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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-3-20 18:02:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-20 16:44
按照http://sobereva.com/506的方法判断

老师,如果按照这篇博文的话,能垒超过21kcal/mol,产物生成时间就比较长了,那我们就可以认为红色途径TS3(22.4kcal/mol)的能垒过高,INT7生成的较慢,而黑色路径为优途径,所以应该先断M-C2键,后断M-C3键。

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发表于 Post on 2022-3-20 18:58:54 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-3-20 11:02
老师,如果按照这篇博文的话,能垒超过21kcal/mol,产物生成时间就比较长了,那我们就可以认为红色途径TS ...

我是叫你看前面那个图,不是看后面那个表。那个表是用来判断反应的绝对速率的,不是用来判断两个反应的相对速率的。
先按那个图正确计算总反应的势垒,再判断哪个快。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-20 19:03:36 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-3-20 18:02
老师,如果按照这篇博文的话,能垒超过21kcal/mol,产物生成时间就比较长了,那我们就可以认为红色途径TS ...

显然不能这么看
决定黑色路径产物的是G(TS2)和G(INT1)之差,这个势垒达到25.1 kcal/mol,因此INT5并不容易出来(假设是常温下)
当前反应结束后真正出现最多的是INT7。在出现可查觉量的INT5之前绝大部分反应物都会变成INT7,然后INT7又几乎不会再变成INT9。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-3-20 19:46:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-20 19:03
显然不能这么看
决定黑色路径产物的是G(TS2)和G(INT1)之差,这个势垒达到25.1 kcal/mol,因此INT5并不容 ...

好的,谢谢老师分析,我明白了

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发表于 Post on 2022-3-20 19:47:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-20 18:58
我是叫你看前面那个图,不是看后面那个表。那个表是用来判断反应的绝对速率的,不是用来判断两个反应的相 ...

好的,老师

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发表于 Post on 2022-3-21 00:22:42 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师计算反应速率的两个问题。
1.请问老师反应速率隧道效应校正用eckart和skodje-truhlar哪个好,老师的计算反应表格中没有eckart。
2.如果gaussian16算中等大小体系,用CVT方式找IRC附近的点,maxpoints和stepsize分别设置多少比较好?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-21 07:00:09 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2022-3-21 00:22
请问sob老师计算反应速率的两个问题。
1.请问老师反应速率隧道效应校正用eckart和skodje-truhlar哪个好, ...

用Skodje-Truhlar就够了,精度不错(不需要关注多维隧道效应的前提下),比Eckart省事
一般都用默认的就行了。想增加定位精度可以把stepsize减小一半但把maxpoints增大一倍。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-3-21 12:30:37 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,计算SN2反应的IRC所得的gif图不显示反应物断键的过程 ,这是什么原因造成的呢?
计算TS的基组<# opt=(calcfc,ts,maxstep=5,noeigentest,notrustupdate,gdiis) freq b3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity> ;
计算IRC的基组<# irc=(maxpoints=40,calcfc,stepsize=5,notrust,lqa) rb3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity> ;
还有这个IRC的能量图 中反应物到过渡态和过渡态到产物的能量是不是太过于平滑?可能是选用的基组问题导致的吗?还是构建的分子结构对应的参数限制导致呢?
非常感谢各位老师的答疑解惑。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-21 13:37:04 | 只看该作者 Only view this author
chaofuL 发表于 2022-3-21 12:30
各位老师好,计算SN2反应的IRC所得的gif图不显示反应物断键的过程,这是什么原因造成的呢?
计算TS的基组  ...

天天看到gif和gjf不分的帖子

Br和C距离太远,超过判断成键阈值
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
IRC没问题
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发表于 Post on 2022-3-21 15:10:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-21 13:37
天天看到gif和gjf不分的帖子

Br和C距离太远,超过判断成键阈值

好的,非常感谢sob老师的答疑,我再去试试

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发表于 Post on 2022-3-21 16:15:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-21 07:00
用Skodje-Truhlar就够了,精度不错(不需要关注多维隧道效应的前提下),比Eckart省事
一般都用默认的就 ...

多些老师,还有两个问题请教。
1.如果Skodje-Truhlar的校正系数与Eckart的差距较大,以哪种方法为准。
2.用CVT方式找IRC附近点,用默认设置,IRC都跑完有100多步,通常取过渡态正向和逆向分别几步来做CVT?
谢谢老师!!

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发表于 Post on 2022-3-21 16:18:22 | 只看该作者 Only view this author
各位老师们,我做了一个关于SN2的IRC,本来应该是氰根去进攻溴甲烷,溴被打掉;但是现在是溴去进攻乙腈,氰根被打掉,出现这种情况是什么原因呢?
计算出的结果刚好和这个图反过来

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发表于 Post on 2022-3-21 18:36:23 | 只看该作者 Only view this author
chaofuL 发表于 2022-3-21 09:18
各位老师们,我做了一个关于SN2的IRC,本来应该是氰根去进攻溴甲烷,溴被打掉;但是现在是溴去进攻乙腈,氰 ...

仔细阅读http://sobereva.com/400
在你没有特意指定反应方向的时候,高斯选择哪个作为反应物哪个作为产物是随机的,并不是总是把能量高的那个当作反应物。这是因为高斯在走IRC之前就要决定哪个是反应物哪个是产物,但是走IRC之前高斯并不知道往哪边反应更有利,况且你可能本来想研究的就是吸热反应。
不过因为微观可逆性原理,高斯即使把反应物和产物搞反了,结果也是可以用的,只要把各个帧的顺序整个颠倒过来就行了,也就是视频倒放就行,不需要重新做计算
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-3-21 19:23:25 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我用sobMECP计算s0和T1的MECP,但是运行了几十步都未能收敛,所有JOB的log文件都显示正常结束,尝试过将置信半径减小,也怀疑是程序计算中断并继续计算,依然无法收敛。程序自带的test均能正常计算出结果,我的input文件如下图所示 请各位老师给予指导,谢谢!

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发表于 Post on 2022-3-21 20:46:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-21 18:36
仔细阅读http://sobereva.com/400
在你没有特意指定反应方向的时候,高斯选择哪个作为反应物哪个作为产 ...

明白了,谢谢老师。

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