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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-29 06:55:12 | 只看该作者 Only view this author
阿瞳 发表于 2021-10-28 20:33
Gaussian16A 03调用NBO7运行一直不结束,输出文件一直停留在Replace BD/BD* pair(s) in Lewis set by LP/LP ...

没具体信息没法判断
如果你怀疑是bug,去NBO论坛问开发者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-10-29 08:53:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-29 06:54
贴这些图还不如直接上传压缩后的out文件

好的好的 这是压缩后的out文件

2-1.zip

394.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-30 09:50:38 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-10-29 08:53
好的好的 这是压缩后的out文件

应该是gview的bug
如果你要看IRC轨迹,可以用下文的程序转成xyz轨迹,然后放到VMD里看
将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz
http://sobereva.com/285http://bbs.keinsci.com/thread-850-1-1.html
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发表于 Post on 2021-10-30 11:03:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我想问一下在跑结构优化的时候,加初猜结构和不加初猜结构的区别大吗?如果我再跑一个结构时候直接用了一个结构类似(仅电荷数改变了)的作为gif文件,是不是就不需要加guess=read来提供初猜结构呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-30 11:18:51 | 只看该作者 Only view this author
刘汉章 发表于 2021-10-30 11:03
sob老师好,我想问一下在跑结构优化的时候,加初猜结构和不加初猜结构的区别大吗?如果我再跑一个结构时候 ...

分清楚初猜波函数和初猜结构,完全是两码事。初猜波函数默认是程序自动产生,也可以guess=read从chk里读取;初猜结构通常在输入文件里直接写,也可以用geom=check从chk里读取。到底是哪个情况说清楚

分清楚gif和gjf
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发表于 Post on 2021-10-30 19:38:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-30 09:50
应该是gview的bug
如果你要看IRC轨迹,可以用下文的程序转成xyz轨迹,然后放到VMD里看
将Gaussian的IRC ...

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-10-30 19:53:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zzxxcc 于 2021-10-30 19:54 编辑

我在结构优化的时候,算了几个小时,出现了这样的报错:

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         20480
End          67072
End1         67072
Wr Pntr      20480
Rd Pntr      20480
Length       46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.

我从chk文件保存最后一帧的几何结构 继续进行优化 但是没算多久还是出现相同的报错

第一次的out文件如下





3-2 out.zip

1.26 MB, 下载次数 Times of downloads: 2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-31 18:08:52 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-10-30 19:53
我在结构优化的时候,算了几个小时,出现了这样的报错:

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 Si ...

可能硬盘不够了,或者内存给得太少
找个像样的机子跑linux版
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-11-1 10:52:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-31 18:08
可能硬盘不够了,或者内存给得太少
找个像样的机子跑linux版

好的 谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2021-11-1 16:20:02 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian内存和CPU的配置

本帖最后由 龙子坤 于 2021-11-1 16:44 编辑

求助:我的工作站CPU是2*16核的Xeon,内存128G,软件是Gaussian 16 win版本。我只提交一个任务,内存和CPU可以直接拉满吗?nproc=32. mem=100 GB吗?或者有什么更加合理的配置。谢谢大佬,新人刚入行,

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发表于 Post on 2021-11-1 16:56:38 | 只看该作者 Only view this author
换Linux。
说清你的Gaussian是32位版本还是64位版本。
不管换不换,认真看一遍卢老师博文《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://sobereva.com/439

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 17:03:15 | 只看该作者 Only view this author
龙子坤 发表于 2021-11-1 16:20
求助:我的工作站CPU是2*16核的Xeon,内存128G,软件是Gaussian 16 win版本。我只提交一个任务,内存和CPU ...

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

你这种配置的机子用windows版Gaussian完全是糟蹋
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发表于 Post on 2021-11-1 17:32:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-1 17:03
仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci.com/thre ...

好的,我仔细看,等我能慢慢入门再去研究linux系统。谢谢老师。

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发表于 Post on 2021-11-1 17:34:21 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-11-1 16:56
换Linux。
说清你的Gaussian是32位版本还是64位版本。
不管换不换,认真看一遍卢老师博文《Gaussian的安 ...

好的 我去研读。等明白了再去学linux系统。

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发表于 Post on 2021-11-1 21:53:08 | 只看该作者 Only view this author
请问,具有显著电荷转移特性的分子,做S0和S1结构优化的时候,有必要用范围分离泛函做优化吗?
还是说可以用常见杂化泛函优化,算TD的时候再改用范围分离泛函或比较大的基组呢?

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