计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1396#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-25 15:42:22 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-25 09:28
老师,体系分两层的话,low层能否用PM6?这样的话是不是不用指定原子电荷?
之前我一开始low层用的是uff ...


能用PM6,此时不用指定原子电荷。
用UFF时你不指定电荷的话就等于原子电荷都为0,根本没法描述low层对high层的静电作用的影响。非要得到UFF那些原子的电荷,要么用UFF=QEq,程序自动根据qeq方法算出电荷(对静电作用描述得较烂),要么用CHELPG、ADCH等方法自行算出原子电荷并赋上,不过这样也得算个单点,花不少时间。

若无特殊必要,我是强烈不建议用ONIOM的。换了我肯定直接用PM7优化。进一步如果再用DFT优化提高准确度,对不重要的原子改用3-21G*,重要的用6-31G*。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

1397#
发表于 Post on 2016-5-25 16:21:34 | 只看该作者 Only view this author

高斯里面用哪种方法优化结构比较快

高斯里面用哪种方法优化多个分子的结构比较快?谢谢!

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

1398#
发表于 Post on 2016-5-25 16:26:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-25 15:42
能用PM6,此时不用指定原子电荷。
用UFF时你不指定电荷的话就等于原子电荷都为0,根本没法描述low层对 ...

用UFF且用CHELPG算出电荷的前提,算个单点是优化结构的意思吗?那优化结构是单独优化L层还是H层及L层同时优化?

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

1399#
发表于 Post on 2016-5-25 16:28:52 | 只看该作者 Only view this author

PM7方法是什么意思

PM7方法是什么意思,PM7的概念是什么?高斯里面有PM7方法吗?

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

1400#
发表于 Post on 2016-5-25 17:03:54 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:
         您好!我先算了配合物的单重态,之后做波函数稳定性检测stable=opt,发现波函数是不稳定的,把优化完的波函数作为初猜进行开壳层单重态计算,输出文件在附件中。之后保存了非限制的自然轨道UNO(输出文件fchk在附件中)。我用Multiwfn查看了UNO的占据数,发现有一大堆轨道占据数是大于0.3小于0.8,是不是此体系不能用B3LYP进行计算?希望老师您空闲的时候给些意见。

占据数.PNG (20.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

占据数

占据数

问题.rar

7.7 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

61

帖子

0

威望

295

eV
积分
356

Level 3 能力者

1401#
发表于 Post on 2016-5-25 17:25:54 | 只看该作者 Only view this author

请教BESS校正问题

大家好,做BESS校正出问题了l101,我这样写关键词有问题?# opt counterpoise=2 b3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity
谢谢大家!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1402#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-25 18:07:50 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2016-5-25 17:25
大家好,做BESS校正出问题了l101,我这样写关键词有问题?# opt counterpoise=2 b3lyp/6-311++g(d,p) geom= ...


是BSSE不是BESS

不要在优化时候用counterpoise,这仅在最后算相互作用能的时候采用
给氢加弥散并没什么卵用
建议用# opt M062X/6-311g(d,p)优化。B3LYP算弱相互作用太烂。

看此文
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1403#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-25 18:10:07 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-25 16:28
PM7方法是什么意思,PM7的概念是什么?高斯里面有PM7方法吗?

看此文
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

高斯没有PM7
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1404#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-25 18:11:00 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-25 16:21
高斯里面用哪种方法优化多个分子的结构比较快?谢谢!

没有这种说法
想速度快就用低级别方法结合低质量基组。
对于弱相互作用体系,什么级别合适在这里写明了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1405#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-25 18:12:20 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-5-25 16:26
用UFF且用CHELPG算出电荷的前提,算个单点是优化结构的意思吗?那优化结构是单独优化L层还是H层及L层同时 ...

单点是单点,默认就是单点任务
你干嘛要优化结构?整个体系用PM7或PM6-D3H4半经验一优化完事,很快。这体系ONIOM就是穷折腾,最后也出不来什么像样的结果
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

83

帖子

0

威望

665

eV
积分
748

Level 4 (黑子)

1406#
发表于 Post on 2016-5-25 19:54:12 | 只看该作者 Only view this author

G09可以做DKH的计算吗?

本帖最后由 Aesar 于 2016-5-25 19:57 编辑

如题。
请问,可以吗?

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

1407#
发表于 Post on 2016-5-25 20:10:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-5-25 21:26 编辑

这种一搜就有的“能不能”问题查一下怎么就这么难呢,哪怕问个“如何进行DKH计算”也比这样好:



还有什么“我这个输出文件会不会出错?”、“这两个做法得到的输出是不是一样”、“这个程序在win10上能不能安装”等等等等,WTF,又不会爆炸。。。


2494

帖子

11

威望

7054

eV
积分
9768

Level 6 (一方通行)

1408#
发表于 Post on 2016-5-25 20:19:36 | 只看该作者 Only view this author
现在的科研人员是越来越懒了

1552

帖子

2

威望

6509

eV
积分
8101

Level 6 (一方通行)

给dalao们倒茶

1409#
发表于 Post on 2016-5-25 23:16:04 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2016-5-25 20:19
现在的科研人员是越来越懒了

深有同感啊,我一博士师姐,我听她整天缠着我那博士师哥,问这个能不能实现,那个行不行,这个概念有没有等等诸如此类的,我师哥总说一句,这个百度应该能查到吧,我默默地查了一下,百度都能查到……………………(PS:以为师姐看上师哥了呢,后来才知道,师姐早有对象了。)
淡泊以明志,宁静以致远。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1410#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-26 00:38:43 | 只看该作者 Only view this author
Aesar 发表于 2016-5-25 19:54
如题。
请问,可以吗?

手册里一搜DKH就有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 07:37 , Processed in 0.226802 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list