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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-22 08:15:55 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2022-3-21 16:15
多些老师,还有两个问题请教。
1.如果Skodje-Truhlar的校正系数与Eckart的差距较大,以哪种方法为准。
...

1 如果有这种情况,拿具体实例

2 默认设置根本不可能跑100多个点,Gaussian里默认两侧最多各跑10个点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-22 08:40:31 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-3-21 19:23
各位老师,我用sobMECP计算s0和T1的MECP,但是运行了几十步都未能收敛,所有JOB的log文件都显示正常结束, ...

B3LYP根本不是过渡金属配合物理想选择,用PBE0
不要用lanl2DZ这么low的基组,看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

尝试改用PBE0/def2-SVP做,省得自定义基组和赝势。并且尝试用不同的初猜结构。
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发表于 Post on 2022-3-22 09:21:46 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好。我计算的是CHON体系,分子内存在弱相互作用
在opt和freq的时候 选择B3LYP/6-311+G(d,p)是否合理呢
对于弥散函数的选择,考虑后期对体系里的部分物质需要他们的偶极矩和极化率
但是不太确定的是 是否在opt+freq阶段加弥散函数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-22 09:23:11 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2022-3-22 09:21
老师,您好。我计算的是CHON体系,分子内存在弱相互作用
在opt和freq的时候 选择B3LYP/6-311+G(d,p)是否合 ...

显然不行

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

优化用6-311G**足矣,不涉及氢键还可以去掉第二个*
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发表于 Post on 2022-3-22 09:36:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jameslzy 于 2022-3-22 09:56 编辑

老师好,我利用片段组合波函数计算一个体系,输入文件开头如下:
#p B3LYP/genecp guess(fragment=2,only) int=ultrafine scrf(smd,solvent=n,n-DiMethylAcetamide)
作业提交后报错如下:
No SCRF with Counterpoise.
这个意思是说片段组合波函数不能考虑溶剂吗,还是说需要其他的方法来设置溶剂呢,谢谢老师。
老师好,还有一个问题,就是如果利用片段组合波函数把体系设定为开壳层单重态,也尝试过Guess=mix和stable=opt合用尝试找开壳层单重态,但是这几个尝试最终得到的波函数都是自旋布居处处为零的话,是不是就说明这个结构应该就是闭壳层的结构,不存在开壳层单重态呢。谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-3-22 09:43:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-22 09:23
显然不行

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的

谢谢老师  

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发表于 Post on 2022-3-22 15:41:02 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian做CVT计算反应速率时,取IRC附近的点之后做freq频率计算,请问老师取的这些点是只做单点频率freq计算吗?要不要加opt优化?

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发表于 Post on 2022-3-22 16:04:10 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-3-22 08:41
请问老师,gaussian做CVT计算反应速率时,取IRC附近的点之后做freq频率计算,请问老师取的这些点是只做单点 ...

不能优化,优化的话结构就跑到反应物和产物去了。
绝大多数情况下,没有优化的结构下算的freq没有物理意义,但是CVT里面是例外(其他的几个例外包括:(1)用Baik法算无垒反应的自由能垒;(2)用有限差分法做VPT2),CVT里不仅可以不优化,而且必须不优化。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-3-22 16:07:02 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2022-3-22 02:36
老师好,我利用片段组合波函数计算一个体系,输入文件开头如下:
#p B3LYP/genecp guess(fragment=2,only) ...

可以先在真空里做片段组合波函数计算,再读取真空的总体波函数做初猜,做溶剂里的计算
不能严格证明,但是正确的概率很大。所以写文章建议写你经过多次尝试仍然没有找到开壳层单重态,这样别人就可以理解为很可能不存在开壳层单重态但是你不能严格保证。而不是写不存在开壳层单重态。
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发表于 Post on 2022-3-22 16:24:56 | 只看该作者 Only view this author
老师,我的计算体系是C4H8N8O8,
目前用orca测试 DLPNO-CCSD(T) normalPNO Extrapolate(3/4,cc) RIJK cc-pvtz/JK  cc-pVTZ/C tightSCF计算单点大概2小时(32核)
能否或者有必要冲一下CCSD(t)嘛
办公室的服务器是128核512G运行内存,想降低核数,提高内存 冲下CCSD(t),但是又怕没必要,先来问问有经验的老师们

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发表于 Post on 2022-3-22 17:16:52 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2022-3-22 09:24
老师,我的计算体系是C4H8N8O8,
目前用orca测试 DLPNO-CCSD(T) normalPNO Extrapolate(3/4,cc) RIJK cc-p ...

有希望算得动,但是我建议不如仍然用DLPNO-CCSD(T),只是把normalPNO改成tightPNO,这样结果和CCSD(T)的差别可以忽略不计,而且很可能仍然比CCSD(T)快
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-22 17:51:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-22 17:16
有希望算得动,但是我建议不如仍然用DLPNO-CCSD(T),只是把normalPNO改成tightPNO,这样结果和CCSD(T)的 ...

谢谢老师,我去测试测试

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发表于 Post on 2022-3-22 18:18:57 | 只看该作者 Only view this author
各位老师想问一下#p cam-b3lyp/6-31+G** IRC=(maxpoints=200,stepsize=5,calcfc,LQA)跑不到底是因为什么呢,跑的步数太多会导致算不完吗

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发表于 Post on 2022-3-22 18:37:36 | 只看该作者 Only view this author
lxy471530169 发表于 2022-3-22 11:18
各位老师想问一下#p cam-b3lyp/6-31+G** IRC=(maxpoints=200,stepsize=5,calcfc,LQA)跑不到底是因为什么呢 ...

提问格式不符合规范,按http://sobereva.com/620的要求重新发帖
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-3-22 21:33:14 | 只看该作者 Only view this author

求助-读取chk文件出现错误

本帖最后由 York 于 2022-3-22 21:35 编辑

各位老师好,我在使用“态特定”的方法读取chk文件时出现了错误,我的输入命令是:%oldchk=S1-SB-FODC.chk %chk=S1-0-SB-FODC.chk  #p b3lyp/6-31g(d) scrf(read,solvent=dmso)  geom=check guess=read 末尾空一行写noneq=read 但是一直出现错误:“Old file "S1-SB-FODC.chk" could not be opened,一直无法读取CHK文件,请问有老师知道怎么回事吗?

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