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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-3-17 22:54:27 | 只看该作者 Only view this author
老师 ,十分抱歉,chk文件试着上传了,但是存有的最小的chk文件也有542kb,显示“文件格式限制无法上传那么大的附件“,这次任务的chk也贴不上,只能上传本次gjf和out文件;我在跑的是TS,由于计算量大,每计算一段时间我就杀掉任务然后下次再从上次结束的地方续算。前三次都很顺利地进行了,但就从第四次开始出现了问题,并且重复计算了很多次,但chk文件都打不开,并且我留意到它们的大小都是10408kb。我搜了下帖子,其中说“CConectionGFCHK::Readfile”一般都是安装路径出了问题,但是这次是突然出现的,我有没有必要重装下gaussian和gview?辛苦老师回答了,谢谢老师!

guess 1 4.gjf

3.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

本次任务输入文件

guess 1 4.out

49.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

本次任务输出文件(发现chk文件出现了问题直接杀了)

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发表于 Post on 2022-3-17 23:08:54 | 只看该作者 Only view this author
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-3-17 23:12:49 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-3-17 15:54
老师 ,十分抱歉,chk文件试着上传了,但是存有的最小的chk文件也有542kb,显示“文件格式限制无法上传那么 ...

chk文件可以上传网盘,在这里放网盘链接
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-3-17 23:25:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-17 23:08
参见http://sobereva.com/272、http://sobereva.com/265

感谢!

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发表于 Post on 2022-3-17 23:59:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-17 23:12
chk文件可以上传网盘,在这里放网盘链接

链接:https://pan.baidu.com/s/1J3FWsmudDDOFjxgadPqT3A?pwd=1234
提取码:1234
老师 时间晚了您先休息吧
guess 1 continue.chk是可以打开的 guess 1 4.chk是打不开的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-18 07:00:27 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2022-3-17 18:12
请问各位老师 最近几次gaussian跑的任务的chk文件都打不开 显示这些 以前从来没有过 突然出现这种情况 不知 ...

传chk没意义
别人用的Gaussian未必是你用的版本,根本都没法转化
GaussView是自动调用formchk先转化成fch才打开的。要传也是传fch文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-18 07:01:07 | 只看该作者 Only view this author
zhining 发表于 2022-3-17 10:59
请问一下,如果使用oniom,用分子内嵌的话,输入文件的关键词应该如何修改呢?

没有“分子内嵌”这种词
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chaofuL 发表于 2022-3-17 16:51
各位老师好,我想求解的是经Gaussian 09使用< # opt=(calcfc,ts,gdiis) freq b3lyp/6-311+g(2d,2p) geom=co ...

输入输出文件压缩后上传
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sobereva 发表于 2022-3-18 07:02
输入输出文件压缩后上传

收到,谢谢sob老师的答疑指导,这是计算运行的输入文件和输出文件 SN2.zip (2.29 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2022-3-18 10:15:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-15 11:16
用混合溶剂,怎么设此文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/32 ...

好的收到,谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2022-3-18 17:34:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问一下,在这个图中是不是蓝色路径是优途径,但是能垒比黑色路径高一点?

2-5.png (92.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

2-5.png

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发表于 Post on 2022-3-18 18:28:49 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-3-18 10:34
老师,我想问一下,在这个图中是不是蓝色路径是优途径,但是能垒比黑色路径高一点?

如果蓝色反应物和黑色反应物是快平衡,那么是的
如果蓝色反应物和黑色反应物不是快平衡,那么由这一步的结果无法唯一判断,必须结合之前的反应步骤才能判断
参见http://sobereva.com/506
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-3-18 18:38:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-18 18:28
如果蓝色反应物和黑色反应物是快平衡,那么是的
如果蓝色反应物和黑色反应物不是快平衡,那么由这一步的 ...

老师,这是快平衡,但是实验得出来的产物是黑色路径下的产物,这可怎么办

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发表于 Post on 2022-3-18 18:44:41 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-3-18 11:38
老师,这是快平衡,但是实验得出来的产物是黑色路径下的产物,这可怎么办

检查是否有其他生成黑色路径产物的途径(包括按其他机理的反应,也包括相同机理不同构象的情况),计算理论级别是否有不妥之处(泛函、基组、色散、溶剂效应),等等
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-3-18 18:57:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 化小白 于 2022-3-18 18:59 编辑
wzkchem5 发表于 2022-3-18 18:44
检查是否有其他生成黑色路径产物的途径(包括按其他机理的反应,也包括相同机理不同构象的情况),计算理 ...

老师,这是烯键插入区域选择性的一个对比,黑色路径:过渡金属M-C2成键,C1-C3成键;蓝色途径:过渡金属M-C3成键,C1-C2成键,我把构型都同步了,都是RS型(如果蓝色路径为RR型,则会比黑色路径RS型高),优化用的是b3lyp/6-31+G(d)/SDD,溶剂用的是三氟乙醇,老师,您看合理吗?

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