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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-16 21:39:46 | 只看该作者 Only view this author
此文里搜“激发能算出来是负值怎么办”
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

以后发帖时后标题要注意符合论坛的规矩,仔细看
http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-16 22:23:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-13 22:36
提问Gaussian问题的常识:绝对不要问l几几几报错怎么回事,更不要问2070提示怎么处理(Windows版只要是报 ...

收到,谢谢社长

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发表于 Post on 2021-8-16 22:31:32 | 只看该作者 Only view this author

IRC计算结果的轨迹图曲线两侧并没有趋近水平,请问过渡态找的是否正确


请问各位老师,我计算了苯环氧化,IRC计算结果的轨迹图如下图所示,曲线两侧并没有趋近水平,这表示过渡态找的是否正确呢?

IRC1.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-16 23:52:35 | 只看该作者 Only view this author
落微 发表于 2021-8-16 22:31
请问各位老师,我计算了苯环氧化,IRC计算结果的轨迹图如下图所示,曲线两侧并没有趋近水平,这表示过渡 ...

maxpoints设得不够大,IRC跑得不够长,当然就会这样。和过渡态找没找对毫无直接联系

仔细看把此文看了了解基本常识
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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发表于 Post on 2021-8-17 14:46:02 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想算两个小分子之间的相互作用力。一种算法是两个小分子分别进行优化,然后和络合物相减。
我记得您讲过还有一种算法是,把络合物中的小分子单独拿出来不做优化,直接计算能量。那么如果我加大基组精算能量的话,自由能矫正量应该怎么获取呢?

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发表于 Post on 2021-8-17 15:26:59 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-8-17 07:46
sob老师您好,我想算两个小分子之间的相互作用力。一种算法是两个小分子分别进行优化,然后和络合物相减。
...

应该用小基组下优化过的结构算。之所以用优化的结构是因为只有优化的结构下算频率才有意义,之所以用小基组是因为频率的理论级别必须和优化严格一致
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-8-17 15:36:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-17 15:26
应该用小基组下优化过的结构算。之所以用优化的结构是因为只有优化的结构下算频率才有意义,之所以用小基 ...

但是我听说有的是用不优化的结构算,好像和实验更容易匹配,目前我做的这个就是帮实验补的计算

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发表于 Post on 2021-8-17 16:28:21 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-8-17 08:36
但是我听说有的是用不优化的结构算,好像和实验更容易匹配,目前我做的这个就是帮实验补的计算

那应该是因为误差抵消。你可以问问这么做的人有没有开色散校正,我估计八成没开。
实验不可能测出不优化的结构对应的那个能量或自由能,因为实验上一个复合物如果分解成两个分子,这两个分子肯定会根据能量极小化原理,变成各自的最优化结构。所以如果和实验对比,必须用优化过的结构。不优化的结构算出来的能量不是实验可观测量,只能用来定性或半定量解释一些现象(比如实验观测到的结合有多大比例是因为结合作用本身,有多大比例是因为分子变形),而不能和任何一个实验可观测量直接对比。
显然用不优化的片段结构算会高估作用能,所以如果做计算的人少考虑了一个对作用能有正贡献的因素(比如色散校正)的话,就会得到不优化反而结果更好的错误结论,但这显然不说明应当不优化。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-17 17:09:19 | 只看该作者 Only view this author
大家好,我是用高斯16计算过渡态,但是发现gif.文件在导入高斯后立即出现了计算错误,无法解决,并查看了google还是没有解决办法。请大家帮助,谢谢!

微信截图_20210817170211.png (5.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

高斯计算内容

高斯计算内容

微信截图_20210817170302.png (9.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

高斯计算错误显示内容为空白

高斯计算错误显示内容为空白

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发表于 Post on 2021-8-17 18:02:07 | 只看该作者 Only view this author
sobfans 发表于 2021-8-17 10:09
大家好,我是用高斯16计算过渡态,但是发现gif.文件在导入高斯后立即出现了计算错误,无法解决,并查看了go ...

上传完整输出文件。
高斯报错记得养成打开输出文件检查错误的习惯,高斯输出窗口基本没有有用的信息,只有输出文件里有,而且经常不在输出文件的最后,得往前找,充分理解输出文件每一行的意思,找到真正的报错信息,再搜这个报错信息
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发表于 Post on 2021-8-17 20:30:29 | 只看该作者 Only view this author

运行一个赝势机组报错,求一下为什么

本帖最后由 avatar_man 于 2021-8-17 21:21 编辑

各位大佬,运行的gjf 和out文件见附件所示。哎,还是新手,正处于linux系统运行g16的学习中,见谅


1.jpg (83.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

1.jpg

2.jpg (54.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

2.jpg

3.jpg (133.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

3.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-17 23:52:05 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2021-8-17 20:30
各位大佬,运行的gjf 和out文件见附件所示。哎,还是新手,正处于linux系统运行g16的学习中,见谅

直接上传gjf文件,没必要截图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-17 23:54:00 | 只看该作者 Only view this author
sobfans 发表于 2021-8-17 17:09
大家好,我是用高斯16计算过渡态,但是发现gif.文件在导入高斯后立即出现了计算错误,无法解决,并查看了go ...

甭写无意义的noraman,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

绝对不要习惯性地带着scf=xqc

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

把%chk去掉再试。如果还不行,把Default.Rou文件内容贴出来。

记得Gaussian怎么拼,怎么老写成Guass
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发表于 Post on 2021-8-18 09:11:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-17 23:52
直接上传gjf文件,没必要截图

sob 老师,gjf文件上传到链接了。用g16运行的。谢谢了。  提取码:5a8f  链接:[url]https://pan.baidu.com/s/1oxAvGYQf_lSjW_vsN2osjQ[/url]

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发表于 Post on 2021-8-18 10:29:59 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2021-8-18 09:11
sob 老师,gjf文件上传到链接了。用g16运行的。谢谢了。  提取码:5a8f  链接:https://pan.baidu.com/s/ ...

Gaussian的输入文件结尾必须有一个空行。你的文件缺个空行。
这么小的文件直接粘贴上来就行,要是太长传个附件也行了,没几行的内容,不用别人还登录百毒网盘下载了。

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