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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-6-8 11:41:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-7 08:38
对任何结构都可以计算SOC,看具体问题

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-8 17:26:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,《使用Multiwfn观看分子轨道》一文中提到”选中"Show+Sel.isosur#2"复选框,那么在轨道列表中点击两个轨道,就可以让两条轨道都显示出来。“
我想请问VMD里也能实现这种操作吗?同时展示两条轨道

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-15 19:05:27 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-6-8 17:26
sob老师好,《使用Multiwfn观看分子轨道》一文中提到”选中"Show+Sel.isosur#2"复选框,那么在轨道列表中点 ...

可以
分别载入两个轨道的cube文件,都设置成等值面绘制方式
也可以让Multiwfn产生一个含有两个轨道的cube文件,设置绘图时,分别选择不同的轨道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-6-15 19:56:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,对于计算化学专业的学生,如果要学习一门比较实用的编程语言,您最推荐哪一种呢?

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发表于 Post on 2021-6-16 08:33:30 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我想要研究加入B物质后对A物质在水中解离的抑制效果,不知道能不能用能量分解或者是电离能来分析,或者是还有什么方法能够分析抑制解离

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-16 10:15:13 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-6-15 19:56
sob老师您好,对于计算化学专业的学生,如果要学习一门比较实用的编程语言,您最推荐哪一种呢?

我个人强烈推荐Fortran。我写的几乎所有计算化学相关的大大小小的程序(http://www.keinsci.com/research/research_program.html)全是用的Fortran

但如果你要写的程序不是计算量很大的程序,学Python也可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-16 10:16:19 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-6-16 08:33
老师你好,我想要研究加入B物质后对A物质在水中解离的抑制效果,不知道能不能用能量分解或者是电离能来分析 ...

电离能和解离是两码事
你的描述太抽象,不给具体信息没法说
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发表于 Post on 2021-6-16 10:47:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-16 10:16
电离能和解离是两码事
你的描述太抽象,不给具体信息没法说

嗯嗯,谢谢老师,研究的是苯酚的萃取,但苯酚是弱电解质在水中解离不易萃取,加入萃取剂抑制解离,但是不太清楚用什么来分析。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-16 11:10:58 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-6-16 10:47
嗯嗯,谢谢老师,研究的是苯酚的萃取,但苯酚是弱电解质在水中解离不易萃取,加入萃取剂抑制解离,但是不 ...

从对pKa的影响上进行分析
pKa取决于解离前后自由能变化,考虑萃取剂如何影响解离的自由能变
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发表于 Post on 2021-6-16 14:20:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-15 19:05
可以
分别载入两个轨道的cube文件,都设置成等值面绘制方式
也可以让Multiwfn产生一个含有两个轨道的cu ...

谢谢老师,我还有个问题,之前计算一个二聚体的激发态文件的时候输出文件里出现了这样的情况:我想问问为什么会出现两个数值相同的情况,另外我知道A是代表不对称,那么这个AG和AU具体分别是什么情况呢?

202106161419399814..png (28.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202106161419399814..png

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发表于 Post on 2021-6-16 14:43:25 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-6-16 07:20
谢谢老师,我还有个问题,之前计算一个二聚体的激发态文件的时候输出文件里出现了这样的情况:我想问问为 ...

是不是这个分子本来是比较高的对称性(至少有一个三重轴),或者很接近高对称性,被你指定(或者程序自动选择)了一个比较低的对称性?能量如此精确一致的话,大概率是因为对称性导致简并。
"A代表不对称“是错的。建议自学一下群论,群论都会讲诸如Ag、Au之类的符号是什么意思。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-6-16 14:48:03 | 只看该作者 Only view this author
reddy 发表于 2021-6-16 03:47
嗯嗯,谢谢老师,研究的是苯酚的萃取,但苯酚是弱电解质在水中解离不易萃取,加入萃取剂抑制解离,但是不 ...

首先你应该确认一下,实验上观测到的不易萃取到底是因为解离,还是因为即使中性的苯酚也亲水性太强。只要体系pH小于苯酚的pKa(大约10),大部分的苯酚分子就是不解离的,比如你在pH=9萃取,大概有90%都是不解离的,你即使完全抑制了解离,萃取效率也只能提升大概10%。如果你在pH=8萃取,萃取效率只能提升1%。而一般萃取苯酚我估计几乎不会有人在碱性条件下萃取,这样的话你抑制解离基本没有意义
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-6-16 14:52:56 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-6-15 12:56
sob老师您好,对于计算化学专业的学生,如果要学习一门比较实用的编程语言,您最推荐哪一种呢?

我觉得C++比Fortran好。Fortran好学,但是毕竟是相对古老的语言,诸如面向对象编程方面做得比C++差一些。而且万一你以后打算转行,Fortran基本上只有科学计算领域会用,但是C++用途就要广泛得多,找工作好找一些。
当然仅考虑转行找工作的话,python比C++还要好
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-6-16 15:20:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-16 10:15
我个人强烈推荐Fortran。我写的几乎所有计算化学相关的大大小小的程序(http://www.keinsci.com/research ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-16 15:22:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 14:52
我觉得C++比Fortran好。Fortran好学,但是毕竟是相对古老的语言,诸如面向对象编程方面做得比C++差一些。 ...

谢谢老师

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