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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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13936#
发表于 Post on 2021-10-20 09:53:45 | 只看该作者 Only view this author
我通过VMD官网,将1.9.3版本(Windows OpenGL (32-bit Intel x86) (Microsoft Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) using OpenGL)
)软件下载到自己的win10系通中,根据向导安装完成,打开之后一直提示找不到指定模块。我在另一个电脑上按照同样的方法安装之后就可以打开,想问下大家有遇到过这种情况吗,感谢!(如有打扰请多多包涵)

202110200953409916..png (37.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202110200953409916..png

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13937#
发表于 Post on 2021-10-20 11:04:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想分析Pt配合物的磷光光谱的精细结构,尤其是不同态之间的振动耦合,orca ESD模块不能分析振动耦合,想请教一下老师还有哪个免费软件可以做相关的分析,感谢

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13938#
发表于 Post on 2021-10-20 11:43:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-11 04:12
把此文说的都注意了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400(http://bbs.keins ...

谢谢sobereva老师!

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13939#
发表于 Post on 2021-10-20 20:11:24 | 只看该作者 Only view this author
优化过渡态不收敛,这是什么问题
中间过程中位移变成零了,但是力基本不变,同时迭代好像很困难的样子
命令是这样的
# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-311g(d,p)

202110202007341997..png (18.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202110202007341997..png

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202110202009073421..png

202110202010298117..png (11.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

202110202010298117..png

202110202011187763..png (108.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202110202011187763..png

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发表于 Post on 2021-10-20 20:33:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-10-20 20:34 编辑
mfdsrax2 发表于 2021-10-20 20:11
优化过渡态不收敛,这是什么问题
中间过程中位移变成零了,但是力基本不变,同时迭代好像很困难的样子
命 ...

202110202007341997..png  说得很清楚了。
有四个原子优化到共线了,四个原子共线的时候是没法定义二面角的,接近共线的时候也会有数值不稳定性。
解决方法是,把最后一步(或者受力最小的一步)结构拿出来,重新作为结构初猜算过渡态顺便推荐一下这个:
【分享】监督高斯结构优化进度的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21118-1-1.html


现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-21 00:57:40 | 只看该作者 Only view this author
Hear 发表于 2021-10-20 09:53
我通过VMD官网,将1.9.3版本(Windows OpenGL (32-bit Intel x86) (Microsoft Windows XP/Vista/7/8/1 ...

软件环境层面的问题,没法简单判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-21 00:59:04 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-10-20 20:11
优化过渡态不收敛,这是什么问题
中间过程中位移变成零了,但是力基本不变,同时迭代好像很困难的样子
命 ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-10-21 09:11:16 | 只看该作者 Only view this author
Hear 发表于 2021-10-20 09:53
我通过VMD官网,将1.9.3版本(Windows OpenGL (32-bit Intel x86) (Microsoft Windows XP/Vista/7/8/1 ...

你可以考虑谷歌一下:“loadlibrary failed with error 126” 寻求可能的解决方法

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发表于 Post on 2021-10-21 16:52:13 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想问一下关于VMED4的问题。我在Linux系统上使用Gaussian计算得到.chk文件,并使用formchk转化为fchk文件,然后下载到本机Windows系统使用VMED4进行分析。发现VAED4中.vd文件显示的频率与使用GaussView查看Results中现实的频率不同。并且.vd中的频率很奇怪。

5CT的out和fmu文件.rar

4.64 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

.out文件和.fmu文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 03:00:32 | 只看该作者 Only view this author
小庄师弟 发表于 2021-10-21 16:52
老师您好,我想问一下关于VMED4的问题。我在Linux系统上使用Gaussian计算得到.chk文件,并使用formchk转化 ...

没有叫VMED4的程序也没有叫VAED4的程序
这种问题单独发帖,不属于简单量化问题范畴。这种小众向程序最好先发邮件问作者,作者没回复再试图在这里问,问作者效率通常是最高的
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发表于 Post on 2021-10-22 08:54:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-22 03:00
没有叫VMED4的程序也没有叫VAED4的程序
这种问题单独发帖,不属于简单量化问题范畴。这种小众向程序最好 ...

不好意思老师,拼写错误,是VEDA4。我尝试去问一下作者。

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发表于 Post on 2021-10-22 09:00:23 | 只看该作者 Only view this author

【求助】Gaussian基态优化金属配合物报错

本帖最后由 seantan521 于 2021-10-22 09:04 编辑

Gaussian基态优化金属配合物报错(计算了将近十个小时),还请各位老师帮忙分析一下。第一次做金属Ir配合物的几何优化,有什么注意事项么?

gif文件的开头和结尾如下:
%nprocshared=8
%mem=300MW
%chk=95601.chk
#p opt b3lyp/genecp

95601

0 1

。。。中间省略。。。

C H N O 0
6-31g*
****
Ir 0
Lanl2DZ
****

Ir 0
Lanl2DZ


log文件的末尾报错信息如下:
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle    26 -    41 -    59
Tors failed for dihedral    30 -    26 -    41 -    59
Tors failed for dihedral    26 -    41 -    59 -    54
Tors failed for dihedral    26 -    41 -    59 -    58
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /home/aglaia/g16/l103.exe at Thu Oct 21 21:57:53 2021.
Job cpu time:       2 days  0 hours 31 minutes 56.4 seconds.
Elapsed time:       0 days  6 hours  4 minutes  1.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    791 Int=      0 D2E=      0 Chk=    103 Scr=      1



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 10:51:13 | 只看该作者 Only view this author
seantan521 发表于 2021-10-22 09:00
Gaussian基态优化金属配合物报错(计算了将近十个小时),还请各位老师帮忙分析一下。第一次做金属Ir配合物 ...

甭用lanl2DZ那么过时的基组,好好看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

B3LYP对过渡金属配合物不是良好选择,仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html


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发表于 Post on 2021-10-22 10:53:24 | 只看该作者 Only view this author
seantan521 发表于 2021-10-22 09:00
Gaussian基态优化金属配合物报错(计算了将近十个小时),还请各位老师帮忙分析一下。第一次做金属Ir配合物 ...

上面13939楼不是刚刚问过么……
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-10-22 14:57:09 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,想问一下,为什么同样的阴离子用M06-2X/def2SVP优化结构成功找到过渡态,而用b3lyp/6-31+G(d)优化结构就找不到过渡态了?体系是阴离子体系,一个质子转移过程

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