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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-6-16 15:42:07 | 只看该作者 Only view this author
想请问下老师们,下载了molclus安在了超算中心上,但是无法调用其中的软件是什么原因啊?图片是我的调用命令行。不知道是不是因为格式不同导致的,linux下的.com格式和.gjf格式的区别。如果是的话应该怎么解决呢?麻烦老师们了,新手小白,对这些完全没有经验。

202106161539025153..png (93.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

202106161539025153..png

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发表于 Post on 2021-6-16 16:10:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 14:48
首先你应该确认一下,实验上观测到的不易萃取到底是因为解离,还是因为即使中性的苯酚也亲水性太强。只要 ...

谢谢老师,我只是看了文献中叙述PH=7时苯酚解离我也想尝试尝试,还是考虑的不够全面

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发表于 Post on 2021-6-16 17:24:17 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-6-16 09:10
谢谢老师,我只是看了文献中叙述PH=7时苯酚解离我也想尝试尝试,还是考虑的不够全面

pH=7时苯酚有解离,但是解离在千分之一量级,花精力去减少这千分之一的解离来提高萃取效率属于舍本逐末
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-6-16 17:25:19 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-16 08:42
想请问下老师们,下载了molclus安在了超算中心上,但是无法调用其中的软件是什么原因啊?图片是我的调用命 ...

不要只给出你的调用脚本,也把完整的报错信息(包括stdout输出和stderr输出)贴上来
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-6-16 18:58:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 17:25
不要只给出你的调用脚本,也把完整的报错信息(包括stdout输出和stderr输出)贴上来

好的老师,我运行完的报错就像下面的图片一样,但是检查超算中心就显示还运行了几分钟,可是查不到任何出文件,那个gau.out是一个空文件。就不知道是什么原因

202106161856534731..png (16.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202106161856534731..png

202106161856266110..png (51.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2021-6-16 19:02:45 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-16 11:58
好的老师,我运行完的报错就像下面的图片一样,但是检查超算中心就显示还运行了几分钟,可是查不到任何出 ...

第二个图倒数第二行已经说得很清楚了
以后遇到报错,按三步走:(不仅限于molclus,也适用于任何其他软件,包括量化以外的其他领域的软件)
(1)先尝试理解报错信息。如果不知道哪些是报错信息,找包含error、fatal、severe之类的字眼
(2)如果看不懂,用谷歌翻译(如果因为某众所周知的原因用不了谷歌翻译,有道翻译也行)
(3)翻译了还是不懂,再来问
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-16 19:06:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 19:02
第二个图倒数第二行已经说得很清楚了
以后遇到报错,按三步走:(不仅限于molclus,也适用于任何其他软 ...

倒数第二行的意思是就是说高斯没法正常调用优化命令的意思吗?因为我的命令行是可以常规调用的高斯软件的,但是放到molclus里就不行,所以就想来问一下,是我的脚本有什么问题吗?检查了settings里的东西都没什么问题呀

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发表于 Post on 2021-6-16 19:43:08 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-16 12:06
倒数第二行的意思是就是说高斯没法正常调用优化命令的意思吗?因为我的命令行是可以常规调用的高斯软件的 ...

你的高斯输入文件是结构优化的输入文件吗?
倒数第二行说的是这个输入文件不是做结构优化的,不是不能正常用高斯调用。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-16 20:28:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 19:43
你的高斯输入文件是结构优化的输入文件吗?
倒数第二行说的是这个输入文件不是做结构优化的,不是不能正 ...

我就是直接用的压缩文件里gentor自动生成的示范文件,在我的电脑上用windows版本的高斯是可以正常进行的,但是在超算上就不行了,就不知道是什么原因

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发表于 Post on 2021-6-16 21:11:21 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-16 13:28
我就是直接用的压缩文件里gentor自动生成的示范文件,在我的电脑上用windows版本的高斯是可以正常进行的 ...

在这个超算上面直接调用高斯跑你的这个输入文件,可以跑通吗?
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发表于 Post on 2021-6-16 21:31:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 21:11
在这个超算上面直接调用高斯跑你的这个输入文件,可以跑通吗?

刚试了一下,是可以的,就不知道还有哪出了问题

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发表于 Post on 2021-6-16 22:43:31 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-16 14:31
刚试了一下,是可以的,就不知道还有哪出了问题

我发现问题了。。。你看看报错信息的倒数第3行,就知道问题出在哪里了
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 11:35:12 | 只看该作者 Only view this author

补充一句,现代Fortran(2003及之后版本)在面向对象编程方面做了极大的扩展,诸如CP2K等如今都是用现代Fortran写的,许多对Fortran的传统看法不适合现代Fortran。

如果以后要改行开发应用程序,确实Python、C++会好不少,但对于写科学计算程序本身,Fortran在我来看友好得多,有其它语言无可取代的优势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-6-17 14:43:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 14:43
是不是这个分子本来是比较高的对称性(至少有一个三重轴),或者很接近高对称性,被你指定(或者程序自动 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-17 15:08:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-17 04:35
补充一句,现代Fortran(2003及之后版本)在面向对象编程方面做了极大的扩展,诸如CP2K等如今都是用现代F ...

没错,不过我还是觉得C++仍然比Fortran领先,毕竟Fortran在往前跑的时候,C++也没停止脚步。。。
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