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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-2-7 11:30:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想请问一下:分子只含碳氢氧的(如二甲醚),用b3lyp/6-311g(2d,d,p) 进行柔性扫描确定最稳定的构象,用CBS-QB3热力学组合方法算单点能。这样选择计算级别合理吗?

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发表于 Post on 2022-2-8 00:44:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-7 01:39
精度要求高的,B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP做优化和振动分析,DLPNO-CCSD(T) with tightPNO / cc-pVQZ算高精度 ...

谢谢,再请教一下,高斯的Gn方法相比CCSD(T)在精度和时间上有何优劣

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-8 01:12:43 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-2-8 00:44
谢谢,再请教一下,高斯的Gn方法相比CCSD(T)在精度和时间上有何优劣

没有可比性,前者是热力学组合方法,后者是常规的理论方法而且必须说清楚Gn具体指什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-8 01:15:36 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-2-7 09:25
sob老师您好,您指的是NBO布局分析还是muliken布局分析呀?您所指的布局分析可以用multiwfn做吗?

那叫NPA布居分析
NPA或Mulliken都可以,NPA之后会支持,用Multiwfn可以用Mulliken分析实现,参考
利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系
http://sobereva.com/418http://bbs.keinsci.com/thread-10094-1-1.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-8 01:15:59 | 只看该作者 Only view this author
慢半拍的小陈 发表于 2022-2-7 11:30
sob老师您好,我想请问一下:分子只含碳氢氧的(如二甲醚),用b3lyp/6-311g(2d,d,p) 进行柔性扫描确定最稳 ...

热力学组合方法本来就包含优化的步骤,你事先自己优化完全多余
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发表于 Post on 2022-2-8 09:59:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 01:15
那叫NPA布居分析
NPA或Mulliken都可以,NPA之后会支持,用Multiwfn可以用Mulliken分析实现,参考
利用 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-2-8 11:39:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 01:12
没有可比性,前者是热力学组合方法,后者是常规的理论方法而且必须说清楚Gn具体指什么

主要是我们行业算生成焓主要都是用G2方法,然后结合原子化焓和实测原子生成焓算的,想知道这种方法相比CCSD(T)的优劣

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发表于 Post on 2022-2-8 15:31:15 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-2-8 04:39
主要是我们行业算生成焓主要都是用G2方法,然后结合原子化焓和实测原子生成焓算的,想知道这种方法相比CC ...

G2是CCSD(T)的近似,一方面G2用的是不如CCSD(T)严格的QCISD(T)方法,另一方面G2的QCISD(T)计算是用的一个比较小的基组来做的,基组误差通过一系列的比较便宜的MP2、MP4等方法来估计。所以要论G2和CCSD(T)的优劣,就是前者快而后者准。
但是Gn方法其实早就过时了,你们行业之所以一直用G2,可能只是因为从Gn还没过时的年代(比如10年前)一代一代传承下来的,没有去探索新方法而已。像sob老师所说,B3LYP优化结构、DLPNO-CCSD(T)算单点,这个方法既比Gn快,又比Gn准。如果仍然用G2,反倒容易被审稿人质疑,比如G2里的频率是用HF算的,碰到HF的频率定性错误、只有DFT才能把频率算准(比如HF有虚频、DFT没有虚频)的情形,G2肯定会被人质疑。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-2-8 16:08:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-8 15:31
G2是CCSD(T)的近似,一方面G2用的是不如CCSD(T)严格的QCISD(T)方法,另一方面G2的QCISD(T)计算是用的一个 ...

学到了,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-8 23:50:59 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-2-8 11:39
主要是我们行业算生成焓主要都是用G2方法,然后结合原子化焓和实测原子生成焓算的,想知道这种方法相比CC ...

G2已经完全过时了,没有一丁点使用价值
但凡G2算得动的情况,都应当用G4(MP2),耗时比G2不仅低得多,精度还好得多
对精度要求更高应当用2007年提出的G4。这年头还用30年前(1991年)的老掉牙的G2发文章,但凡碰见理论内行审稿人,不被comment才怪
对于G4(MP2)算不动的情况,最佳选择就是前面说的依靠DLPNO-CCSD(T)算
你们那个行业的祖传的知识早该更新了






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发表于 Post on 2022-2-9 01:22:23 | 只看该作者 Only view this author
请问Gaussian输入文件的这一段是什么意思呢

202202090121425305..png (1.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202202090121425305..png

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发表于 Post on 2022-2-9 02:18:37 | 只看该作者 Only view this author
negligible 发表于 2022-2-8 18:22
请问Gaussian输入文件的这一段是什么意思呢

参见http://gaussian.com/geom/
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-2-9 09:44:59 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,这句话“对催化循环中的相关中间体或者过渡态进行前线分子轨道分析,成键分析(如NBO 方法),布局分析、差分电荷分析以及电子自旋分析等。“有没有问题呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-9 12:05:22 | 只看该作者 Only view this author
negligible 发表于 2022-2-9 01:22
请问Gaussian输入文件的这一段是什么意思呢

体现原子间的形式键级
此文里提了
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-9 12:05:53 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-2-9 09:44
sob老师您好,这句话“对催化循环中的相关中间体或者过渡态进行前线分子轨道分析,成键分析(如NBO 方法) ...

那叫布居分析

其它的,没具体语境,至少不能说有问题
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