简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-18 20:21:59

化小白发表于 2022-3-18 11:57
老师，这是烯键插入区域选择性的一个对比，黑色路径：过渡金属M-C2成键，C1-C3成键；蓝色途径：过渡金属M ...

加色散校正了吗？如果没有，加上重新算一遍。此外要考虑溶剂是否会和金属中心配位，或者和催化剂/底物/中间体形成氢键，如果有，需要显式考虑这些溶剂分子。
再者，B3LYP不是太适合算过渡金属，参照http://sobereva.com/272确认一下是否要换泛函

chaofuL · 发表于 Post on 2022-3-18 20:29:13

各位老师好，我这个是经Gaussian 09算得的TS后（此过程没报错），再将Gaussian 09输出的out文件用GaussView 5.0打开设置好计算要求（没有更改基组类型）后以gif格式输入Gaussian计算对应的IRC时，立即出现此错误。Entering Link 1 = D:\G09W\l1.exe PID=    13172.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2013,
         Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
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University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
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Cite this work as:
Gaussian 09, Revision D.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
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M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
            18-Mar-2022
******************************************
%nprocshared=2
Will use up to 2 processors via shared memory.
%mem=60MW
%chk=D:\Gauss\GaussView 5.0\IRC.chk
----------------------------------------------------------------------
# irc=(maxpoints=20,recalc=5,calcfc) ub3lyp/6-311+g(d) scrf=check gues
s=tcheck geom=(connectivity,allcheck) genchk
----------------------------------------------------------------------
1/10=4,14=-1,18=10,26=3,29=7,38=1,40=1,42=20,44=3,57=2,71=5/1,23;
2/12=2,29=1,40=1/2;
3/5=4,6=6,7=11,11=2,14=-4,16=1,25=1,30=1,70=2,71=2,74=-5,116=2,140=1/1,2,3;
4/5=101/1;
5/5=2/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1,13=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/10=1,18=20,25=1/1,2,3,16;
1/10=4,14=-1,18=10,26=3,42=20,44=3,71=5/23(2);
2/29=1/2;
99/5=20/99;
2/29=1/2;
3/5=4,6=6,7=11,11=2,14=-2,16=1,25=1,30=1,70=5,71=2,74=-5,116=2,140=1/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1,13=1/2;
7/10=1,18=20,25=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=10,26=3,42=20,44=3,71=5/23(-8);
2/29=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/5=20,9=1/99;
Structure from the checkpoint file:  "D:\Gauss\GaussView 5.0\IRC.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=       50 IPos=          2 Q=       14444784

dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 14 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    622080 FType=2 FMxFil=10000

Number             0          501          502          598          989          991
Base          96256       23552       41472       44032       24576       37888
End          622080       24552       43525       44033       37076       41169
End1          622080       24576       44032       44544       37376       41472
Wr Pntr       96256       23552       41472       44032       24576       37888
Rd Pntr       96256       23552       41472       44032       24576       41169
Length       525824       1000       2053          1       12500       3281

Number          992          993          994          995          996          997
Base          37376       23040       20480       22528       21504       22016
End          37381       23140       20510       22538       21604       22072
End1          37888       23552       20992       23040       22016       22528
Wr Pntr       37376       23040       20480       22528       21504       22016
Rd Pntr       37381       23140       20510       22538       21604       22072
Length             5          100          30          10          100          56

Number          998          999
Base          20992       44544
End          21192       95796
End1          21504       96256
Wr Pntr       20992       44544
Rd Pntr       21192       45796
Length          200       51252

dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    1 SizExt =       0 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd =    67072 FType=2 FMxFil=10000

Number             0
Base          20480
End          67072
End1          67072
Wr Pntr       20480
Rd Pntr       20480
Length       46592

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    67072 FType=2 FMxFil=10000

Number             0
Base          20480
End          67072
End1          67072
Wr Pntr       20480
Rd Pntr       20480
Length       46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

化小白 · 发表于 Post on 2022-3-18 20:50:16

wzkchem5 发表于 2022-3-18 20:21
加色散校正了吗？如果没有，加上重新算一遍。此外要考虑溶剂是否会和金属中心配位，或者和催化剂/底物/中 ...

好的，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-18 21:37:46

chaofuL 发表于 2022-3-18 13:29
各位老师好，我这个是经Gaussian 09算得的TS后（此过程没报错），再将Gaussian 09输出的out文件用GaussView ...

报错原因写得很清楚了。
Structure from the checkpoint file: "D:\Gauss\GaussView 5.0\IRC.chk"
FileIO operation on non-existent file.

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-19 08:08:51

chaofuL 发表于 2022-3-18 20:29
各位老师好，我这个是经Gaussian 09算得的TS后（此过程没报错），再将Gaussian 09输出的out文件用GaussView ...

%chk路径没写对

分清楚gif和gjf

chaofuL · 发表于 Post on 2022-3-19 08:24:09

收到，谢谢老师们，我再去改改试试，原谅我这个菜鸟。

好兄弟 · 发表于 Post on 2022-3-19 11:25:04

本帖最后由好兄弟于 2022-3-19 11:26 编辑

wzkchem5 发表于 2022-3-17 22:13
MC态在平衡位置附近可能确实很高，这时一种方法是继续往更高的激发态找，另一种方法是按照化学常识适当扭 ...

D:\123.png

老师，对于这种结构想要降低体系能量是不是要让整体结构变平，我尝试了一下效果不是很明显啊（当然我也没敢扭曲太大角度）

化小白 · 发表于 Post on 2022-3-19 16:21:48

wzkchem5 发表于 2022-3-18 20:21
加色散校正了吗？如果没有，加上重新算一遍。此外要考虑溶剂是否会和金属中心配位，或者和催化剂/底物/中 ...

老师，您好，对于昨天那个蓝色路径比黑色路径更优的问题，老师，我今天又在Multiwfn中计算了一下烯键的拟合静电势电荷，得到的结论为C2为-0.2442，C3为-0.22，想问一下老师，可以说明C2亲核性更高，更容易对过渡金属M进行亲核攻击吗？M-C2,C1-C3正是蓝色优途径，但是实验结果确实黑色途径M-C3,C1-C2。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-19 17:47:49

好兄弟发表于 2022-3-19 04:25
老师，对于这种结构想要降低体系能量是不是要让整体结构变平，我尝试了一下效果不是很明显啊（当然我 ...

变平可能会让金属的配位环境更稳定，但是会增大位阻，未必会让总能量降低。
应该看的是发生MC激发以后相比发生之前的差别，例如金属d电子数变成多少个了，由配体场理论预测它是更倾向于平面四方还是四面体配位，如果配体电子数有变化的话配体是更倾向于平面化了还是更不倾向于平面化了，然后根据这个结果再去调整结构

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-19 17:53:36

化小白发表于 2022-3-19 09:21
老师，您好，对于昨天那个蓝色路径比黑色路径更优的问题，老师，我今天又在Multiwfn中计算了一下烯键的拟 ...

这个差别太小了。影响亲核性的不止是电荷，还有其他因素，比如Fukui函数的大小、原子周边的位阻等等。光证明电荷有利于C2亲核性更高是不够的，还必须证明其他因素的影响加起来比电荷的影响小。

化小白 · 发表于 Post on 2022-3-19 19:27:59

wzkchem5 发表于 2022-3-19 17:53
这个差别太小了。影响亲核性的不止是电荷，还有其他因素，比如Fukui函数的大小、原子周边的位阻等等。光 ...

好的，老师，我再找途径吧

化小白 · 发表于 Post on 2022-3-20 11:16:27

老师，您好，我想问一下，在这个图中，是不是红色路径为优途径？但是后面ΔG(TS2)为19.7kcal/mol,而ΔG(TS4)为17kcal/mol，并且TS4的能量更低，老师，想问一下，哪个途径更好一点？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-20 14:34:52

化小白发表于 2022-3-20 11:16
老师，您好，我想问一下，在这个图中，是不是红色路径为优途径？但是后面ΔG(TS2)为19.7kcal/mol,而ΔG(TS4 ...

不好这么说
红色路径INT7比产物能量还低，实际情况中反应物最后会有很大一部分堆积在INT7
感兴趣的话可以用concvar做一下浓度随时间变化的模拟：http://sobereva.com/soft/concvar
模拟时图中一些次要的驻点都可以忽略掉

化小白 · 发表于 Post on 2022-3-20 15:35:04

sobereva 发表于 2022-3-20 14:34
不好这么说
红色路径INT7比产物能量还低，实际情况中反应物最后会有很大一部分堆积在INT7
感兴趣的话可 ...

好的，老师，那从这个图中，我们可以认为黑色途径为优途径吗？由于红色途径TS3的能垒很高，有22.4kcal/mol，而黑色途径TS1的能垒为6.7kcal/mol。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-20 16:44:57

化小白发表于 2022-3-20 08:35
好的，老师，那从这个图中，我们可以认为黑色途径为优途径吗？由于红色途径TS3的能垒很高，有22.4kcal/mo ...

按照http://sobereva.com/506的方法判断

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