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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-11-1 22:13:02 | 只看该作者 Only view this author
Zhuoran 发表于 2021-11-1 14:53
请问,具有显著电荷转移特性的分子,做S0和S1结构优化的时候,有必要用范围分离泛函做优化吗?
还是说可以 ...

需要。普通杂化泛函的CT态势能面搞不好会定性错误,比如本来S1有平衡结构的,结果优化出来发现S1势能面从FC点一路下坡,最后和S0相交了,这都有可能
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-2 11:06:09 | 只看该作者 Only view this author
Zhuoran 发表于 2021-11-1 21:53
请问,具有显著电荷转移特性的分子,做S0和S1结构优化的时候,有必要用范围分离泛函做优化吗?
还是说可以 ...
S0用什么优化都行。但是S1如果是很显著的CT态,应当用HF成分整体较高或者长程HF成份较高的泛函优化S1
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-11-3 09:29:27 | 只看该作者 Only view this author
想请教下sob老师,反应物(R = 0 kcal/mol)可以异构化生成两个产物(P1 = -10 kcal/mol ,P2 = -18 kcal/mol),生成P1, P2的反应均是无垒的路径,且P1和P2之间的反应能垒很高很高,那么反应物R生成P1或P2一般有没有选择性呢?

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发表于 Post on 2021-11-3 11:49:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下,120℃下,醋酸给有机物氢的过渡态反应自由能垒高达30Kcal,是不是可以说明此反应无法进行?

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发表于 Post on 2021-11-3 15:51:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-11-3 08:58 编辑
化小白 发表于 2021-11-3 04:49
老师,您好,我想问一下,120℃下,醋酸给有机物氢的过渡态反应自由能垒高达30Kcal,是不是可以说明此反应无 ...

用Eyring方程算了一下,半衰期也就一个多小时。
不要机械化地去记“x℃下自由能垒y kcal/mol能不能反应”,而是把自由能垒换算成速率常数,再结合实际反应来判断。我经常举的一个例子是,如果研究S1态的光化学反应,1微秒反应不了就是反应不了;如果研究煤的形成,1亿年能反应也算能反应。不能脱离语境讲一个反应能不能进行
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-3 16:39:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-3 15:51
用Eyring方程算了一下,半衰期也就一个多小时。
不要机械化地去记“x℃下自由能垒y kcal/mol能不能反应 ...

好的,谢谢老师,由于以前没有学过Eyring方程,对于双分子反应,不知道反应物的具体浓度,也不知道具体反应了多少,我不太会算。感觉反应活化能挺高的,所以认为是无法进行了。谢谢老师您让我又学到了知识,非常感谢老师。

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发表于 Post on 2021-11-3 16:46:30 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-11-3 09:39
好的,谢谢老师,由于以前没有学过Eyring方程,对于双分子反应,不知道反应物的具体浓度,也不知道具体反 ...

我没注意是双分子反应,那我说得不严谨,应该是反应物初始浓度在1mol/L量级时,半衰期在一个多小时的量级。如果反应物浓度很低,反应时间会相应变长。
Eyring方程必须学会用,反应物浓度也必须知道(比如如果你是和实验合作的,要和实验组确认清楚),不求多准确,至少知道量级
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-3 17:29:49 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-11-3 21:05:48 | 只看该作者 Only view this author
我想问下我在输入命令nohup charmm<formated.charmm> formated.out &之后,下面本应该显示done,但是却显示redirecting stderr to stdout,左侧本应该生成.pdb .psf .crd三个文件,却生成了formated.out,各位老师有知道我是哪里出错了吗,感谢

202111032105341844..png (32.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

202111032105341844..png

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发表于 Post on 2021-11-3 22:17:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-2 11:06
S0用什么优化都行。但是S1如果是很显著的CT态,应当用HF成分整体较高或者长程HF成份较高的泛函优化S1

感谢两位老师,说到底还是要准确计算CT态能量,避免出现优化的势能面出现定性错误。

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发表于 Post on 2021-11-3 22:19:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-1 22:13
需要。普通杂化泛函的CT态势能面搞不好会定性错误,比如本来S1有平衡结构的,结果优化出来发现S1势能面从 ...

感谢两位老师,我自己用CAM-B3LYP和HF成分比较大的M062X做的opt确实效果比普通杂化泛函的优化结果合理。就是计算起来感觉慢好多。

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发表于 Post on 2021-11-4 09:36:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ljc050512 于 2021-11-4 09:37 编辑

老师们好,我在用ORCA计算有机反应产物的自由能,先用的r2SCAN-3c opt freq,再用的wB97M-V def2-TZVP算单点能。从单点能里读取“FINAL SINGLE POINT ENERGY”,从opt freq输出文件里读校正,我的问题是:不知道选下面三个校正的哪一个
Total thermal correction
Non-thermal (ZPE) correction
Total correction
看过sob老师的 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社  http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
里面粗人的做法:...“读取自由能热校正量(Thermal correction to Gibbs Free Energy=后面的值)”;这里的Thermal correction to Gibbs Free Energy是不是高斯程序输出文件里面的?对应ORCA的哪个校正呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-4 14:13:55 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-11-3 16:39
好的,谢谢老师,由于以前没有学过Eyring方程,对于双分子反应,不知道反应物的具体浓度,也不知道具体反 ...

看这个了解基本常识
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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Hear 发表于 2021-11-3 21:05
我想问下我在输入命令nohup charmm formated.out &之后,下面本应该显示done,但是却显示redirecting stder ...

动力学的问题别在量化答疑帖里问
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Zhuoran 发表于 2021-11-3 22:19
感谢两位老师,我自己用CAM-B3LYP和HF成分比较大的M062X做的opt确实效果比普通杂化泛函的优化结果合理。 ...

M062X本来就是普通杂化泛函
HF成份高低和计算耗时没任何直接关系,诸如HF成份50%的BHandHLYP耗时和B3LYP是一样的
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