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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-12 03:04:42 | 只看该作者 Only view this author
静静子 发表于 2022-2-11 22:55
输入文件如下所示,log文件一直报错,不知是哪里出了问题,在线请教~
%chk=/scratch/OTrPhCzBr.chk
#p td ...

仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html再发帖
下次发帖时如果用“求助”这样的严重违规的标题,直接删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-2-12 20:35:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-24 01:58
建议贴一下你优化前和优化后的结构。可能是初始结构不合理,也可能是这个体系本来就会自发发生化学反应导 ...

谢谢啊


lkz-53-1.gjf

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发表于 Post on 2022-2-12 21:45:40 | 只看该作者 Only view this author

优化后化合物构型发生了改变

这个化合物优化前和优化后的构型发生了改变,请问是怎么回事?

lkz-53优化前.gjf

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lkz-53-优化后.gjf

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发表于 Post on 2022-2-12 23:35:04 | 只看该作者 Only view this author
看起来没什么大变化啊,哪里变了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-13 03:45:45 | 只看该作者 Only view this author
lukaizhou 发表于 2022-2-12 21:45
这个化合物优化前和优化后的构型发生了改变,请问是怎么回事?

几何优化不改变结构,优化还有什么意义?

按此文做法算个RMSD就知道整体也没什么显著变化
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html

这种过于初级的问题在此帖回帖里提问,不要单独发帖。

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发表于 Post on 2022-2-13 18:19:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-12 23:35
看起来没什么大变化啊,哪里变了

有一个手性中心从S变成了R

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发表于 Post on 2022-2-13 18:29:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-13 03:45
几何优化不改变结构,优化还有什么意义?

按此文做法算个RMSD就知道整体也没什么显著变化

就是化合物中有一个手性中心优化后 从S构型变成了R构型。不知道为啥?优化构型不应该改变啊。

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发表于 Post on 2022-2-13 19:27:15 | 只看该作者 Only view this author
lukaizhou 发表于 2022-2-13 11:19
有一个手性中心从S变成了R

第几号碳变了?我这里看没有变化啊。
注意优化的时候分子整体会旋转,所以简单地把两个输出文件打开看是不行的,必须把两个分子转到相同角度才能比较。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-14 04:51:35 | 只看该作者 Only view this author
lukaizhou 发表于 2022-2-13 18:29
就是化合物中有一个手性中心优化后 从S构型变成了R构型。不知道为啥?优化构型不应该改变啊。

用下文的方法把两个分子叠合再对比
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html
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发表于 Post on 2022-2-14 15:51:08 | 只看该作者 Only view this author

使用赝势基组出现问题

使用赝势基组出现问题,请问输入文件有什么问题吗?

Rotational constants (GHZ):           0.2807504           0.0638861           0.0527471
Leave Link  202 at Mon Feb 14 15:45:44 2022, MaxMem=  6710886400 cpu:               0.3 elap:               0.0
(Enter /home/gaussian/g16_C01_AVX2/g16/l301.exe)
General basis read from cards:  (5D, 7F)
Centers:       2      4      6      8      9     10     12     14     16     17
Centers:      18     20     22     24     26      3      5      7     11     13
Centers:      15     19     21     23     25     27      1
6-31G*
****
======================================================================================================
                                       Pseudopotential Parameters
======================================================================================================
  Center     Atomic      Valence      Angular      Power
  Number     Number     Electrons     Momentum     of R      Exponent        Coefficient   SO-Coeffient
======================================================================================================
Unrecognized atomic symbol****
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/g16_C01_AVX2/g16/l301.exe at Mon Feb 14 15:45:44 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 13.9 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

----------

%chk=SQ-CdI2.chk
%nprocshared=32
%mem=50GB
#p opt b3lyp/genecp

SQ-CdI2

0 1
N                         8.03300000    1.84800000    0.89500000
C                         6.85300000    1.57400000    0.39700000

......
Cd                       10.14100000    0.23300000    0.22000000
I                        12.61800000    0.73200000    1.27900000
I                         9.76600000   -1.92100000   -1.43100000

C H N 0
6-31G*
****

Cd 0
LANL2DZ
****

I 0
LANL2DZ
****

Cd 0
LANL2DZ
I 0
LANL2DZ



--------------






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发表于 Post on 2022-2-14 15:52:49 | 只看该作者 Only view this author
基组部分,内部不能有空行。
C H N 0
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Cd 0
LANL2DZ
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I 0
LANL2DZ
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自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-2-14 15:57:47 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-2-14 15:52
基组部分,内部不能有空行。
C H N 0
6-31G*

好的,谢谢

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发表于 Post on 2022-2-14 20:35:48 | 只看该作者 Only view this author

wfn文件在gaussview中画图时出现表面构建失败的原因

wfn文件在gaussview中画图时出现表面构建失败,处理网格无数据绘制的原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-15 06:58:36 | 只看该作者 Only view this author
mali 发表于 2022-2-14 20:35
wfn文件在gaussview中画图时出现表面构建失败,处理网格无数据绘制的原因

gview根本就不支持wfn文件,怎么可能用gview画图
图片文件直接贴图,不要作为附件上传
GaussView明显不属于分子模拟范畴的程序,帖子应发到量子化学版,这次给你合并了,以后发帖时候注意。

说清楚要画什么图,输入文件怎么得到的,仔细看此文再发帖
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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发表于 Post on 2022-2-16 19:37:32 | 只看该作者 Only view this author
老师好,对结构优化的方法有点不理解,请问为啥不能(用极值条件)直接求势能U关于坐标的一阶偏导数令其等于零,解这个方程组直接不就可以得到能量极小值对应的原子坐标了吗?为什么需要一次次迭代求解呢?

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