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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-8 19:17:34 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2021-11-8 11:21
老师,您好。我使用AIM结合VMD做氢键分析时,分析结果显示拓扑路径有S-C------O-C2,C-S------N-C3,O3-C-- ...

波函数分析问题到1L说的专门帖子里问

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的论坛新社员必读贴
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-11-8 19:29:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-8 19:17
波函数分析问题到1L说的专门帖子里问

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题,注 ...

好嘞,谢谢老师,我把问题完善一下,想问个清楚。麻烦老师费心了

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发表于 Post on 2021-11-8 21:15:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-8 17:16
1. 合理
2. 水溶液里你算出来的其实是显式水吸附能和隐式水吸附能之差。因为催化剂吸附水和吸附后你都加 ...

既然算出来的能量是显示水吸附能和隐式水吸附能之差,那么这个值可以认为是水在水溶剂下的吸附能吗?
1. 如果能,好像不合理啊,因为催化剂默认就吸满了一层水
2.如果不能,那水的吸附能应该怎么算呢?
ps:如果我就认为我算出来的结果是水的吸附能,那还可以发文章吗?我算了一些基于这个数据的工作,虽然还没发表。

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发表于 Post on 2021-11-8 21:29:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 化小白 于 2021-11-8 21:32 编辑

老师,您好,我想问一下优化的时候没有在SMD隐式溶剂模型下,opt freq b3lyp/genecp
em=gd3 scrf(read,solvent=2,2,2-TriFluoroEthanol) 。计算单点能的时候用的SMD隐式溶剂模型可以吗?
sp M06/genecp em=gd3 scrf(read,smd,solvent=2,2,2-TriFluoroEthanol),需要再在SMD溶剂模型下优化一遍吗?

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发表于 Post on 2021-11-8 21:38:18 | 只看该作者 Only view this author

计算单点能时元素的基组选择

大家好,想用b3lyp方法计算Sn元素的单点能,但不知道用什么合适的基组,要用混合基组计算吗,想请教一下大佬该如何解决?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-8 21:44:33 | 只看该作者 Only view this author
不干正事 发表于 2021-11-8 21:38
大家好,想用b3lyp方法计算Sn元素的单点能,但不知道用什么合适的基组,要用混合基组计算吗,想请教一下大 ...

谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-8 21:46:21 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-11-8 21:29
老师,您好,我想问一下优化的时候没有在SMD隐式溶剂模型下,opt freq b3lyp/genecp
em=gd3 scrf(read,sol ...

可以
不需要

不要写sp这种毫无意义的关键词

另外,你这种泛函的切换很莫名其妙,几乎没有任何情况适合这两种泛函分别用于优化和单点
什么时候该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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发表于 Post on 2021-11-8 22:04:12 | 只看该作者 Only view this author

带电体系计算弱相互作用选择基组

我计算的体系大概100原子,是带有正负电荷,想算下弱相互作用,因为我们没买高斯,所以倾向于使用orca,我想请问下前辈们使用b3lyp-D3/6-311+G**可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-8 22:10:42 | 只看该作者 Only view this author
zhangguangxu 发表于 2021-11-8 22:04
我计算的体系大概100原子,是带有正负电荷,想算下弱相互作用,因为我们没买高斯,所以倾向于使用orca,我 ...

说清楚是单点还是优化、什么机子

注意看下文Q11
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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发表于 Post on 2021-11-8 22:18:09 | 只看该作者 Only view this author

关于gaussian16的安装

请问一下,我为了装gaussian16,想先安装linux系统,linux加gaussian16一共大概需要多大内存呢

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发表于 Post on 2021-11-8 22:21:42 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-11-8 14:15
既然算出来的能量是显示水吸附能和隐式水吸附能之差,那么这个值可以认为是水在水溶剂下的吸附能吗?
1. ...

水溶剂下水的吸附能没有明确定义,因为你不管以什么方式往表面上加一个水分子,都会把一个已有的水分子挤走。如果硬是让表面”超负荷“吸附,比吸附满一层还多吸附一个水分子,又会让水分子之间的排斥能增加,导致你得到的不是纯粹的吸附能。
理论上有一种方法可以得到水溶剂下水的吸附能,方法是用显式溶剂模型或者显式/隐式混合溶剂模型模拟表面,然后做能量分解分析,把表面上某个水分子和表面之间的作用能单独分解出来。但是不同的能量分解分析的结果不一样,结果不是唯一的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-11-8 22:23:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-11-8 15:25 编辑

高斯运行时消耗的内存远大于Linux消耗的内存,而高斯运行时消耗多少内存取决于你要算多大的体系,用什么样的计算方法。所以你给的信息不足,无法回答。注意”高斯需要多少内存“和其他软件(比如游戏)消耗多少内存是完全不一样的问题,后者不管对什么用户都差不多多,但是前者就不一样了,1个G就够了的情况很多,100G还不够的也不少,完全取决于你要算什么。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-11-8 23:02:19 | 只看该作者 Only view this author
Depending of the complexity of your calc, you can get really complex calc that consume more than 100 GB or really simple ones which take less than 1 GB, for my personal computer what I do is split the disk by half for windows and linux, I prepare files or practice a few stuff, and use the computer of my lab to perform the big calculations.  

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-8 23:09:00 | 只看该作者 Only view this author
liv 发表于 2021-11-8 22:18
请问一下,我为了装gaussian16,想先安装linux系统,linux加gaussian16一共大概需要多大内存呢

能不能安装只取决于硬盘空间,而不在于内存大小。我怀疑你没分清楚内存和硬盘
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发表于 Post on 2021-11-9 09:09:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-8 22:21
水溶剂下水的吸附能没有明确定义,因为你不管以什么方式往表面上加一个水分子,都会把一个已有的水分子挤 ...

意思是我算的那个水在水隐性溶剂下的吸附能结果完全用不了了吗?
能量分解分析这个方法好像也不太准啊,水分子应该只有在位点附近才是强的吸附能,位点周围也没有什么吸附力呀,具体好像不太容易算出来的样子

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