计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

341

帖子

0

威望

4571

eV
积分
4912

Level 6 (一方通行)

14566#
发表于 Post on 2022-1-17 20:13:03 | 只看该作者 Only view this author
请问计算离子吸附,6-31G*优化,6-311+G**单点能,是否还需要在6-311+G**进行BSSE校正?

24

帖子

0

威望

181

eV
积分
205

Level 3 能力者

14567#
发表于 Post on 2022-1-17 21:43:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-16 15:59
区分的,如果要算激发态频率,需要对激发态做opt+freq,这个和对基态做opt+freq是不等价的

非常感谢老师!

24

帖子

0

威望

181

eV
积分
205

Level 3 能力者

14568#
发表于 Post on 2022-1-17 21:43:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-17 07:08
每个态都有各自的势能面,理论计算角度在任何态的势能面上都可以做振动分析
计算时候需要加上相应关键词 ...

非常感谢社长!

1万

帖子

0

威望

9893

eV
积分
22141

Level 6 (一方通行)

14569#
发表于 Post on 2022-1-17 21:44:05 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2022-1-17 13:13
请问计算离子吸附,6-31G*优化,6-311+G**单点能,是否还需要在6-311+G**进行BSSE校正?

只要吸附是纯粹的非共价吸附,没有配位键之类的,那么加就比不加好

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
archer + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125194

管理员

公社社长

14570#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-18 08:57:30 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2022-1-17 20:13
请问计算离子吸附,6-31G*优化,6-311+G**单点能,是否还需要在6-311+G**进行BSSE校正?

BSSE校正有不同的方式,典型的比如counterpoise、gCP,需要分清楚
对于弱相互作用范畴,这种大小基组下考虑counterpoise依然是有明显好处的

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
archer + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

14571#
发表于 Post on 2022-1-18 11:41:04 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想用mess计算H提取反应的速率常数,所以先用高斯优化了过渡态结构。之后要对低频对应的振动进行受阻转子处理,请问多低的频率算是低频呢?一般是指谐振频率在100 cm-1以下的那些振动模式吗?另外比较不清楚的是如何判断某个低频对应哪个二面角扫描呢?下面是freq=96.43的一个低频振动,有点大所以压缩,可能不方便查看,不好意思,谢谢。

freq=96.43.zip

1.12 MB, 下载次数 Times of downloads: 5

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125194

管理员

公社社长

14572#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-18 12:39:05 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-1-18 11:41
各位老师好,我想用mess计算H提取反应的速率常数,所以先用高斯优化了过渡态结构。之后要对低频对应的振动 ...

确切来说看的是旋转势垒而不是频率
要求不高的时候,用Grimme的准RRHO考虑就完了,看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

要求较高的时候,考虑用Gaussian的freq=hinderedrotor关键词自动检测和考虑受阻转子,具体看手册引用的原文

要求很高的时候,涉及到做势能面柔性扫描,最麻烦也费时。也有MStor等其它考虑方法。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

181

eV
积分
205

Level 3 能力者

14573#
发表于 Post on 2022-1-19 18:53:51 | 只看该作者 Only view this author

请问有Gaussian做完结构优化后 自动进行TD计算的脚本吗?

请问有Gaussian做完结构优化后,取收敛的结构,自动提交TD计算的脚本吗?或者是在高斯的输入文件里怎么写可以实现呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125194

管理员

公社社长

14574#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-19 19:35:07 | 只看该作者 Only view this author
Zhuoran 发表于 2022-1-19 18:53
请问有Gaussian做完结构优化后,取收敛的结构,自动提交TD计算的脚本吗?或者是在高斯的输入文件里怎么写可 ...



guess=read读取之前任务的chk,guess=geom读取之前任务的几何结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

13

eV
积分
15

Level 1 能力者

14575#
发表于 Post on 2022-1-20 09:24:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Isomerase 于 2022-1-20 09:26 编辑

各位老师好,我现在在计算一个α,β-不饱和酮催化还原反应的过渡态,催化剂为铜-氮杂卡宾配合物,反应过程中Cu(I)上的H转移到不饱和键上,过渡态的计算已有相关文献:Dong L, Qin S, Yang H, et al. Theoretical Investigation on Copper Hydrides Catalyzed Hydrosilylation Reaction of 3-Methylcyclohex-2-Enone: Mechanism and Ligands’ Effect[J]. Catal. Sci. Technol., 2012, 2(3): 564–569.

和文献中不同的是,我将咪唑环上的N-取代基换成了甲基,按文献方法用b3lyp/6-311++g(d,p)+SDD计算后,再用tpssh全电子基组优化,输入文件的关键字为#p opt=(calcall,ts,noeigen) freq 6-311++g(d,p) tpssh
但是过渡态的虚频是甲基旋转,而不是Cu-H振动,加int=ultrafine symmetry=none之后仍然是相同结果,想请教这种问题该如何解决
输出文件:https://file.io/gyuemA5R4236
另外还想请教,氢转移后铜配合物需要从硅烷中夺取1个H再生,结构中加入硅烷会使单点能发生变化,以文献中的L2-COM作为能量零点,如何校正加入硅烷之后的能量,谢谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125194

管理员

公社社长

14576#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-20 11:43:45 | 只看该作者 Only view this author
Isomerase 发表于 2022-1-20 09:24
各位老师好,我现在在计算一个α,β-不饱和酮催化还原反应的过渡态,催化剂为铜-氮杂卡宾配合物,反应过程 ...

我不知道“按文献方法用b3lyp/6-311++g(d,p)+SDD计算后,再用tpssh全电子基组优化”是要做什么,前者做的是什么计算。

如果你要重复原文里的结果,看看补充材料里有没有坐标,有的话直接用,没有的话找作者要。然后用作者相同的级别去优化过渡态,如果虚频没问题,再用这个结构当初始结构靠TPSSh再找过渡态,并且步长上限设小点。

计算出L2-IM1 + 硅烷 -> L2-IM2的能量变化,加到图中L2-IM1的能量上作为图中L2-IM2的能量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

13

eV
积分
15

Level 1 能力者

14577#
发表于 Post on 2022-1-20 12:43:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-20 11:43
我不知道“按文献方法用b3lyp/6-311++g(d,p)+SDD计算后,再用tpssh全电子基组优化”是要做什么,前者做的 ...

谢谢sob老师,其实我用的坐标就是文献补充材料里扒下来的,不过删掉了几个原子。因为我自己要做的体系取代基位阻不用那么大。但是按照文献用的计算量级,即b3lyp/6-311++g(d,p)+SDD得不到正确的虚频,所以我用tpssh又试了一次,结果相同。冻结甲基之后,无法产生虚频。我再去减小步长试试

8

帖子

0

威望

53

eV
积分
61

Level 2 能力者

14578#
发表于 Post on 2022-1-21 14:24:45 | 只看该作者 Only view this author

优化过程中,构型发生了改变。

在对化合物的构象进行优化的过程中,构型发生了改变,请问有人遇到过这种情况吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125194

管理员

公社社长

14579#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-21 14:51:41 | 只看该作者 Only view this author
lukaizhou 发表于 2022-1-21 14:24
在对化合物的构象进行优化的过程中,构型发生了改变,请问有人遇到过这种情况吗

如果优化过程结构不发生改变,优化还有什么意义?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

28

帖子

0

威望

91

eV
积分
119

Level 2 能力者

14580#
发表于 Post on 2022-1-23 12:34:38 | 只看该作者 Only view this author

求助:想问下LUMO轨道的能量可能为正值吗?PBE方法

求助:想问下LUMO轨道的能量可能为正值吗?用的PBE方法,算出某个团簇LUMO轨道的能量为正值,想问下这样的能量算出的HOMO-LUMO能差可靠吗?多谢!
72是HOMO,73是LUMO

202201231234024570..png (1.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202201231234024570..png

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 16:39 , Processed in 0.928742 second(s), 32 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list