简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

498746012

sob老师您好，想请教您如下三个问题：1.某个有机物质pH值的计算一般用什么泛函比较好呀？2.能否推荐几篇计算pH值相关的文献 3. 有文献说可以使用H2O,H3O+的水合自由能的实验值来计算pH值，这样的做法可靠吗？

wzkchem5

498746012 发表于 2022-1-23 10:11
sob老师您好，想请教您如下三个问题：1.某个有机物质pH值的计算一般用什么泛函比较好呀？2.能否推荐几篇计 ...

没有某个物质的pH值这个说法，你要问的是不是pKa？

sobereva

sxx123321 发表于 2022-1-23 12:34
求助：想问下LUMO轨道的能量可能为正值吗？用的PBE方法，算出某个团簇LUMO轨道的能量为正值，想问下这样的 ...

别多想
可正可负，这里说了
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543（http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html）

lukaizhou

sobereva 发表于 2022-1-21 14:51
如果优化过程结构不发生改变，优化还有什么意义？

正常优化是构象发生改变，而不是构型。

wzkchem5

lukaizhou 发表于 2022-1-23 16:53
正常优化是构象发生改变，而不是构型。

建议贴一下你优化前和优化后的结构。可能是初始结构不合理，也可能是这个体系本来就会自发发生化学反应导致构型变化，如果不给具体结构没法判断是否合理

498746012

wzkchem5 发表于 2022-1-23 20:04
没有某个物质的pH值这个说法，你要问的是不是pKa？

是的老师，是pka的计算。

sobereva

498746012 发表于 2022-1-24 09:18
是的老师，是pka的计算。

从里面年份较新的开始往老的看



不要什么都想着DFT
pKa要算得很准，气相自由能通常用热力学组合方法。只有中、大体系不得已才能用DFT

498746012

sobereva 发表于 2022-1-24 12:11
从里面年份较新的开始往老的看

谢谢sob老师的热情解答

huozhong

运行信息：124个原子，CHBN, %nprocshared=20  %mem=40GB
过渡态已经在 # opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis) freq b3lyp/6-31g(d)方法下找到（虚频振动方向也对），现在改为# opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis) def2svp m062x却一直报错(输入文件2.com，报错输出文件2.log)，没找到原因。
报错信息：
Rotational constants (GHZ):           0.0787308           0.0315740           0.0297710
Standard basis: def2SVP (5D, 7F)
There are  1180 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are  1124 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
  1124 basis functions,  1876 primitive gaussians,  1180 cartesian basis functions
   203 alpha electrons      203 beta electrons
       nuclear repulsion energy      8236.8902877310 Hartrees.
NAtoms=  124 NActive=  124 NUniq=  124 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=  146070 NPrTT=  513510 LenC2=  108500 LenP2D=  237723.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 4 Len=   56
NBasis=  1124 RedAO= T EigKep=  2.04D-04  NBF=  1124
NBsUse=  1124 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=  1124
ExpMin= 8.36D-02 ExpMax= 1.71D+03 ExpMxC= 2.58D+02 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor= 1009 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor= 1009 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved.  Increase integral accuracy.
SCF Done:  E(RM062X) =  -2212.27930027     A.U. after   21 cycles
            NFock= 21  Conv=0.59D-08     -V/T= 2.0119
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:     1  1124
NBasis=  1124 NAE=   203 NBE=   203 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=   1124 NOA=   203 NOB=   203 NVA=   921 NVB=   921

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.10900105D+02

   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=  146070 NPrTT=  513510 LenC2=  108500 LenP2D=  237723.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 5 Len=  102
Number of processors reduced to   3 by ecpmxn.
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    63 centers at a time, making    2 passes.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   788 does not exist.
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=111111111111111111111111
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
CalDSu exits because no D1Ps are significant.
          There are   375 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=6 NUNeed=     0.
    372 vectors produced by pass  0 Test12= 1.87D-13 1.00D-09 XBig12= 1.23D-01 1.05D-01.
AX will form    72 AO Fock derivatives at one time.
    372 vectors produced by pass  1 Test12= 1.87D-13 1.00D-09 XBig12= 2.33D-02 3.57D-02.
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
烦请懂的指点一下，谢谢

sai77

没有报错吧，任务还在运行啊，这里很慢，耐心多等等

huozhong

sai77 发表于 2022-1-29 10:03
没有报错吧，任务还在运行啊，这里很慢，耐心多等等

好的，非常感谢，那应该是我理解错了

TinnKuka

各位老师好，最近正在阅读电负性计算的文献：https://arxiv.org/abs/1611.01033，里面提到电离能和亲合能的计算是IP = E(Z, Z − 1) − E(Z, Z)、EA= E(Z, Z) − E(Z, Z + 1)，其中Z是atomic number。我的问题是计算亲合能的时候，E(Z，Z+1)的结构不需要去掉一个氢，而是直接引入一个电荷吗？谢谢老师们！

wzkchem5

TinnKuka 发表于 2022-2-2 13:59
各位老师好，最近正在阅读电负性计算的文献：https://arxiv.org/abs/1611.01033，里面提到电离能和亲合能的 ...

对，因为计算电负性用到的亲和能是电子亲和能，没有质子或者氢的事。如果你要计算质子亲和能，那就需要既加氢又把电荷加1。

TinnKuka

wzkchem5 发表于 2022-2-2 23:34
对，因为计算电负性用到的亲和能是电子亲和能，没有质子或者氢的事。如果你要计算质子亲和能，那就需要既 ...

明白了，谢谢老师！

wy标点人生

虚频在SCI论文中应该怎么写呢？我有看到单位是i/cm，但是有老师说应该是i 1/cm，希望老师能帮我解答一下！