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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-10-13 20:37:51 | 只看该作者 Only view this author

求助结构优化不收敛

各位老师前辈们,大家晚上好~我优化了一个复合结构,运行了一个多星期。结果出现报错,输出文件太大,无法上传,截图如图所示。输入文件关键词#p opt b3lyp/6-31G(d) scrf em=gd3bj,麻烦各位前辈能指点迷津,谢谢了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 23:06:33 | 只看该作者 Only view this author
yang2020 发表于 2021-10-13 20:37
各位老师前辈们,大家晚上好~我优化了一个复合结构,运行了一个多星期。结果出现报错,输出文件太大,无法 ...

输出文件压缩后上传
光看这些信息无法判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 23:07:13 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-10-13 18:03
Sob老师,如果不稳定的话,以不稳定的波函数作为初猜再优化(不加qc)如果正常结束了,还需要再用stable ...

最好检查
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发表于 Post on 2021-10-14 18:09:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-13 23:06
输出文件压缩后上传
光看这些信息无法判断

好滴sob老师,压缩文件已上传,麻烦您抽空看看~

don-suangan-opt4.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-15 07:33:08 | 只看该作者 Only view this author
yang2020 发表于 2021-10-14 18:09
好滴sob老师,压缩文件已上传,麻烦您抽空看看~


优化到中后期震荡那么明显了,早就该停了,白浪费N天计算时间
仔细看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2021-10-15 11:04:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-15 07:33
优化到中后期震荡那么明显了,早就该停了,白浪费N天计算时间
仔细看此文
量子化学计算中帮助几何优 ...

请问老师,如果我使用opt=calcfc,是写在优化失败文件上重新保存得新输入文件还是写在初始的输入文件呢?

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发表于 Post on 2021-10-15 14:54:30 | 只看该作者 Only view this author
yang2020 发表于 2021-10-15 04:04
请问老师,如果我使用opt=calcfc,是写在优化失败文件上重新保存得新输入文件还是写在初始的输入文件呢?

用最后一帧的结构作为初始结构,或者用能量最低的一帧作为初始结构(对于过渡态优化,这一条改成:用梯度最小的一帧)。后者稍微好一些,但前者稍微省事一些。
不过必须先用肉眼检查这两个结构是合理的,如果结构不合理,必须先调整成合理的再继续优化。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-10-15 15:46:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-15 14:54
用最后一帧的结构作为初始结构,或者用能量最低的一帧作为初始结构(对于过渡态优化,这一条改成:用梯度 ...

嗯嗯,谢谢老师的解答~

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发表于 Post on 2021-10-16 14:21:27 | 只看该作者 Only view this author
点进别的板块看成此帖了,不小心在别的版块发了问题,给管理员造成麻烦表示抱歉。
请问在opt+freq不同对称性(Cs和C2v)的铀酰卤化物阴离子(UOF4-)时只有加了int=ultrafine才能正常结束,请问是什么原因,如何解决,以及加了ultrafine后的能量与不加差的很多吗,会以至于没法用吗?

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发表于 Post on 2021-10-16 15:46:35 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-10-16 07:21
点进别的板块看成此帖了,不小心在别的版块发了问题,给管理员造成麻烦表示抱歉。
请问在opt+freq不同对称 ...

int=ultrafine的结果不是不能用,而是你必须把所有其他物种都用int=ultrafine重算一遍才能用。同一篇文章涉及的所有物种要么都加int=ultrafine,要么都不加,不能有些加有些不加。而不是说加了必然不能用。
所以如果你是刚开始这个课题,就把你已经算过的分子都加int=ultrafine重新算一下;如果你这个课题快做完了,不想做重复劳动,可以试试以int=ultrafine收敛的结果为初始结构,去掉int=ultrafine再做opt+freq,如果正常收敛,结果是可以与其他的不加int=ultrafine的结果比较的,但不能保证收敛。如果经多次尝试仍然不收敛,那么必须做重复劳动,把之前算过的所有分子都用int=ultrafine重跑一遍(但是可以以不加int=ultrafine收敛的结构为初始结构,所以opt收敛很快,主要时间花在freq上),没有任何捷径。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-10-16 17:33:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-16 15:46
int=ultrafine的结果不是不能用,而是你必须把所有其他物种都用int=ultrafine重算一遍才能用。同一篇文章 ...

谢谢解答!太感谢了!

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发表于 Post on 2021-10-16 19:39:31 | 只看该作者 Only view this author

gaussian中输出的前线分子轨道图怎么看

我用gaussian软件做出的前线分子轨道图它的H-8和H-9的能级图显示出来是这样的,不知道是输入的fchk文件有问题还是哪里有问题,求解答。

202110161939004298..png (10.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

H-9

H-9

202110161938459132..png (10.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

H-8

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-16 19:42:22 | 只看该作者 Only view this author
哈库呐玛塔塔 发表于 2021-10-16 19:39
我用gaussian软件做出的前线分子轨道图它的H-8和H-9的能级图显示出来是这样的,不知道是输入的fchk文件有问 ...

这叫轨道等值面图,不叫能级图
没有什么异常
发图的时候别发那么一丁点大,看着都费劲

PS:gview看这么大体系的轨道慢死,用Multiwfn快百倍,效果更好,还免费
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频演示)
http://sobereva.com/447http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
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发表于 Post on 2021-10-16 20:58:27 | 只看该作者 Only view this author

IRC出错:Bulirsch-Stoer Method is not Converging

log文件最后: Maximum DWI energy   std dev =  0.000000041 at pt    47
Maximum DWI gradient std dev =  0.778227827 at pt   157
WARNING: Bulirsch-Stoer Method is not Converging
CORRECTOR INTEGRATION CONVERGENCE:
   Recorrection delta-x convergence threshold:    0.010000
   Delta-x Convergence NOT Met
Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /gpfs1/share/apps/g16/AVX/g16/l123.exe at Sat Oct 16 20:06:32 2021.
输入文件关键词:# b3lyp/6-31g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj IRC=CalcFC
用的gauss view 6.1.1:体系电荷和自旋为1,1
求大神指点,麻烦。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-16 21:58:14 | 只看该作者 Only view this author
myl 发表于 2021-10-16 20:58
log文件最后: Maximum DWI energy   std dev =  0.000000041 at pt    47
Maximum DWI gradient std dev  ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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