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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-5 16:24:08 | 只看该作者 Only view this author
xuxu 发表于 2021-11-4 22:13
sob老师,我是想定义溶质的介电常数,不是溶剂的

完全是毫无意义的问题
搞清楚隐式溶剂模型的基本原理,本来就不利用溶质的介电常数你干嘛要定义?谁说要定义的?
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发表于 Post on 2021-11-5 17:54:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-5 16:21
你当前是判断跃迁类型,和算激发能完全是两码事

看各个激发态主导的组态函数,结合chk里的轨道的图形 ...

Sob老师抱歉,我没有表达清楚。我是通过SA-CASSCF方法计算了S0,S1和S2态的激发能。我除了想通过SA-CASSCF的方法得到3个态的激发能,还想判断S1态和S2态是npi*激发还是pipi*,可是用SA-CASSCF方法计算的输出结果里不像用TD-DFT的方法能直接看到组态系数,从而结合chk文件看到轨道,所以我想请问用SA-CASSCF方法应该如何查看轨道?

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发表于 Post on 2021-11-5 19:09:19 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2021-11-5 10:54
Sob老师抱歉,我没有表达清楚。我是通过SA-CASSCF方法计算了S0,S1和S2态的激发能。我除了想通过SA-CASSC ...

CASSCF也有组态系数啊,只不过组态不是按哪个轨道跃迁到哪个轨道来标记的,而是按轨道占据数标记的
比如你有ijk三个占据轨道,abc三个虚轨道,那么一个跃迁在TDDFT里会输出成类似j->b的形式,但是CASSCF的输出是类似212010的形式,也就是j单占、b单占,其余轨道占据数和基态HF参考态一样
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-5 19:37:39 | 只看该作者 Only view this author
想请问下,这个条件应该如何设置关键词呢

202111051937189458..png (87.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2021-11-5 20:26:24 | 只看该作者 Only view this author
xuxu 发表于 2021-11-5 12:37
想请问下,这个条件应该如何设置关键词呢

这个应该指的是,当计算蛋白里的反应的时候,把蛋白看作是一种介电常数为4或者10的溶剂。原则上严格一些的做法是用两层电介质,里面一层是蛋白,介电常数是4或10,外面是水,介电常数是78.39,但是高斯应该做不了这个。所以估计作者在计算蛋白里的反应的时候,是近似认为分子周围是无穷无尽的蛋白,一直到无穷远都是蛋白,而不是像实际情况那样只有近处是蛋白、远处是水
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-6 01:35:43 | 只看该作者 Only view this author
xuxu 发表于 2021-11-5 19:37
想请问下,这个条件应该如何设置关键词呢

这就是不考虑蛋白质具体形态,只体现被计算的物质在蛋白质内部,所以把蛋白质环境用连续介质方式平均化描述。

我没看到全文,但估计作者把蛋白质环境内的计算,和水环境中的计算,分成两种情况分别考虑。前者计算时自定义溶剂(照常用IEFPCM模型,介电常数设成4或10),后者就在IEFPCM计算时用默认的水溶剂就完了。
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发表于 Post on 2021-11-6 07:34:44 | 只看该作者 Only view this author
好的好的,谢谢两位老师

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发表于 Post on 2021-11-7 16:06:26 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,如果想较准确地计算一些特别小的分子,比如说羟基自由基分子,水分子,氢离子,氢氧根离子等的溶剂化自由能的话,可以采用Sob老师“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”博文里面的方法计算吗?由于我算的反应里面反应物或者生成物里面有涉及到这些小分子,需要算自由能变,自由能垒等,所以和老师请教一下这个问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-7 23:27:41 | 只看该作者 Only view this author
美泽虎 发表于 2021-11-7 16:06
请问各位老师,如果想较准确地计算一些特别小的分子,比如说羟基自由基分子,水分子,氢离子,氢氧根离子等 ...

水分子可以
氢离子、氢氧根绝对不能简简单单用隐式溶剂模型,结果定性错误。必须用杂化溶剂模型。这种净电荷密度非常大的情况,隐式溶剂模型都没法用。
羟基自由基也算不准。这么小体系用杂化溶剂模型没有任何难度。而且基本也不需要自己算,这么简单、关键的物质的溶解自由能100%在其他人的研究文章里都涉及过,直接用现成的就完了,除非你觉得别人的获取方式并不靠谱,你再去自己算。
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发表于 Post on 2021-11-8 11:21:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liustone 于 2021-11-8 11:24 编辑

老师,您好。我使用AIM结合VMD做氢键分析时,分析结果显示拓扑路径有S-C------O-C2,C-S------N-C3,O3-C------S-C这种临界点,请问这种没有氢供体的拓扑结构该怎么分析呢?可以用氢键的相关判据嘛?以及C-H------C-S这种拓扑结构,H连接的是C,不是典型的氢受体该怎么办呢?
需要我把这种不是典型氢键的拓扑路径删除嘛?

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发表于 Post on 2021-11-8 12:30:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-7 23:27
水分子可以
氢离子、氢氧根绝对不能简简单单用隐式溶剂模型,结果定性错误。必须用杂化溶剂模型。这种净 ...

好的!谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2021-11-8 15:32:02 | 只看该作者 Only view this author
亲爱的老师们好,我算催化剂气相下水吸附能很大,那么在水溶液做为隐式溶剂中水的吸附能会大大降低,1. 这个结果合理吗?2. 水溶液中全都是水,水的吸附能又怎么会降低呢?3. 气相下的水在水溶剂中,应该变成液态了吧,气相变液相是不是也得有个能量转化呀?

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发表于 Post on 2021-11-8 17:16:20 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-11-8 08:32
亲爱的老师们好,我算催化剂气相下水吸附能很大,那么在水溶液做为隐式溶剂中水的吸附能会大大降低,1. 这 ...

1. 合理
2. 水溶液里你算出来的其实是显式水吸附能和隐式水吸附能之差。因为催化剂吸附水和吸附后你都加了溶剂模型,等于吸附前就是吸满了一层水,吸附后还是一层水,所以结果接近0。
3. 对,所以水分子溶解在水里是放热的。但是这个不容易用隐式溶剂模型计算得到,因为隐式溶剂模型一般只能得到自由能,而得不到能量
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-8 17:59:16 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问为什么体系存在过渡金属,基态的自旋多重度可能为1 3 5 7...或者2 4 6 8...的取值,但对于普通的有机体系,基态的自旋多重度一般都为1(偶数个电子)或2(奇数个电子)?看到论坛上许多人处理过渡金属体系的做法是计算好几个自旋多重度的能量,取最低的一个作为基态,难道无法在计算前确定好体系的多重度么?

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发表于 Post on 2021-11-8 18:14:02 | 只看该作者 Only view this author
wudiazhu 发表于 2021-11-8 10:59
各位老师好,请问为什么体系存在过渡金属,基态的自旋多重度可能为1 3 5 7...或者2 4 6 8...的取值,但对于 ...

因为有机体系的自旋一般比较倾向于配对。其实这个规律对于有机体系也并不是总是成立,比如CH2的基态就是三重态。
如果要严格地确定任意体系的多重度,唯一的方法是把所有多重度都算一遍,取能量最低者,任何其他方法都不是完全严格的,但是如果一个方法正确的概率特别高(比如高于99.9%),就可以用这个方法。比如说,比较稳定的有机体系,自旋多重度一般是1或2,这个规律不完全严格,但正确率非常高,所以很多时候会直接用这个结论,而不把所有可能的自旋多重度都算一遍。对于过渡金属也有类似的方法,比如通过配体场理论判断,但是第一这样判断的正确率比较低,第二很多初学者不是很了解配体场理论,可能会用错,所以对于初学者,尤其是金属有机基础不是很扎实的初学者,建议把所有可能的多重度都算一遍。
Zikuan Wang
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