计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

334

帖子

0

威望

2357

eV
积分
2691

Level 5 (御坂)

14551#
发表于 Post on 2022-1-13 17:16:18 | 只看该作者 Only view this author
我有一批用Gaussian优化好的结构,想用Orca5.0.1算单点(PWPB95-D3BJ/def2-QZVPP),关键词如下(Multiwfn生成的):
! PWPB95 D3 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs   4 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "benzene"
end
但其中有几个结构是激发态(第5激发态),不知道关键词该怎么写?是否直接添加下面的字段就可以了?
%tddft
nroots 10
iroot 5
TDA false
end

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

14552#
发表于 Post on 2022-1-13 18:12:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-1-14 13:39 编辑
霜晨月 发表于 2022-1-13 10:16
我有一批用Gaussian优化好的结构,想用Orca5.0.1算单点(PWPB95-D3BJ/def2-QZVPP),关键词如下(Multiwfn ...

可以,不过注意双杂化泛函的TDDFT比较耗时间和内存,建议拿最大的那个激发态分子试一下PWPB95/def2-QZVPP能不能跑动,如果跑不动需要把理论级别降到比如说PWPB95/def2-TZVPP
EDIT: ORCA目前不支持用PWPB95算TDDFT,需要换其他双杂化泛函。但是未来(比如从ORCA 5.1.0开始)也许会支持
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

334

帖子

0

威望

2357

eV
积分
2691

Level 5 (御坂)

14553#
发表于 Post on 2022-1-13 18:34:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-13 18:12
可以,不过注意双杂化泛函的TDDFT比较耗时间和内存,建议拿最大的那个激发态分子试一下PWPB95/def2-QZVPP ...

好的,多谢老师

286

帖子

0

威望

2723

eV
积分
3009

Level 5 (御坂)

14554#
发表于 Post on 2022-1-13 20:26:26 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,对于一个阴离子体系,可否通过做分子静电势图,在其极小点处加上抗衡离子,使其整体呈现电中?还有其他的方法么,可以判断在阴离子体系上抗衡离子的摆放位置?

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14555#
发表于 Post on 2022-1-13 20:38:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-13 08:15
做这种对比毫无意义,注意看
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
http://sobereva.com/554( ...

嗯是的,但是这是我们计算化学课程的课堂作业

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14556#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 06:27:47 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-1-13 20:38
嗯是的,但是这是我们计算化学课程的课堂作业

把我的回复给你老师看,免得误人子弟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14557#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 06:28:33 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2022-1-13 20:26
请问一下,对于一个阴离子体系,可否通过做分子静电势图,在其极小点处加上抗衡离子,使其整体呈现电中?还 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14558#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 06:30:04 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2022-1-13 17:16
我有一批用Gaussian优化好的结构,想用Orca5.0.1算单点(PWPB95-D3BJ/def2-QZVPP),关键词如下(Multiwfn ...

双杂化算TDDFT用def2-TZVP足矣,之前专门有人测试过
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

334

帖子

0

威望

2357

eV
积分
2691

Level 5 (御坂)

14559#
发表于 Post on 2022-1-14 10:06:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-14 06:30
双杂化算TDDFT用def2-TZVP足矣,之前专门有人测试过

好的,多谢社长

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14560#
发表于 Post on 2022-1-14 20:31:05 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,学习mess的手册以及一些示例输入文件时候,看到有Rotor  Hindered的处理,在频率部分也会给出!       127.98      ! hindered 的注释。mess的输入文件是根据高斯计算写的,那么我们如何从高斯的输出文件判断出是否要做受阻转子处理呢?谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14561#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-15 06:48:40 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-1-14 20:31
各位老师好,学习mess的手册以及一些示例输入文件时候,看到有Rotor  Hindered的处理,在频率部分也会给出! ...

我没用过mess不清楚
对应势垒较低的二面角转动的模式适合用hindered rotor方式处理,Gaussian里有freq=hinderedrotor关键词可以自动识别和考虑受阻转子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

17

eV
积分
23

Level 1 能力者

14562#
发表于 Post on 2022-1-15 14:18:17 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,学到了

24

帖子

0

威望

181

eV
积分
205

Level 3 能力者

14563#
发表于 Post on 2022-1-16 15:38:41 | 只看该作者 Only view this author
请问频率计算区分基态和激发态的概念吗?比如在实验中,可以测量到基态分子的拉曼振动,和激发态的拉曼振动(比如假定的Frank Condon态的拉曼振动,与基态构型认为相同),这一点在频率计算中怎么体现的呢?

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

14564#
发表于 Post on 2022-1-16 15:59:41 | 只看该作者 Only view this author
Zhuoran 发表于 2022-1-16 08:38
请问频率计算区分基态和激发态的概念吗?比如在实验中,可以测量到基态分子的拉曼振动,和激发态的拉曼振动 ...

区分的,如果要算激发态频率,需要对激发态做opt+freq,这个和对基态做opt+freq是不等价的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

14565#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 07:08:43 | 只看该作者 Only view this author
Zhuoran 发表于 2022-1-16 15:38
请问频率计算区分基态和激发态的概念吗?比如在实验中,可以测量到基态分子的拉曼振动,和激发态的拉曼振动 ...

每个态都有各自的势能面,理论计算角度在任何态的势能面上都可以做振动分析
计算时候需要加上相应关键词让程序知道振动分析是对激发态来做的,比如Gaussian里对TDDFT计算的激发态做振动分析就要在freq的同时写上TD,下文说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 18:04 , Processed in 2.646046 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list