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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-2-9 14:47:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-9 12:05
那叫布居分析

其它的,没具体语境,至少不能说有问题

谢谢sob老师

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14627#
发表于 Post on 2022-2-9 16:20:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-9 12:05
那叫布居分析

其它的,没具体语境,至少不能说有问题

谢谢sob老师

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14628#
发表于 Post on 2022-2-9 16:20:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-9 02:18
参见http://gaussian.com/geom/

谢谢老师

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14629#
发表于 Post on 2022-2-9 19:52:46 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,请问我想用Gaussian计算这种无限延申的层状结构的拉曼光谱,选多少个原子好呢?

202202091946116729..png (126.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2022-2-10 09:43:35 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,跑完IRC后想对曲线两个端点的结构优化得到反应物和产物,优化的方法和过渡态优化、跑IRC的方法保持相同吗?

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14631#
发表于 Post on 2022-2-10 09:48:25 | 只看该作者 Only view this author
在文献中看到“For the barrierless reactions, the minimum energy paths (MEP) are scanned along the C–OO bond with a 0.05 Å interval at the B3LYP/6–311++G(d,p) level.”,提到的无能垒反应是图片所示的加氧反应。请问各位老师提到的势能面扫描是对谁扫描呢?这个反应没有过渡态,我有点不明白,麻烦老师解答,谢谢。

202202100947281723..png (15.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-10 10:03:18 | 只看该作者 Only view this author
negligible 发表于 2022-2-9 19:52
老师们好,请问我想用Gaussian计算这种无限延申的层状结构的拉曼光谱,选多少个原子好呢?

不建议用簇模型算这种体系的振动问题,很容易被怼
建议用CP2K、Crystal等程序来算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-10 10:20:48 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-10 09:43
请问各位老师,跑完IRC后想对曲线两个端点的结构优化得到反应物和产物,优化的方法和过渡态优化、跑IRC的方 ...

虽然不是严格要求相同,但没有理由不同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-10 10:21:34 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-10 09:48
在文献中看到“For the barrierless reactions, the minimum energy paths (MEP) are scanned along the C ...

应该是O和那个自由基位点的碳之间的扫描
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发表于 Post on 2022-2-10 10:29:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-10 10:21
应该是O和那个自由基位点的碳之间的扫描

老师,那是不是我要假想一个该自由基与O2反应的过渡态结构,然后扫描相关的键长呢?从假想结构的C-OO键长间隔0.5A,一直扫描到实际产物的C-OO键长?麻烦老师您解答,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-11 01:13:13 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-2-10 10:29
老师,那是不是我要假想一个该自由基与O2反应的过渡态结构,然后扫描相关的键长呢?从假想结构的C-OO键长 ...

怎么可能步长0.5埃,总共也扫不了几个点
仔细看此文
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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发表于 Post on 2022-2-11 22:06:13 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,再看levine的书里讲coupled cluster部分,请问T1算符的平方和T2算符是等价的嘛

202202112204178977..png (162.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2022-2-11 22:55:08 | 只看该作者 Only view this author

求助

输入文件如下所示,log文件一直报错,不知是哪里出了问题,在线请教~
%chk=/scratch/OTrPhCzBr.chk
#p td=(singlet,nstates=30) b3lyp/6-31g(d)

[No Title]

0 1
N                  2.80370000   11.37510000   11.57270000
N                  3.02890000    9.82950000   13.33130000
N                  3.45190000   13.78390000   10.29140000
N                  4.78390000   10.08620000   11.75770000
N                  1.47690000   10.84470000   15.53070000
C                  2.68300000   11.52710000   15.75680000
C                  2.37380000   10.76530000   12.66670000
C                  3.34360000   10.84970000   16.79600000
C                  2.10140000   14.01530000   10.10640000
C                  1.64180000   14.92070000   11.09760000
C                  4.55810000   11.59470000    9.91910000
C                  3.01160000   16.03050000   13.03210000
H                  2.29220000   16.52180000   13.41150000
C                  0.31230000   15.33460000   11.09990000
H                 -0.01180000   15.93940000   11.75800000
C                  2.81300000   15.22310000   11.93120000
C                  0.54160000   11.06590000   14.42990000
C                  3.88050000   14.49160000   11.40590000
C                  5.13880000   14.56430000   11.93810000
H                  5.85600000   14.06930000   11.56090000
C                  4.25490000   12.89540000    9.50110000
C                  4.26640000    9.51860000   12.86080000
C                  5.08400000    8.56090000   13.62130000
C                  4.01890000   10.99670000   11.15930000
C                  0.98740000   11.11660000   13.12800000
C                  4.61800000   11.33620000   17.16830000
H                  5.12260000   10.88130000   17.83290000
C                  1.39050000    9.75850000   16.39860000
C                  5.34170000   15.37680000   13.04120000
H                  6.20420000   15.43730000   13.43430000
C                  0.07970000   11.47140000   12.12310000
H                  0.38250000   11.54720000   11.22710000
C                  1.25710000   13.48320000    9.16310000
H                  1.55930000   12.83820000    8.53410000
C                  2.54770000    9.75680000   17.18880000
C                  6.34050000    8.17230000   13.12570000
H                  6.66620000    8.51370000   12.30070000
C                  3.15700000   12.66060000   15.16760000
H                  2.66920000   13.11870000   14.49220000
C                  4.66010000    8.05240000   14.82040000
H                  3.80460000    8.30360000   15.14780000
C                  0.39450000    8.81760000   16.56300000
H                 -0.40150000    8.84750000   16.04510000
C                  4.39560000   13.10990000   15.60840000
H                  4.75350000   13.90250000   15.22580000
C                  4.28110000   16.10480000   13.57110000
C                 -1.66120000   11.61490000   13.72640000
H                 -2.57470000   11.76830000   13.93610000
C                  2.73420000    8.73490000   18.12980000
H                  3.50320000    8.71890000   18.68680000
C                 -0.78950000   11.30410000   14.72900000
H                 -1.09450000   11.25280000   15.62770000
C                  5.40810000   10.85310000    9.10600000
H                  5.64610000    9.97060000    9.36590000
C                 -1.24910000   11.71120000   12.41540000
H                 -1.86430000   11.93670000   11.72650000
C                  6.67550000    6.83790000   15.07160000
H                  7.24730000    6.27770000   15.58280000
C                  5.12840000   12.45950000   16.57670000
C                  1.78140000    7.76530000   18.22350000
C                  5.91460000   11.36490000    7.92980000
H                  6.47120000   10.82450000    7.38180000
C                  0.59980000    7.82100000   17.52000000
H                 -0.07960000    7.17830000   17.68480000
C                 -0.07460000   13.93590000    9.17000000
H                 -0.68340000   13.61960000    8.51210000
C                  7.08720000    7.28210000   13.86570000
H                  7.91570000    6.97360000   13.51780000
C                  4.78900000   13.43250000    8.30660000
H                  4.57390000   14.31800000    8.04080000
C                  5.43490000    7.18420000   15.57180000
H                  5.12440000    6.83840000   16.40040000
C                 -0.50750000   14.84640000   10.13150000
C                  5.61950000   12.66220000    7.53700000
H                  5.99210000   13.01490000    6.73830000
C                  6.80940000    9.07100000    5.31930000
H                  0.93800000    6.06750000   15.45740000
N                  4.60560000    5.51690000   11.26660000
N                  4.38030000    7.06250000    9.50800000
N                  3.95740000    3.10810000   12.54790000
N                  2.62530000    6.80580000   11.08160000
N                  5.93230000    6.04730000    7.30860000
C                  4.72620000    5.36490000    7.08250000
C                  5.03540000    6.12670000   10.17260000
C                  4.06560000    6.04230000    6.04330000
C                  5.30780000    2.87670000   12.73290000
C                  5.76740000    1.97130000   11.74170000
C                  2.85110000    5.29730000   12.92020000
C                  4.39760000    0.86150000    9.80720000
H                  5.11700000    0.37020000    9.42780000
C                  7.09690000    1.55740000   11.73940000
H                  7.42110000    0.95260000   11.08130000
C                  4.59620000    1.66890000   10.90800000
C                  6.86760000    5.82610000    8.40940000
C                  3.52870000    2.40040000   11.43330000
C                  2.27050000    2.32770000   10.90120000
H                  1.55330000    2.82270000   11.27830000
C                  3.15440000    3.99660000   13.33810000
C                  3.14280000    7.37340000    9.97850000
C                  2.32520000    8.33110000    9.21790000
C                  3.39040000    5.89530000   11.68000000
C                  6.42180000    5.77540000    9.71130000
C                  2.79120000    5.55580000    5.67100000
H                  2.28660000    6.01070000    5.00640000
C                  6.01870000    7.13350000    6.44070000
C                  2.06760000    1.51520000    9.79800000
H                  1.20510000    1.45470000    9.40490000
C                  7.32960000    5.42060000   10.71620000
H                  7.02680000    5.34480000   11.61220000
C                  6.15210000    3.40880000   13.67620000
H                  5.84990000    4.05380000   14.30520000
C                  4.86160000    7.13520000    5.65040000
C                  1.06870000    8.71970000    9.71350000
H                  0.74300000    8.37830000   10.53850000
C                  4.25220000    4.23140000    7.67170000
H                  4.74000000    3.77330000    8.34710000
C                  2.74910000    8.83960000    8.01890000
H                  3.60470000    8.58840000    7.69140000
C                  7.01470000    8.07440000    6.27620000
H                  7.81080000    8.04450000    6.79420000
C                  3.01360000    3.78210000    7.23090000
H                  2.65570000    2.98950000    7.61350000
C                  3.12810000    0.78720000    9.26820000
C                  9.07040000    5.27710000    9.11290000
H                  9.98400000    5.12370000    8.90310000
C                  4.67500000    8.15710000    4.70950000
H                  3.90610000    8.17310000    4.15250000
C                  8.19870000    5.58790000    8.11020000
H                  8.50370000    5.63920000    7.21150000
C                  2.00120000    6.03890000   13.73330000
H                  1.76320000    6.92140000   13.47340000
C                  8.65840000    5.18080000   10.42380000
H                  9.27360000    4.95530000   11.11270000
C                  0.73380000   10.05410000    7.76760000
H                  0.16190000   10.61430000    7.25650000
C                  2.28080000    4.43250000    6.26250000
C                  5.62790000    9.12670000    4.61580000
C                  1.49470000    5.52710000   14.90950000
H                  0.93800000    6.06750000   15.45740000
C                  6.80940000    9.07100000    5.31930000
H                  7.48880000    9.71370000    5.15450000
C                  7.48380000    2.95610000   13.66930000
H                  8.09270000    3.27240000   14.32720000
C                  0.32210000    9.60990000    8.97360000
H                 -0.50650000    9.91840000    9.32150000
C                  2.62030000    3.45950000   14.53260000
H                  2.83530000    2.57400000   14.79850000
C                  1.97430000    9.70780000    7.26750000
H                  2.28480000   10.05360000    6.43890000
C                  7.91680000    2.04560000   12.70780000
C                  1.78980000    4.22980000   15.30230000
H                  1.41720000    3.87710000   16.10100000
C                  0.59980000    7.82100000   17.52000000
H                  6.47120000   10.82450000    7.38180000
Br                 4.58804494   17.23429645   15.08044508
Br                -2.32492307   15.43236712   10.09007611
Br                 2.09736252    6.27361373   19.37377812
Br                 6.84522697   13.12020485   17.09058155
Br                 5.31204359   10.61834802    3.46544314
Br                 0.56392440    3.77177643    5.74880503
Br                 2.82113535   -0.34238658    7.75892638
Br                 9.73422307    1.45963288   12.74922389

log文件如下所示:
Leave Link  101 at Sat Feb 12 06:36:26 2022, MaxMem= 32212254720 cpu:               8.2 elap:               0.4
(Enter /opt/g16/l202.exe)
Small interatomic distances encountered:
   139   77 0.00D+00
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /opt/g16/l202.exe at Sat Feb 12 06:36:27 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 13.7 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
这里有说道139号原子距离太近,应该如何去做修改呢?


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14639#
发表于 Post on 2022-2-11 23:16:44 | 只看该作者 Only view this author
错误提示已经明确给出了 就是 139 和 77号原子太近了。 如果回到你的输入文件。就会发现这俩H原子的坐标一模一样。应该是建模时候多点了一下鼠标原子重叠了一个。

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发表于 Post on 2022-2-12 01:21:47 | 只看该作者 Only view this author
negligible 发表于 2022-2-11 15:06
老师们好,再看levine的书里讲coupled cluster部分,请问T1算符的平方和T2算符是等价的嘛

不等价
总的双激发等于T1的平方除以2加上T2。其中第一项表示,假如一个电子发生激发的概率和其他电子是否激发是无关的,此时计算得到的双激发系数。但是这样计算会严重低估双激发的成分,因为实际上一个电子激发会明显增加另一个电子激发的概率(因为破坏了Brillouin条件)。低估的这部分就是T2
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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