计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

1万

帖子

0

威望

9892

eV
积分
22140

Level 6 (一方通行)

14851#
发表于 Post on 2022-3-14 22:46:16 | 只看该作者 Only view this author
Mengo 发表于 2022-3-14 15:07
各位老师,请问不断改变共价键键长并固定键长进行计算得到能量,之后根据能量和键长作图,如下图,是叫做拉 ...

叫做势能曲线扫描。其中取决于你是否允许其他的键长/键角/二面角变化,又可以分为柔性扫描和刚性扫描
当扫描步长无穷小,且恰当考虑了自旋对称性破缺的时候,扫描出来的键能严格等于不包含零点能和热校正的BDE
BDE准确,因为(1)扫描结果不包含零点能和热校正;(2)扫描步长不可能取无限小,所以扫描曲线上的最低点位置不严格等于真实的最低点位置
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

14852#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 06:05:37 | 只看该作者 Only view this author
Carine 发表于 2022-3-14 08:56
谢谢老师,我这时候才看到,molclus是最新的1.9.9.9,MOPAC是2016版本的

这属于是瞎算
13000个原子不可能跑得动,而且对这种体系做构型/构象搜索没有任何意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

244

eV
积分
265

Level 3 能力者

14853#
发表于 Post on 2022-3-15 08:28:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-14 22:46
叫做势能曲线扫描。其中取决于你是否允许其他的键长/键角/二面角变化,又可以分为柔性扫描和刚性扫描
当 ...

好滴,谢谢老师指导!

230

帖子

0

威望

790

eV
积分
1020

Level 4 (黑子)

14854#
发表于 Post on 2022-3-15 09:29:50 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,现在在帮同学计算一个核磁谱,同学说做核磁的时候溶剂是水,然后会加氘代试剂DMSO,想问下老师,这样的话在做核磁计算考虑溶剂的时候是考虑水还是考虑氘代试剂DMSO呢?谢谢Sob老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

14855#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 11:16:29 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2022-3-15 09:29
Sob老师好,现在在帮同学计算一个核磁谱,同学说做核磁的时候溶剂是水,然后会加氘代试剂DMSO,想问下老师 ...

用混合溶剂,怎么设此文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

1384

eV
积分
1389

Level 4 (黑子)

14856#
发表于 Post on 2022-3-15 11:37:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-15 06:05
这属于是瞎算
13000个原子不可能跑得动,而且对这种体系做构型/构象搜索没有任何意义

谢谢老师,因为我是做超支化聚合物的,在学习gromacs,但刚刚开始接触没有基础,想先从小分子练起,后面结合gmx和量化来模拟团簇的结构和表达相互作用力,如果我重新调整下盒子大小减少填充原子数目可以解决这个问题吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

14857#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 11:54:33 | 只看该作者 Only view this author
Carine 发表于 2022-3-15 11:37
谢谢老师,因为我是做超支化聚合物的,在学习gromacs,但刚刚开始接触没有基础,想先从小分子练起,后面 ...

基本的思路就是错的。你先去搜主流期刊上和你的体系、问题类似的研究文章,看普遍是怎么计算和讨论的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

1384

eV
积分
1389

Level 4 (黑子)

14858#
发表于 Post on 2022-3-15 13:29:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-15 11:54
基本的思路就是错的。你先去搜主流期刊上和你的体系、问题类似的研究文章,看普遍是怎么计算和讨论的

好的谢谢老师

139

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

14859#
发表于 Post on 2022-3-16 14:03:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-14 04:48
先在基态平衡结构下做一个TDDFT单点计算,按http://sobereva.com/284的方法指认哪个态的成分是3ES,哪个 ...

老师您好,我仔细看了您的回复进行了尝试,我先在优化好的基态结构的基础上用关键词# B3LYP/genecp TD(triplet,nstates=20)       0 1进行计算,用wfn的可视化功能发现3ES和3MC对应激发态能级最低的轨道分别为136和142,那我是不是应该在log文件中找跃迁到136号轨道和142号轨道且贡献最大的对应的最低激发态,(135->136 0.65995和135->142 0.42340,分别对应第1和15激发态),然后用在该结构基础上用关键词# B3LYP/genecp TD(root=1(和15),nstates=20) opt       0 1来得到3ES和3MC结构?烦请老师再次解答谢谢!

1万

帖子

0

威望

9892

eV
积分
22140

Level 6 (一方通行)

14860#
发表于 Post on 2022-3-16 16:17:19 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-3-16 07:03
老师您好,我仔细看了您的回复进行了尝试,我先在优化好的基态结构的基础上用关键词# B3LYP/genecp TD(tr ...

首先,每个激发态至少涉及一个占据轨道和一个虚轨道,所以对于3ES和3MC,应该分别找到两个轨道,而不是分别找到一个轨道。先确认轨道找对了再往后做
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

139

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

14861#
发表于 Post on 2022-3-16 18:25:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-16 16:17
首先,每个激发态至少涉及一个占据轨道和一个虚轨道,所以对于3ES和3MC,应该分别找到两个轨道,而不是分 ...

那应该先找到这两条轨道,然后再找到占据轨道向虚轨道跃迁最大贡献所对应的激发态是吗,我找到132->142是MC跃迁,前30个激发态中132->142贡献最大的是第21激发态,然后root=21再在单点优化的结构基础上进行优化?

1万

帖子

0

威望

9892

eV
积分
22140

Level 6 (一方通行)

14862#
发表于 Post on 2022-3-16 18:43:37 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-3-16 11:25
那应该先找到这两条轨道,然后再找到占据轨道向虚轨道跃迁最大贡献所对应的激发态是吗,我找到132->142是 ...

对,不过注意金属轨道不止一个,配体轨道也不止一个,所以有可能有不止一对轨道都符合3ES或者3MC的定义,你应该取满足定义的激发态里能量最低的那个
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

38

帖子

0

威望

297

eV
积分
335

Level 3 能力者

14863#
发表于 Post on 2022-3-17 10:59:50 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,如果使用oniom,用分子内嵌的话,输入文件的关键词应该如何修改呢?

168

帖子

0

威望

644

eV
积分
812

Level 4 (黑子)

14864#
发表于 Post on 2022-3-17 15:18:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下,过渡态中这种似成键未成键的结构,构型怎么判断是R型还是S型,比如,如果认为是成键的结构,则是R型,如果认为是未成键的结构,则这个碳无手性。老师,想问一下,那怎么判断哪个是正确的?

10

帖子

0

威望

37

eV
积分
47

Level 2 能力者

14865#
发表于 Post on 2022-3-17 16:51:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chaofuL 于 2022-3-17 17:05 编辑

各位老师好,我想求解的是经Gaussian 09使用< # opt=(calcfc,ts,gdiis) freq b3lyp/6-311+g(2d,2p) geom=connectivity>计算TS所得的out输出文件,用GaussView 5.0编辑为gif的输入文件,经Gaussian 09使用<# irc=(calcfc,calcfc,maxpoints=20,stepsize=5,notrust,freq,lqa) b3lyp/6-311g(d,p) geom=connectivity>刚开始计算就报错< Error termination in NtrErr:NtrErr Called from FileIO.>同时出现弹窗 提示,感谢各位大神百忙之中,驻足答疑。计算内容:为溴甲烷和氰根的SN2反应TS及对应的IRC。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 09:42 , Processed in 0.285783 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list