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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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13561#
发表于 Post on 2021-8-11 09:42:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-11 02:43
可以。直接写ROCCSD(T)

好的 感谢老师

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13562#
发表于 Post on 2021-8-11 18:12:58 | 只看该作者 Only view this author
计算所有H-H的自旋耦合,readatoms关键词如何使用?计算指定几个不同位置H的自旋耦合,readatoms关键词如何使用?

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13563#
发表于 Post on 2021-8-11 19:14:08 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2021-8-11 11:45
我从BSE数据库拷pcJ-4基组,但提交失败,请问哪里出了问题?

给出完整报错信息。另外输入文件最好上传附件而非上传图片,方便别人重复你的计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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13564#
发表于 Post on 2021-8-11 19:44:38 | 只看该作者 Only view this author

自旋-自旋耦合

%mem=1GB
%nprocshared=2
#p b3lyp/gen NMR=spinspin

M0001

0 1
C                 -2.11266900    0.79242000   -0.00002400
C                 -2.34968500   -0.60930500   -0.00003500
C                 -1.28755100   -1.49630600   -0.00001400
C                  0.01720600   -0.98916400    0.00001400
C                  0.26615300    0.39338300    0.00003000
C                 -0.82935200    1.28288900    0.00000000
O                  1.02787500   -1.90159100    0.00006500
C                  2.32129500   -1.47261500    0.00013300
C                  2.65888800   -0.16360700    0.00007900
C                  1.63382600    0.87945600    0.00012700
O                 -3.25868300    1.55151500   -0.00006700
O                 -3.62186000   -1.07173100   -0.00005400
O                  1.98265700    2.07097500    0.00017000
O                  3.93861500    0.27128000   -0.00028400
H                 -1.46483200   -2.56499500   -0.00000600
H                 -0.61900800    2.34873100   -0.00000800
H                  3.02493900   -2.29397000    0.00001200
H                 -3.02788200    2.49268600    0.00017700
H                 -4.21492000   -0.29952200   -0.00002400
H                  3.84420000    1.25058400   -0.00065500

H    S
      0.615934E+05           0.244505E-02
      0.307967E+04           0.627056E-01
      0.461515E+03           0.500000E+00
H    S
      0.105058E+03           0.328934E-01
      0.297641E+02           0.138730E+00
      0.971826E+01           0.500000E+00
H    S
      0.351795E+01           1.0000000
H    S
      0.137696E+01           1.0000000
H    S
      0.568306E+00           1.0000000
H    S
      0.243407E+00           1.0000000
H    S
      0.105053E+00           1.0000000
H    S
      0.441983E-01           1.0000000
H    P
      0.1800000000E+03       1.0000000
H    P
      0.3000000000E+02       1.0000000
H    P
      0.6600000000E+01       1.0000000
H    P
      0.2100000000E+01       1.0000000
H    P
      0.9500000000E+00       1.0000000
H    P
      0.4500000000E+00       1.0000000
H    P
      0.1500000000E+00       1.0000000
H    D
      0.1260000000E+02       1.0000000
H    D
      0.2100000000E+01       1.0000000
H    D
      0.7000000000E+00       1.0000000
H    D
      0.3000000000E+00       1.0000000
H    F
      0.2500000000E+01       1.0000000
H    F
      0.9000000000E+00       1.0000000
H    G
      0.3200000000E+01       1.0000000

C    S
      0.105555E+08           0.303871E-04
      0.527777E+06           0.778910E-03
      0.791055E+05           0.621085E-02
      0.180064E+05           0.325489E-01
      0.510083E+04           0.137595E+00
      0.166465E+04           0.500000E+00
C    S
      0.601664E+03           0.263618E-01
      0.235397E+03           0.782935E-01
      0.982634E+02           0.206827E+00
      0.432689E+02           0.500000E+00
C    S
      0.198583E+02           1.0000000
C    S
      0.956918E+01           1.0000000
C    S
      0.493732E+01           1.0000000
C    S
      0.266874E+01           1.0000000
C    S
      0.146739E+01           1.0000000
C    S
      0.638634E+00           1.0000000
C    S
      0.302399E+00           1.0000000
C    S
      0.141161E+00           1.0000000
C    S
      0.637490E-01           1.0000000
C    P
      0.248433E+04           0.270041E-02
      0.382205E+03           0.561363E-01
      0.904894E+02           0.500000E+00
C    P
      0.288706E+02           0.121204E+00
      0.103854E+02           0.500000E+00
C    P
      0.449718E+01           1.0000000
C    P
      0.202740E+01           1.0000000
C    P
      0.951542E+00           1.0000000
C    P
      0.448145E+00           1.0000000
C    P
      0.207211E+00           1.0000000
C    P
      0.948698E-01           1.0000000
C    P
      0.408427E-01           1.0000000
C    D
      0.1260000000E+03       1.0000000
C    D
      0.8400000000E+01       1.0000000
C    D
      0.3000000000E+01       1.0000000
C    D
      0.1200000000E+01       1.0000000
C    D
      0.5500000000E+00       1.0000000
C    D
      0.2500000000E+00       1.0000000
C    D
      0.1000000000E+00       1.0000000
C    F
      0.7350000000E+01       1.0000000
C    F
      0.2100000000E+01       1.0000000
C    F
      0.9000000000E+00       1.0000000
C    F
      0.4000000000E+00       1.0000000
C    G
      0.2100000000E+01       1.0000000
C    G
      0.9000000000E+00       1.0000000
C    H
      0.1850000000E+01       1.0000000

O    S
      0.251945E+08           0.310467E-04
      0.125972E+07           0.791480E-03
      0.190112E+06           0.625795E-02
      0.434490E+05           0.326529E-01
      0.123423E+05           0.137695E+00
      0.403498E+04           0.500000E+00
O    S
      0.145968E+04           0.248336E-01
      0.570656E+03           0.740005E-01
      0.237504E+03           0.200929E+00
      0.104112E+03           0.500000E+00
O    S
      0.475812E+02           1.0000000
O    S
      0.225461E+02           1.0000000
O    S
      0.110926E+02           1.0000000
O    S
      0.554090E+01           1.0000000
O    S
      0.277940E+01           1.0000000
O    S
      0.128368E+01           1.0000000
O    S
      0.596489E+00           1.0000000
O    S
      0.270565E+00           1.0000000
O    S
      0.120280E+00           1.0000000
O    P
      0.460594E+04           0.269912E-02
      0.708607E+03           0.556313E-01
      0.167862E+03           0.500000E+00
O    P
      0.539666E+02           0.120106E+00
      0.198074E+02           0.500000E+00
O    P
      0.838324E+01           1.0000000
O    P
      0.374473E+01           1.0000000
O    P
      0.173216E+01           1.0000000
O    P
      0.799773E+00           1.0000000
O    P
      0.363229E+00           1.0000000
O    P
      0.159633E+00           1.0000000
O    P
      0.656642E-01           1.0000000
O    D
      0.2730000000E+03       1.0000000
O    D
      0.1820000000E+02       1.0000000
O    D
      0.6000000000E+01       1.0000000
O    D
      0.2400000000E+01       1.0000000
O    D
      0.1100000000E+01       1.0000000
O    D
      0.5000000000E+00       1.0000000
O    D
      0.2000000000E+00       1.0000000
O    F
      0.9100000000E+01       1.0000000
O    F
      0.2600000000E+01       1.0000000
O    F
      0.1150000000E+01       1.0000000
O    F
      0.5000000000E+00       1.0000000
O    G
      0.3050000000E+01       1.0000000
O    G
      0.1300000000E+01       1.0000000
O    H
      0.2050000000E+01       1.0000000
我从BSE数据库拷pcJ-4基组,但提交失败,请问这个文件哪里出了问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 21:45:56 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2021-8-11 19:44
%mem=1GB
%nprocshared=2
#p b3lyp/gen NMR=spinspin

格式明显不对。仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 21:47:37 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2021-8-11 18:12
计算所有H-H的自旋耦合,readatoms关键词如何使用?计算指定几个不同位置H的自旋耦合,readatoms关键词如何 ...

例子。只计算3,6,7,8之间的J
%chk=C:\ethane.chk
# b3lyp/gen nmr(readatoms,spinspin)

b3lyp/6-311G** opted

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.76530700
H                 -0.50911500    0.88219900    1.16370900
H                  1.01856400   -0.00019300    1.16370900
H                 -0.50944900   -0.88200600    1.16370900
C                  0.00000000    0.00000000   -0.76530700
H                  0.50944900   -0.88200600   -1.16370900
H                 -1.01856400   -0.00019300   -1.16370900
H                  0.50911500    0.88219900   -1.16370900

H     0
S   3   1.00
     68.1600000              0.25500000E-02   
     10.2465000              0.19380000E-01   
      2.3464800              0.92800000E-01   
S   1   1.00
      0.67332000             1.0000000        
S   1   1.00
      0.22466000             1.0000000        
S   1   1.00
      0.08221700             1.0000000        
P   1   1.00
      0.3300000              1.0000000        
P   1   1.00
      1.3000000              1.0000000        
****
C     0
S   5   1.00
  16371.0740000              0.22641833E-03   
   2426.9925000              0.17844680E-02   
    544.5441800              0.94901567E-02   
    150.8048700              0.39660515E-01   
     47.7081430              0.13134026      
S   1   1.00
     16.4572410              1.0000000        
S   1   1.00
      6.0845578              1.0000000        
S   1   1.00
      2.3824631              1.0000000        
S   1   1.00
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S   1   1.00
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S   1   1.00
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P   2   1.00
     40.7904230              0.40969752E-02   
      9.5034633              0.27584766E-01   
P   1   1.00
      2.9408357              1.0000000        
P   1   1.00
      1.0751115              1.0000000        
P   1   1.00
      0.4267024              1.0000000        
P   1   1.00
      0.17481926             1.0000000        
P   1   1.00
      0.07113054             1.0000000        
D   1   1.00
      0.3500000              1.0000000        
D   1   1.00
      1.4000000              1.0000000        
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3 6-8

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-11 22:18:43 | 只看该作者 Only view this author
谢谢社长指点

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发表于 Post on 2021-8-12 00:12:33 | 只看该作者 Only view this author
6-31G(d,p)u+1s是什么基组?高斯内置还是自定义基组?

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发表于 Post on 2021-8-12 00:20:20 | 只看该作者 Only view this author
pcJ-1和PCJ-1_2006有什么区别?还是一样?

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发表于 Post on 2021-8-12 01:39:28 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2021-8-11 17:20
pcJ-1和PCJ-1_2006有什么区别?还是一样?

把基组定义打印出来就知道了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 01:52:55 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2021-8-12 00:12
6-31G(d,p)u+1s是什么基组?高斯内置还是自定义基组?

不要用这种非主流的
哪篇文章看到的就看哪篇文章里引的原文,如果没写清楚,直接问作者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 01:53:40 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2021-8-12 00:20
pcJ-1和PCJ-1_2006有什么区别?还是一样?

看基组定义,如果发现相同,就是别称;如果不同,就是不同版本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-12 20:58:52 | 只看该作者 Only view this author
请问老师 我使用Multiwfn将Gaussian的oniom高层的的波函数导出计算mayer键级时,最后一个原子的键级很奇怪,可以怎么修改一下么
#    1:         1(C )   18(H )    0.94907764
#    2:         1(C )   19(H )    0.97071891
#    3:         1(C )   20(H )    0.95173992
#    4:         1(C )   33(O )    0.92852733
#    5:         1(C ) 1755(F )   12.39800750
#    6:         2(C )    3(C )    1.39691470
#    7:         2(C )    5(C )    0.06807628
#    8:         2(C )    8(C )    1.43620140
#    9:         2(C )   21(H )    0.96834719
#   10:         2(C ) 1755(F )   12.26636581
#   11:         3(C )    4(C )    1.44597995
#   12:         3(C )   15(C )    0.07121987
#   13:         3(C )   22(H )    0.96420045
#   14:         3(C ) 1755(F )   12.24346542
#   15:         4(C )    5(C )    1.37984767
#   16:         4(C )    8(C )    0.09637121
#   17:         4(C )   23(H )    0.97162707
#   18:         4(C ) 1755(F )   12.21918547
#   19:         5(C )   15(C )    1.28923174
#   20:         5(C )   35(O )    1.01351478
#   21:         5(C )   37(N )    0.06378304
#   22:         5(C ) 1755(F )   11.87201656
#   23:         6(C )    7(C )    1.31927752
#   24:         6(C )    9(C )    1.50784616
#   25:         6(C )   16(C )    0.05258885
#   26:         6(C )   24(H )    0.96527157
#   27:         6(C ) 1755(F )   12.23322612
#   28:         7(C )   11(C )    1.33507816
#   29:         7(C )   14(C )    0.05413434
#   30:         7(C )   33(O )    1.09750552
#   31:         7(C ) 1755(F )   11.59309888
#   32:         8(C )   15(C )    1.33323808
#   33:         8(C )   25(H )    0.96494682
#   34:         8(C ) 1755(F )   12.12794112
#   35:         9(C )   11(C )    0.06332741
#   36:         9(C )   14(C )    1.36209486
#   37:         9(C )   26(H )    0.95148828
#   38:         9(C ) 1755(F )   12.01132671
#   39:        10(C )   27(H )    0.95153052
#   40:        10(C )   28(H )    0.96306697
#   41:        10(C )   29(H )    0.95320973
#   42:        10(C )   34(O )    0.92561462
#   43:        10(C ) 1755(F )   12.39934353
#   44:        11(C )   16(C )    1.34918487
#   45:        11(C )   30(H )    0.91505033
#   46:        11(C ) 1755(F )   12.38645586
#   47:        12(C )   13(C )    1.30508408
#   48:        12(C )   17(C )    1.39909111
#   49:        12(C )   31(H )    0.93922321
#   50:        12(C ) 1755(F )   12.49432978
#   51:        13(C )   35(O )    1.08989194
#   52:        13(C )   37(N )    1.30749190
#   53:        13(C ) 1755(F )   10.93899244
#   54:        14(C )   16(C )    1.33850222
#   55:        14(C )   17(C )    1.12568976
#   56:        14(C ) 1755(F )   12.52724112
#   57:        15(C )   37(N )    1.05712586
#   58:        15(C ) 1755(F )   11.53438308
#   59:        16(C )   34(O )    1.08055970
#   60:        16(C ) 1755(F )   11.46775492
#   61:        17(C )   36(O )    1.23950430
#   62:        17(C ) 1755(F )   11.23268898
#   63:        18(H ) 1755(F )    1.68233603
#   64:        19(H ) 1755(F )    1.72261990
#   65:        20(H ) 1755(F )    1.72689055
#   66:        21(H ) 1755(F )    1.73843050
#   67:        22(H ) 1755(F )    1.70290132
#   68:        23(H ) 1755(F )    1.70386647
#   69:        24(H ) 1755(F )    1.75292070
#   70:        25(H ) 1755(F )    1.70902838
#   71:        26(H ) 1755(F )    1.76376308
#   72:        27(H ) 1755(F )    1.70205851
#   73:        28(H ) 1755(F )    1.67145768
#   74:        29(H ) 1755(F )    1.72298369
#   75:        30(H ) 1755(F )    1.67006792
#   76:        31(H ) 1755(F )    1.69912603
#   77:        32(B )   36(O )    0.91355009
#   78:        32(B )   37(N )    0.77373062
#   79:        32(B )   38(F )    1.12040416
#   80:        32(B ) 1755(F )    9.14922905
#   81:        33(O ) 1755(F )   16.68679619
#   82:        34(O ) 1755(F )   16.76336975
#   83:        35(O ) 1755(F )   16.60756375
#   84:        36(O ) 1755(F )   16.70390416
#   85:        37(N ) 1755(F )   15.01346062
#   86:        38(F ) 1755(F )   18.55853423

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 22:45:52 | 只看该作者 Only view this author
心向暖阳 发表于 2021-8-12 20:58
请问老师 我使用Multiwfn将Gaussian的oniom高层的的波函数导出计算mayer键级时,最后一个原子的键级很奇怪 ...

我不知道你的ONIOM是怎么做的,用的什么关键词,也不知道你怎么导出的ONIOM高层的波函数。如果是以常规方式产生ONIOM的fch文件是不行的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-12 23:49:05 | 只看该作者 Only view this author
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