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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-4 14:16:01 | 只看该作者 Only view this author
ljc050512 发表于 2021-11-4 09:36
老师们好,我在用ORCA计算有机反应产物的自由能,先用的r2SCAN-3c opt freq,再用的wB97M-V def2-TZVP算单 ...

用Shermo基于ORCA freq的输出文件算就完了,各项信息输出得极为清楚明白
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
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发表于 Post on 2021-11-4 15:57:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-4 14:16
用Shermo基于ORCA freq的输出文件算就完了,各项信息输出得极为清楚明白
使用Shermo结合量子化学程序方 ...

谢谢sob老师,我去尝试看看。

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发表于 Post on 2021-11-4 16:07:03 | 只看该作者 Only view this author
ljc050512 发表于 2021-11-4 02:36
老师们好,我在用ORCA计算有机反应产物的自由能,先用的r2SCAN-3c opt freq,再用的wB97M-V def2-TZVP算单 ...

对应G-E(el)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-11-4 17:32:33 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-11-4 19:15:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-25 15:37
不会遭到质疑的,用高斯优化结构、orca算单点的文章一搜一大把,而且orca对学术界是免费的。如果真的遭到 ...

DLPNO-CCSD(T)这个计算级别下的基组好像没有定义Os金属原子呀。这里怎么基组应该怎么选取呀,体系中既有金属也有非金属是不是还得分开给基组呢?

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发表于 Post on 2021-11-4 19:52:37 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-11-4 12:15
DLPNO-CCSD(T)这个计算级别下的基组好像没有定义Os金属原子呀。这里怎么基组应该怎么选取呀,体系中既有 ...

DLPNO-CCSD(T)是方法,不是基组,基组需要额外指定
建议选一个相对论基组,比如ZORA-def2-TZVP,然后加ZORA显式考虑相对论效应
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-4 21:40:02 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian关于隐式溶剂模型的参数设置

请问下,Gauss09使用隐式溶剂模型时如何设置溶质的介电常数?我需要将溶质介电常数设置为:
ε=4.0,这个该如何设置呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-4 22:13:18 | 只看该作者 Only view this author
xuxu 发表于 2021-11-4 21:40
请问下,Gauss09使用隐式溶剂模型时如何设置溶质的介电常数?我需要将溶质介电常数设置为:ε=4.0,这个该 ...

自定义溶剂
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-11-4 22:13:57 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我是想定义溶质的介电常数,不是溶剂的

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发表于 Post on 2021-11-4 23:00:22 | 只看该作者 Only view this author
老师们好!和大家请教一个优化双自由基分子结构的问题。我目前在算一个长链有机物自由基断掉其中一个C-C键的键解离能。由于断键后的一个片段是双自由基,看了sob老师的博文之后我是这样计算的。

1. 首先把断键之后我觉得和实际优化出来的分子长得比较像的结构画出来。
2. 关键词: UB3LYP/6-31G* guess=mix nosymm stable=opt得到了稳定的初猜波函数。
3. 关键词:um062x/6-311+g(d,p) scrf=smd em=gd3 guess=read nosymm opt freq stable读取上一步得到的波函数作为初猜并优化几何结构。但是一提交任务,gaussian马上就报错结束了。我试过把stable去掉其他不变的话是可以正常计算的。或者把opt freq去掉,stable保留也是可以计算的。但opt和freq其中只要有一个和stable共存都是一开始就报错退出。

我想和老师们请教一下,这个报错是因为gaussian里面不允许opt或freq和stable一块儿用吗 还是说是我高斯版本的问题?我用的是gaussian16 A03版本。

P.S.:第三步中之所以用m062x-d3(0)/6-311+g(d,p)优化是因为算键解离能的时候其他片段都是用这个方法优化的,为了计算出的键解离能之间可以相互比较才选用的这个方法优化。

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发表于 Post on 2021-11-4 23:06:14 | 只看该作者 Only view this author
xuxu 发表于 2021-11-4 14:40
请问下,Gauss09使用隐式溶剂模型时如何设置溶质的介电常数?我需要将溶质介电常数设置为:ε=4.0,这个该 ...

隐式溶剂模型只需要知道溶剂的介电常数,不需要溶质的介电常数。所以既不能设置,也没必要设置。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-11-4 23:09:48 | 只看该作者 Only view this author
美泽虎 发表于 2021-11-4 16:00
老师们好!和大家请教一个优化双自由基分子结构的问题。我目前在算一个长链有机物自由基断掉其中一个C-C键 ...

跑opt freq的时候去掉stable,优化收敛以后另写一个输入文件对优化收敛的结构下的SCF波函数做stable=opt,如果波函数稳定,结果可以直接用;如果波函数不稳定,用stable=opt后的稳定波函数继续opt freq,然后再做stable=opt,如此迭代直至得到一个既是极小值点结构,其波函数又稳定的结果为止。
如果你写opt freq stable,高斯不知道stable应该在opt之前做还是在opt之后做,所以报错。
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发表于 Post on 2021-11-5 00:02:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-4 23:09
跑opt freq的时候去掉stable,优化收敛以后另写一个输入文件对优化收敛的结构下的SCF波函数做stable=opt ...

谢谢老师的详细解答!我明白了

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发表于 Post on 2021-11-5 15:41:19 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,想要请教一个在Gaussian中计算激发能的问题。我在Gaussian中用SA-CASSCF的方法计算S0,S1和S2态的激发能,我想通过看S1和S2态的轨道来判断的跃迁类型,请问如果我想要看S1和S2态的轨道,应该如何操作呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-5 16:21:42 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2021-11-5 15:41
Sob老师好,想要请教一个在Gaussian中计算激发能的问题。我在Gaussian中用SA-CASSCF的方法计算S0,S1和S2态 ...

你当前是判断跃迁类型,和算激发能完全是两码事

看各个激发态主导的组态函数,结合chk里的轨道的图形判断是什么激发
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