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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-10-24 01:33:35 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-10-23 14:27
请问老师,用第一性原理计算的人通常用PBE泛函,因为他们用杂化泛函耗时长,经常有人问gaussian计算大多数 ...

建议查一些相关的benchmark文章,尤其是Grimme、Head-Gordon等人做的benchmark,用这些文章来支持论据。如果一定要从原理角度讲的话,可以引一下adiabatic connection的文献
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-24 02:56:50 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-10-23 21:27
请问老师,用第一性原理计算的人通常用PBE泛函,因为他们用杂化泛函耗时长,经常有人问gaussian计算大多数 ...

不要以为杂化泛函算这类问题都比纯泛函好,比如B97M-V是相对比较新的纯泛函,算有机体系热力学数据问题上也比大量较老的杂化泛函强很多。

虽然DFT理论本身表明精确的泛函本身并不需要依赖于轨道,但精确的交换相关泛函目前没有。从实际测试效果上发现引入HF成份可以让纯泛函的精度有进一步提升的余地,另外绝热关联模型从理论角度上表明引入适当的HF成份是有必要的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-24 02:59:44 | 只看该作者 Only view this author
seantan521 发表于 2021-10-23 17:51
感谢Sob老师的指点,发现很多论文都在用这一套泛函和基组,就先试用了。
我现在选Lanl2TZ(f) + 6-311g* ...

先做几何优化,把得到的chk转成fch文件,然后用Multiwfn载入之并进入主功能0,屏幕上直接看到各种单位的HOMO能级、LUMO能级、HOMO-LUMO gap,非常省事而且直观,下文说了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html

甭管givew,又要花钱又要手动计算/换算,麻烦
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发表于 Post on 2021-10-24 13:34:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2021-10-24 13:44 编辑

sob老师您好,我最近再算一个C18负载单个金属原子的体系,尝试一下看看结合能够不够大。可能要算很多过渡金属,目前优化都是使用wB97XD/def2TZVP,问题1. 想请教您我想精算单点能,应该使用什么计算级别呢?个人觉得泛函不变,计算级别变成def2-TZVPP就可以了。
问题2. 算自由的金属单原子的能量的时候,自旋是不是要和络合物中金属原子的自旋多重度匹配呀?

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发表于 Post on 2021-10-24 15:16:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-23 03:53
对比的时候,别同时换多个条件。泛函和基组都变了,结果明显不同,你就没法判断是泛函的原因还是基组的原 ...

好的,谢谢老师,我再用6-311+G**试一下

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发表于 Post on 2021-10-24 15:24:46 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-10-24 06:34
sob老师您好,我最近再算一个C18负载单个金属原子的体系,尝试一下看看结合能够不够大。可能要算很多过渡金 ...

1. 个人建议用orca做DLPNO-CCSD(T)
2. 要取能量最低的那个自旋多重度,不一定和络合物相同
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-10-24 21:49:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-24 15:24
1. 个人建议用orca做DLPNO-CCSD(T)
2. 要取能量最低的那个自旋多重度,不一定和络合物相同

您的意思是用orca这个软件精算单点能?没用过这个软件,一个课题用两个计算软件感觉有点麻烦,也很容易遭到质疑啊- -

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发表于 Post on 2021-10-24 22:12:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wy标点人生 于 2021-10-24 22:16 编辑

老师,我在Linux上提交任务时log文件里出现了下面的情况。
我在算NICS0001——NICS0017,第一个NICS0001.log中出现了图一的情况,NICS0002-NICS0017都出现图二的情况。
老师,是什么原因呢?

报错1.png (299.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

报错1.png

报错3.png (164.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2021-10-25 10:21:17 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在重复文献计算时,发现两个问题,想请教一下老师   1.他选取的基组是 CAM-B3LYP TDA,这种计算是在输入文件里直接输入 CAM-B3LYP TDA即可还是要做其他操作呢? 2. 请问 Static DFT 这种是如何计算的呢?  感谢各位老师!!

202110251021126460..png (278.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202110251021126460..png

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发表于 Post on 2021-10-25 10:41:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-23 03:53
对比的时候,别同时换多个条件。泛函和基组都变了,结果明显不同,你就没法判断是泛函的原因还是基组的原 ...

老师,您好,我试着使用6-311+G**去优化,得到的还是失败的结果,它会自动成键,当我使用6-31+G*在三氟乙醇隐式溶剂模型下优化的时候找到了过渡态,活化能非常小,相同的结构在气相下一样的泛函、基组就找不到过渡态

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发表于 Post on 2021-10-25 11:16:19 | 只看该作者 Only view this author
向各位老师请教一下:1.晶体切成团簇时需要要满足化学式配比吗?我的理解是不需要,对于共价键断键部分用H饱和,让电子分布和晶体一样就行。不知道我的理解对不对?2. 但对于金属与卤素形成的键该如何处理呢

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发表于 Post on 2021-10-25 11:20:11 | 只看该作者 Only view this author
四无鸡蛋黄 发表于 2021-10-25 10:21
各位老师好,我在重复文献计算时,发现两个问题,想请教一下老师   1.他选取的基组是 CAM-B3LYP TDA,这种 ...

分清基组和方法,上面那么大字写的method。说清你的软件,Gaussian在gaussian.com/td自己搜TDA。后面那个意思是用计算基态的方法,把自旋多重度改成3,用UKS算T1。

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发表于 Post on 2021-10-25 15:37:08 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-10-24 14:49
您的意思是用orca这个软件精算单点能?没用过这个软件,一个课题用两个计算软件感觉有点麻烦,也很容易遭 ...

不会遭到质疑的,用高斯优化结构、orca算单点的文章一搜一大把,而且orca对学术界是免费的。如果真的遭到质疑,这样解释:
(1)单点能的精度和结构优化的精度应该拉开得大一些,如果优化已经用def2-TZVP了,其实基组已经没什么加大的空间了。事实上如果你泛函不变,只把基组加到def2-TZVPP算单点,反倒容易被质疑干嘛不直接用def2-TZVPP优化结构,反正计算时间比def2-TZVP大得也不是太多;
(2)如果仍然用DFT,那就只能是加到双杂化泛函,过渡金属体系,尤其是开壳层的体系,用双杂化泛函可能不适合,因为体系gap太小,微扰展开可能不收敛;
(3)所以最好改用波函数方法算单点,那就只能是CCSD(T)了,但是高斯算不动这么大体系的CCSD(T),所以只能用orca的DLPNO-CCSD(T)
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-10-25 15:38:44 | 只看该作者 Only view this author
四无鸡蛋黄 发表于 2021-10-25 03:21
各位老师好,我在重复文献计算时,发现两个问题,想请教一下老师   1.他选取的基组是 CAM-B3LYP TDA,这种 ...

1. 先去了解泛函、基组和方法的差别,再来问问题。CAM-B3LYP是泛函,TDA是方法,两者都不是基组。
2. 就是基态计算
建议仔细阅读http://sobereva.com/355
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-10-25 15:42:44 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-10-25 04:16
向各位老师请教一下:1.晶体切成团簇时需要要满足化学式配比吗?我的理解是不需要,对于共价键断键部分用H ...

1. 基本正确,但只有对共价性比较强的晶体才能补氢,离子晶体以及其他所有并非典型共价晶体的体系应当用背景电荷描述环境、且建议用embedding potential等方法处理边界
2. 一般可以当作离子键,按离子晶体的方法来处理
Zikuan Wang
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