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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-10-11 09:20:02 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,我在算CCSD(T)/def2-TZVPP,感觉已经收敛了吧,之前算的都是迭代20次左右,delta=1D-9的时候出结果,为什么还在一直算呢

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发表于 Post on 2021-10-11 12:37:33 | 只看该作者 Only view this author

分子优化与过渡态

      我是新手小白,刚接触高斯。想请教下大家我有些分子是选用B3LYP进行优化,但有的很难优化出来后来改用用TPSSTPSS进行优化,用不同基组进行优化的分子对后续过渡态计算会有影响吗?以及两个不同基组优化出来的分子可以进行HOMO/LUMO轨道对比吗?     (我有些分子是含有过渡金属的,且过渡金属络合物用B3LYP进行优化一直报错,然后参考使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算http://sobereva.com/581这个帖子换了基组进行优化,优化出来了,真的很感谢这个帖子。 目前我有些用B3LYP优化的分子需要改用TPSSTPSS方法进行优化吗?后续想算过渡态,以及对比HOMO/LUMO轨道和静电势)
    这个问题可能有点傻,但目前没有找了相关的帖子,希望大佬们可以提供宝贵的意见~感谢感谢~


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发表于 Post on 2021-10-11 13:44:09 | 只看该作者 Only view this author
TPSS、B3LYP等这叫泛函,不叫基组。

要写出相对能量(含热力学量)的物种都要用相同的计算级别(优化、单点;泛函、基组)。

建议先打好基础,从普通有机反应什么开始弄,起码基础概念弄得差不多了再来搞镧系计算(如果只是自己算着玩也就算了,但搞明白之前建议不要自信到真写文章发出来),不然容易闹笑话。

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发表于 Post on 2021-10-11 13:53:48 | 只看该作者 Only view this author
上面是同一个分子的结构优化结果。右边的结果是取左边最后的结构重新计算的(加上opt=calcfc),
为什么键长、键角、二面角的个数会不一样。

微信截图_20211011101400.png (76.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 14:03:16 | 只看该作者 Only view this author
小庄师弟 发表于 2021-10-11 13:53
上面是同一个分子的结构优化结果。右边的结果是取左边最后的结构重新计算的(加上opt=calcfc),
为什么键 ...

Gaussian默认情况下是在冗余内坐标下做的,不同结构下自动设立的冗余内坐标可能不一样,很正常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 14:08:28 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-10-11 09:20
请问一下,我在算CCSD(T)/def2-TZVPP,感觉已经收敛了吧,之前算的都是迭代20次左右,delta=1D-9的时候出结 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 14:14:38 | 只看该作者 Only view this author
shay 发表于 2021-10-11 12:37
我是新手小白,刚接触高斯。想请教下大家我有些分子是选用B3LYP进行优化,但有的很难优化出来后来改 ...

本来算过渡金属配合物就不建议用B3LYP,此文说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

如果横向对比,计算级别必须统一;如果结果不需要横向对比,对不同类型分子可以用不同的计算级别。

TPSSTPSS这是Gaussian里的关键词,讨论的时候要写标准名字:TPSS

不要用“很难优化出来”这种意义不明的描述,说清楚怎么优化不出来。基本上不存在同时B3LYP和TPSS都特别适用的体系。
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发表于 Post on 2021-10-11 15:47:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-11 14:03
Gaussian默认情况下是在冗余内坐标下做的,不同结构下自动设立的冗余内坐标可能不一样,很正常

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-10-11 16:42:46 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请教一下这里的%nosave是干嘛的,加不加我都能看到chk文件,好像没啥影响嘛?

1633941615(1).jpg (15.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

1633941615(1).jpg

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发表于 Post on 2021-10-11 17:03:28 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-10-11 16:42
老师好,我想请教一下这里的%nosave是干嘛的,加不加我都能看到chk文件,好像没啥影响嘛?

对后面的没影响,对前面的有影响。你把这两行换一下就知道了。具体的看手册。

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发表于 Post on 2021-10-11 17:53:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-11 14:14
本来算过渡金属配合物就不建议用B3LYP,此文说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.co ...

好的,非常感谢~

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发表于 Post on 2021-10-11 17:54:56 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2021-10-11 13:44
TPSS、B3LYP等这叫泛函,不叫基组。

要写出相对能量(含热力学量)的物种都要用相同的计算级别(优化、 ...

好滴,非常感谢~

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发表于 Post on 2021-10-13 15:21:52 | 只看该作者 Only view this author
加了SCF=QC后正常结束得到的波函数,用stable测试过了是稳定的,请问此时有必要去掉QC以该稳定的波函数做初猜再算一遍吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-13 16:55:15 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-10-13 15:21
加了SCF=QC后正常结束得到的波函数,用stable测试过了是稳定的,请问此时有必要去掉QC以该稳定的波函数做初 ...

不用
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发表于 Post on 2021-10-13 18:03:02 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师,如果不稳定的话,以不稳定的波函数作为初猜再优化(不加qc)如果正常结束了,还需要再用stable检查吗?

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