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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 13:53:08 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-10-24 13:34
sob老师您好,我最近再算一个C18负载单个金属原子的体系,尝试一下看看结合能够不够大。可能要算很多过渡金 ...

我之前一系列18碳环文章用的wB97XD对于opt freq这类体系没问题
MN15也可以考虑

没有“络合物中金属原子的自旋多重度”一说。自旋多重度是对于整体而言的,顶多说里面的金属的自旋布居
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 13:54:06 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-10-24 22:12
老师,我在Linux上提交任务时log文件里出现了下面的情况。
我在算NICS0001——NICS0017,第一个NICS0001.l ...

图1根本没报错

第一个任务正常算完了再按顺序算其它的。其它的都需要读取第一个任务的chk文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 13:55:00 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-10-24 21:49
您的意思是用orca这个软件精算单点能?没用过这个软件,一个课题用两个计算软件感觉有点麻烦,也很容易遭 ...

不可能遭质疑,诸如我发表的C18碳环的弱相互作用文章里就用Gaussian做的opt freq、ORCA算的高精度相互作用能、PSI4做的能量分解
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html

谁质疑怼谁
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 13:56:43 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-10-25 10:41
老师,您好,我试着使用6-311+G**去优化,得到的还是失败的结果,它会自动成键,当我使用6-31+G*在三氟乙 ...

更准确的计算级别找不到过渡态,而且之前在更low的级别下能找到的过渡态势垒又很小,大概率说明那是虚假的过渡态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 13:58:27 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-10-25 11:16
向各位老师请教一下:1.晶体切成团簇时需要要满足化学式配比吗?我的理解是不需要,对于共价键断键部分用H ...

1 不用
通常是

2 ORCA里capped ECP结合背景电荷,是这种情况较理想的处理边界的做法。
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发表于 Post on 2021-10-26 16:30:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-26 13:47
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

好的,多谢sob老师,一开始我就查找的这个,结果还是看漏了

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发表于 Post on 2021-10-26 16:33:39 | 只看该作者 Only view this author

好的,多谢sob老师

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发表于 Post on 2021-10-27 11:33:26 | 只看该作者 Only view this author
请问irc采用不同步长和步数得到的log,对产物端进行几何优化后计算能量,发现构象有差能量也有差,这种情况如何取舍呢?
(以及一直有疑惑为什么irc要取端点优化,端点附近的点可以吗?(因为如果步数步长不同,端点也不一样吧)(有将附件的点做过几何优化能量计算,有时能量差别基本没有,有时候差别很大,这是为什么啊?))

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发表于 Post on 2021-10-27 11:48:48 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-10-26 16:30
好的,多谢sob老师,一开始我就查找的这个,结果还是看漏了

http://bbs.keinsci.com/thread-4385-1-1.html

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发表于 Post on 2021-10-27 12:25:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-25 19:07
你指的是如何知道该画哪些能级,还是如何知道哪些能级之间可以画箭头、哪些之间不能画,还是那些百分比是 ...

是我提问没有问清楚,这些我其实都想知道

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发表于 Post on 2021-10-27 12:49:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下过渡金属催化有机体系,体系后半部分涉及阴离子,
在b3lyp-D3(BJ)/6-31+G*级别下进行几何优化,
想在M06/6-311++G**级别下进行单点能计算,还需要加D3矫正吗?
想问一下老师,如果想进一步精算单点能,应该是用什么计算级别,会不会因为优化级别太差显得不伦不类?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-27 13:03:24 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-10-27 12:49
老师,您好,我想问一下过渡金属催化有机体系,体系后半部分涉及阴离子,
在b3lyp-D3(BJ)/6-31+G*级别下进 ...

优化和单点级别都明显不妥
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

没事别给氢乱加弥散函数
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

除非体系太大或机子太烂,否则单点用这种基组太low,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
诸如ma-def2-TZVP强得多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-27 13:07:48 | 只看该作者 Only view this author
sakura1109 发表于 2021-10-27 11:33
请问irc采用不同步长和步数得到的log,对产物端进行几何优化后计算能量,发现构象有差能量也有差,这种情况 ...

端点比IRC其它点离极小点都更近,是最好的初猜,当然拿端点结构当初始结构优化

要想最大几率得到过渡态直接连通的极小点,IRC跑得尽量长,而且优化时候步长上限改小

若IRC跑得不够长,势能面又复杂,显然可能由于不同IRC参数下得到的端点结构存在差异,导致最终优化到不同极小点

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发表于 Post on 2021-10-27 15:13:15 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我在做IRC的时候出现了中间突然有一点掉到下面去,然后两边走的长度也很短。看您的帖子里面说这种情况通常是由于IRC没有跑完导致的,但是我的这个out文件结尾显示的是正常结束,就想问您一下这种情况可能是什么导致的,怎么处理一下比较好呢?输入文件内容我贴在下面了,谢谢Sob老师

%mem=8GB
%nproc=16
%chk=Ru_TS03_BrTS_irc_B3solb2
# 5d 7f
#p B3LYP/genecp irc(lqa,maxpoints=120,rcfc) guess=read geom=check
int=ultrafine scrf(smd,solvent=n,n-DiMethylAcetamide)

a

0 1

Ru 0
sdd
****
C H O N Br 0
6-31G**
****

Ru 0
sdd

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发表于 Post on 2021-10-27 15:49:02 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-10-27 05:25
是我提问没有问清楚,这些我其实都想知道

以下假设你研究的是从S1出发的ISC。如果是从其他态出发的ISC,请自行举一反三
如何知道该画哪些能级:单重态只画S1,其他所有的单重态不用画,但画了也不算错;三重态从最低的一直往上画到比S1稍高为止,足够囊括你下一步画的所有箭头即可,但也可以画更多。
如何知道哪些能级之间可以画箭头:从S1到你画的所有T态,依次用El-Sayed规则判断是否可能发生ISC,有可能的就画,违背El-Sayed规则的就不画。对于到比较高的T态的ISC,即便符合El-Sayed规则也会因为热力学不利而无法发生,所以特别高的T态一律不画,多高算特别高没有统一标准,严格一些的判断方法是按过渡态理论计算ISC速率,再结合这类物质的S1态寿命来判断,如果过渡态理论ISC速率远小于S1态衰变速率就不画
如何得到百分比:见http://sobereva.com/529
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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