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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-8-18 11:35:55 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-8-18 10:29
Gaussian的输入文件结尾必须有一个空行。你的文件缺个空行。
这么小的文件直接粘贴上来就行,要是太长传 ...

好的,多谢,解决了,唉,这种低级错误着实不应该犯,谢谢谢谢谢。
头一次上传文件,见谅,以后注意。

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发表于 Post on 2021-8-18 21:05:09 | 只看该作者 Only view this author
想问一下老师们,高斯或者orca可以用来计算Mößbauer谱图吗,看网上说slater行列式匹配的更好,所以是需要使用其他的软件吗?

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发表于 Post on 2021-8-18 21:39:30 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-8-18 14:05
想问一下老师们,高斯或者orca可以用来计算Mößbauer谱图吗,看网上说slater行列式匹配的更好,所 ...

orca可以,而且orca应该是算这个的最成熟的软件
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-8-18 23:30:04 | 只看该作者 Only view this author
请教各位一个简单问题,电荷分析,结果是转移零点几个电子,这个“零点几”从量化上是怎么理解比较好,同学问我的是“电子不是一个一个的吗”我一时不知道怎么回答。。。

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发表于 Post on 2021-8-18 23:36:30 | 只看该作者 Only view this author
Yaohui 发表于 2021-8-18 16:30
请教各位一个简单问题,电荷分析,结果是转移零点几个电子,这个“零点几”从量化上是怎么理解比较好,同学 ...

就是电子云转移过去了一部分,这一部分小于一个电子。如果观测转移后的体系,有一定概率发现转移过去了,有一定概率没有。如果不观测,那么体系处于转移过去和没转移过去的叠加态。因为这个叠加态的能量既比完全没转移过去的那个态低,也比完全转移过去了的那个态低,所以根据能量最低原理,体系在不观测时倾向于处于叠加态,只有你观测电子到底有没有转移过去,才会坍缩到转移前或转移后的态。
这个属于是对没有量化背景的人的最简单的解释方法,如果对方有一些量化背景,那么说第一句就行了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-19 09:46:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-18 23:36
就是电子云转移过去了一部分,这一部分小于一个电子。如果观测转移后的体系,有一定概率发现转移过去了, ...

好的谢谢。
还想请教一下,如果算出来转移电荷是0.4,能不能在画轨道示意图的时候,画上从a轨道转移一个电子到b轨道表示电子转移(因为后面需要分析电子轨道排布,我总不能画0.4个电子吧

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发表于 Post on 2021-8-19 14:58:04 | 只看该作者 Only view this author
Yaohui 发表于 2021-8-19 02:46
好的谢谢。
还想请教一下,如果算出来转移电荷是0.4,能不能在画轨道示意图的时候,画上从a轨道转移一个 ...

可以画个虚线,或者箭头上面写0.4e之类的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-19 15:23:50 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我计算C3H6N6O6解离势能面时
选用B3LYP-D3进行opt+freq,用B2plyp-D3/CBS计算单点能是否合理呢
如果用M06-2X 结果会比B3lyp-D3做opt+freq更合适吗(这个方法是偶然文献中看到的)
谢谢老师啦

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发表于 Post on 2021-8-19 16:07:56 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2021-8-19 08:23
老师好,我计算C3H6N6O6解离势能面时
选用B3LYP-D3进行opt+freq,用B2plyp-D3/CBS计算单点能是否合理呢
...

这种小体系,用B2PLYP-D3/def2-TZVP做opt+freq,CCSD(T)/CBS计算单点都可以跑得动。如果CCSD(T)/CBS单点能算不动,可以用B2PLYP-D3/CBS算单点能。M06-2X不如B2PLYP-D3靠谱
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-19 16:20:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-19 16:07
这种小体系,用B2PLYP-D3/def2-TZVP做opt+freq,CCSD(T)/CBS计算单点都可以跑得动。如果CCSD(T)/CBS单点 ...

老师 这有15个重原子也算小体系嘛
我一直给当做大体系了,那我试试CCSD(T)算单点
另外您最后的意思是对于此体系 opt+freq: M06-2X不如B3LYP-D3嘛

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发表于 Post on 2021-8-19 17:12:32 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2021-8-19 09:20
老师 这有15个重原子也算小体系嘛
我一直给当做大体系了,那我试试CCSD(T)算单点
另外您最后的意思是 ...

我是说不如B2PLYP-D3。M06-2X和B3LYP-D3哪个好不好说,取决于有没有共价键断裂、势能面是否很平缓等因素
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-20 06:48:06 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2021-8-19 16:20
老师 这有15个重原子也算小体系嘛
我一直给当做大体系了,那我试试CCSD(T)算单点
另外您最后的意思是 ...

结合个def2-TZVP档次的基组,如果服务器不错,对这样大小体系普通CCSD(T)是算得动的,尽管时间很长。如果有高对称性,靠Gaussian就更容易了

这样大小的体系如果你追求opt freq的质量,可以用B2PLYP-D3(BJ),这样你就不必纠结于B3LYP-D3(BJ)还是M06-2X了。不过一般情况下,用B3LYP-D3(BJ)就已经足够了,这种体系用M06-2X就算可能偶尔更好但也不会有什么明显优势。参考
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-22 14:55:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2021-8-22 15:03 编辑

使用如下任务计算含金属镍的过渡态结构,opt=(calcfc,ts,noeigentest) freq genecp int=ultrafine m06 temperature=323.15。但是我把优化后的结构充当初始结构,再次优化时却收敛到另一个结构,这是为啥?两次优化结果的振动方式类似但是从能量上看明显不是一个结构。第二次 优化的optmization过程如下图1。能量值一个是-1270.110950Hartree,另一个是-1270.364521Hartree。两者的振动频率如图2,图3。


3.JPG (23.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

图3

图3

2.JPG (22.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图2

图2

1.JPG (66.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2021-8-22 15:52:23 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2021-8-22 07:55
使用如下任务计算含金属镍的过渡态结构,opt=(calcfc,ts,noeigentest) freq genecp int=ultrafine m06 temp ...

说明这个体系有两个波函数,两次结构优化找到的波函数不一样。
这种体系的计算,必须在优化前和优化后都做stable=opt,单点能也必须stable=opt,而且要人工检查波函数是否合理,比如通过布居数、自旋密度、前线轨道等检查
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-8-23 09:22:37 | 只看该作者 Only view this author

泛函的选择

大家好!我想咨询一下使用B3LYP-D3(BJ)泛函计算两个十八烷酸锂分子之间的弱相互作用力合适吗?有没有更好的泛函推荐,有文献支撑的更好。谢谢大家

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