力学模拟,处理小分子时官方的建议是给小分子添加RESP电荷,我参阅了《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)一文。但是有两点疑问,第一个就是文中提到计算resp电荷要对小分子进行结构优化,但因为我的小分子是与蛋白结合并有确定的结合构象的,这种情况下仍要用优化后的结构计算静电势么?第二个是文中建议做非可极化力场的分子动力学模拟时使用RESP2电荷,为了考虑溶剂极化效应,但是我的小分子处于蛋白口袋之内,几乎没有溶剂暴露,这种情况下怎么处理比较好一点?

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发表于 Post on 2021-5-7 15:50:47 | 只看该作者 Only view this author
MagicAn 发表于 2021-5-7 05:58
请问老师,我打算用Amber做一个蛋白-配体复合物的动力学模拟,处理小分子时官方的建议是给小分子添加RESP电 ...

你指的确定的结合构象是指的晶体结构吗?晶体结构的氢原子看不到,键长键角之类的也很不准确,所以起码要把键长键角之类的优化一下。但是键长键角和构象之间没有严格的界限,所以最保险的仍然是完全优化,只不过以晶体里的小分子结构作为初始结构,来尽量保存结合构象。
蛋白对小分子也有极化效应,所以最好仍然用溶剂模型,只不过溶剂模型的介电常数设成蛋白的介电常数。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-5-7 16:39:14 | 只看该作者 Only view this author
请问如何判断体系是否存在对称破缺态?如果先进行正常的单重态闭壳层优化 ,再读取第一步的chk,用stable检测波函数的稳定性,此时显示波函数稳定的话,就说明不存在吗?   

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发表于 Post on 2021-5-7 17:51:00 | 只看该作者 Only view this author
sui 发表于 2021-5-7 09:39
请问如何判断体系是否存在对称破缺态?如果先进行正常的单重态闭壳层优化 ,再读取第一步的chk,用stable检 ...

严格来说,是说明当前得到的这个对称不破缺的状态是局域极小值点,但不保证它是全局极小值点(尽管绝大部分情况下确实是全局极小值点)。
“存在”对称破缺态又是另一个问题了,如果即使对称破缺态不是全局最稳定的你也想要的话。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-8 02:18:38 | 只看该作者 Only view this author
MagicAn 发表于 2021-5-7 12:58
请问老师,我打算用Amber做一个蛋白-配体复合物的动力学模拟,处理小分子时官方的建议是给小分子添加RESP电 ...

1 解析度高的话只优化氢原子就行了。但如果晶体的解析度比较低,重原子也应当优化

2 算RESP电荷即可。蛋白质内介电常数整体比较低,建议介电常数设为4,AMBER03力场获得RESP电荷就是这么做的:JCC, 24, 1999 (2003)
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发表于 Post on 2021-5-9 17:06:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教一个电荷的问题。我的文章里使用了Mulliken电荷分析,这个分析与静电势等表征手段的分析结果都非常符合,但是审稿人要求我使用NPA电荷,但是NPA电荷与其它的分析结果存在不符合的地方,请问我如何跟审稿人说Mulliken电荷的优势呢?

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发表于 Post on 2021-5-9 17:12:01 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2021-5-9 10:06
sob老师,请教一个电荷的问题。我的文章里使用了Mulliken电荷分析,这个分析与静电势等表征手段的分析结果 ...

如果Mulliken电荷的结果比NPA好,一般是说明Mulliken电荷的误差和其他什么误差抵消了。Mulliken电荷除了算起来快、实现容易,没有任何优势。
应该去分析一下,有没有其他什么原因导致NPA电荷的结果和静电势的结果不符合,而不是强行去找Mulliken电荷的优势。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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