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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-5-1 01:13:49 | 只看该作者 Only view this author
924555681 发表于 2021-4-30 23:56
好的,谢谢老师。还有一个问题,我换了新电脑,原来电脑上的gjf文件不能计算是什么原因呀?只有这个新电脑 ...

给出具体报错信息我们才能回答。光问“不能计算”,可能的原因多了去了,不可能给你都分析一遍然后你再自己对号入座去。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-5-1 01:35:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 924555681 于 2021-5-1 01:36 编辑

我原来电脑上的gjf文件计算就会出现这样提示,只有这个新电脑的才可以计算。期待老师的回复。

C3IK}RO{95D]$]CDU0}8K80.png (124.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

C3IK}RO{95D]$]CDU0}8K80.png

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发表于 Post on 2021-5-1 13:58:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 niubaotian85 于 2021-5-1 14:10 编辑
wzkchem5 发表于 2021-4-30 16:22
审稿人的原话是什么?你的原文提到过binding energy和cohesive energy吗?

下面是审稿人的原话,因为我没有在文中讨论结合能,我觉得苯环已经发生了变形,金属和碳原子之间已经发生了复杂的作用,我也的确不会做。就没有讨论。至于那个cohesive energy我从来没做过,所以希望各位老师能帮忙一下。
The binding energies of these complexes should be given in this paper. When the binding energy is less than the cohesive energy, the metals will aggregate on the cluster. Please the author discuss this part in detail.

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发表于 Post on 2021-5-1 18:24:52 | 只看该作者 Only view this author
924555681 发表于 2021-5-1 01:35
我原来电脑上的gjf文件计算就会出现这样提示,只有这个新电脑的才可以计算。期待老师的回复。
...

这不叫报错信息。
你应该打开输出文件,贴输出文件的最后几十行,或者最好上传整个输出文件。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-5-1 18:48:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,应该是输入文件吧,但是在别的电脑上可以计算,就这个新电脑上无法计算,求指教。

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发表于 Post on 2021-5-1 18:51:38 | 只看该作者 Only view this author
924555681 发表于 2021-5-1 18:48
老师,应该是输入文件吧,但是在别的电脑上可以计算,就这个新电脑上无法计算,求指教。

报错在输出文件里,看输入文件有什么用
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-5-1 20:07:56 | 只看该作者 Only view this author
哦哦,好的,谢谢老师,我再研究研究。

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发表于 Post on 2021-5-2 00:51:01 | 只看该作者 Only view this author
924555681 发表于 2021-5-1 20:07
哦哦,好的,谢谢老师,我再研究研究。

研究啥,打开输出文件,把内容复制过来就行了。或者如果输出文件比较长的话,上传附件上来就行了。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-5-2 17:35:07 | 只看该作者 Only view this author
是运行路径不同的问题,已解决,谢谢老师。

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发表于 Post on 2021-5-2 21:23:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问如何分析吉布斯自由能校正中translation and rotation to the free energy的贡献?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-2 22:43:06 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2021-5-2 21:23
sob老师,请问如何分析吉布斯自由能校正中translation and rotation to the free energy的贡献?

Shermo程序直接就给你输出了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-5-3 14:16:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-2 22:43
Shermo程序直接就给你输出了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sober ...

非常感谢

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发表于 Post on 2021-5-3 14:50:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-27 23:26
如果你确定不做冻核的话,一般建议用cc-pwCVnZ系列,可以描述核-价相关

好的,谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2021-5-3 15:20:05 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我看了一篇文献里Gibbs自由能校正包含了四项,如图所示。
1.我想知道我们正常在Gaussian里读出的Gibbs校正包含了什么呢? 我看了shermo说明书,好像是ZEP+(GT-G0),那咱们和他的差别是什么呢?
2.我查了很多文献,大多数看温度压力的影响,使用Gibbs自由能,好像用的都是直接通过读高斯里的结果计算的,那什么情况下可以直接读取,什么时候需要想他这样计算呢?非常感谢!

Gibbs.jpg (75.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

Gibbs.jpg

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发表于 Post on 2021-5-3 15:35:30 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2021-5-3 08:20
sob老师,我看了一篇文献里Gibbs自由能校正包含了四项,如图所示。
1.我想知道我们正常在Gaussian里读出的 ...

ZPE+(G(T)-G(0))、你截图的公式、高斯的做法,这三者在数学上等价。
建议自学统计热力学,自己推导一下,证明这三者等价,很容易。
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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