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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-13 10:09:16 | 只看该作者 Only view this author
yukinolike 发表于 2022-3-13 08:01
这个过渡态算完了出现个error这个咋搞,重新修改一下输入文件的分子坐标,继续找过渡态嘛,有没有大佬会的 ...

老生常谈问题,公社论坛首页全文搜索框搜你的报错提示formbx had a problem
以后有问题先搜索再问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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14837#
发表于 Post on 2022-3-13 10:49:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-13 07:30
把此文好好看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci. ...

好的,我去看看,谢谢老师

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14838#
发表于 Post on 2022-3-13 11:06:44 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,3MC state和3TS state用高斯如何计算?

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发表于 Post on 2022-3-13 16:09:59 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-3-13 04:06
请问各位老师,3MC state和3TS state用高斯如何计算?

给文献原文
你给的名字不是通用缩写,不能唯一地确定你想算什么
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-3-13 21:00:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-13 16:09
给文献原文
你给的名字不是通用缩写,不能唯一地确定你想算什么

麻烦老师您看下DOI: 10.1039/d1mh00552a这篇文献,图二,谢谢!

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14841#
发表于 Post on 2022-3-13 22:11:40 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-3-13 14:00
麻烦老师您看下DOI: 10.1039/d1mh00552a这篇文献,图二,谢谢!

3ES你会算吗?如果3ES会算,我可以少讲一点
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-13 22:49:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-13 22:11
3ES你会算吗?如果3ES会算,我可以少讲一点

不太会,您详细说说,非常感谢!

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发表于 Post on 2022-3-14 04:48:50 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-3-13 15:49
不太会,您详细说说,非常感谢!

先在基态平衡结构下做一个TDDFT单点计算,按http://sobereva.com/284的方法指认哪个态的成分是3ES,哪个态是3MC。然后按http://sobereva.com/314的方法分别优化3ES和3MC的结构,其中注意应当追踪透热态而非绝热态(参见http://sobereva.com/468)。最后根据3ES和3MC的结构,取一个介于两者之间的结构作为3TS的初猜,按照http://sobereva.com/460的方法找3TS。
以上各步骤也可以不用TDDFT,而是把自旋多重度设为3直接用UKS优化(参见http://sobereva.com/314的4.3节的方法二),缺点是3TS附近SCF不好收敛,且有自旋污染。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-3-14 08:56:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Carine 于 2022-3-14 10:42 编辑
sobereva 发表于 2022-3-13 04:27
把你的traj.xyz、settings.ini和template.mop都上传,我看看。并且注明你用的molclus和MOPAC版本

谢谢老师,我这时候才看到,molclus是最新的1.9.9.9,MOPAC是2016版本的

template.mop

68 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

settings.ini

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xyz.rar

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发表于 Post on 2022-3-14 17:24:19 | 只看该作者 Only view this author
老师们同学们好,想请教两个关于季铵盐优化结构时电荷的选择的问题。(1)如优化季铵盐R-N(CH3)3,(R为饱和C、H链),优化该结构时是否选择电荷为+1?不太理解季铵盐是否带+1电荷,因为它的电荷是N原子缺电子从而现正电性。季铵盐R-N(CH3)3的电子自旋多重度也为1吗?(2)然后,这个+1电荷是否需要限制到N上,还是直接正常优化就行?这样这个+1电荷会分散到比如R这个C、H链吗?谢谢老师和同学的解答!

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发表于 Post on 2022-3-14 20:11:35 | 只看该作者 Only view this author
TTccc 发表于 2022-3-14 10:24
老师们同学们好,想请教两个关于季铵盐优化结构时电荷的选择的问题。(1)如优化季铵盐R-N(CH3)3,(R为 ...

量化计算只能指定总电荷,计算过程自动把电荷分配到整个分子上。事实上之所以用量化方法而非其他方法(比如分子力学),原因之一就是自动分配的电荷比手动指定的准,比如你画结构式在N上面画一个正电荷,这个其实是极其粗糙的近似,实际上N的真实电荷远小于+1。参见http://sobereva.com/271的第一段。
自旋多重度应该画出这个分子的最主要的共振式,然后数未成对的自旋向上的电子有多少个,未成对的自旋向下的电子有多少个,自旋多重度等于前者减去后者加1。这个你应该自己学会判断,所以我只告诉你方法
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-14 20:53:17 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian计算过渡金属团簇体系,大多需要考虑多参考态问题,为什么vasp计算过渡金属周期性体系,那么多过渡金属在一起,都不用考虑多参考态问题?

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发表于 Post on 2022-3-14 20:57:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-14 20:11
量化计算只能指定总电荷,计算过程自动把电荷分配到整个分子上。事实上之所以用量化方法而非其他方法(比 ...

收到,谢谢老师百忙之中回复

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发表于 Post on 2022-3-14 21:23:05 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-3-14 13:53
请问老师,gaussian计算过渡金属团簇体系,大多需要考虑多参考态问题,为什么vasp计算过渡金属周期性体系, ...

(1)金属表面的多参考态性质比体相强,而且越是配位数低的表面原子越是如此。过渡金属团簇里面配位数低的原子显然比周期性体系多得多。
(2)过渡金属数目稍微多一点,多参考态方法就算不动了,所以VASP里面即使想考虑也没办法考虑,只能用单参考态方法强行上。
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-3-14 22:07:30 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,请问不断改变共价键键长并固定键长进行计算得到能量,之后根据能量和键长作图,如下图,是叫做拉点计算么?
另外,这种方法计算出来的键能和键解离能(BDE),有什么区别么?
哪种方法计算出的键能更准确呢?

202203142205274850..png (87.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202203142205274850..png

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