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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2026-4-9 06:50:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-9 01:53
涉及势能面二分的时候过渡态会连接两个极小点
参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2026-4-9 21:06:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-9 01:55
优化完的位置和IRC端点不完全相同,有时候可能差得不少,这么估计不合理,除非优化过程中结构确实变化甚 ...

谢谢sob老师的解答,我尝试在ORCA6.1中进行NEB-TS计算,思路如下:

首先通过IRC计算,并对两端结构进行几何优化获得反应复合物和产物复合物结构信息;在ORCA进行NEB-TS计算,输入文件如下(目前在个人电脑上尝试,因而使用B3LYP/6-31G*),计算完成后通过.final.interp文件信息,获得反应复合物和产物复合物相对过渡态位置。

老师,我这样写输入文件,以及这样处理是否合理。

! B3LYP D3 6-31G* NEB-TS TightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore     2000
%pal nprocs  20 end
%neb
  neb_end_xyzfile "ProCom.xyz"
  NImages 15
end
*xyzfile 0 2 ReaCom.xyz


.final.interp文件内容
Iteration: -1
Images: Distance  (Bohr), Energy (Eh)
0.0000   0.00000000      0.00000000
0.0541   0.34967968     -0.00105932
0.1173   0.75876072     -0.00098704
0.2125   1.37463705     -0.00040066
0.3099   2.00485470      0.00071167
0.3792   2.45306505      0.00240670
0.4250   2.74968353      0.00443544
0.4557   2.94791946      0.00642049
0.4893   3.16543194      0.00824847
0.5096   3.29650346      0.00698975
0.5359   3.46692619      0.00191014
0.6110   3.95283265     -0.00893399
0.7446   4.81709105     -0.01350540
0.8314   5.37823299     -0.01412350
0.8938   5.78178369     -0.01413301
0.9485   6.13567259     -0.01397512
1.0000   6.46909210     -0.01281765

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-10 06:05:47 | 只看该作者 Only view this author
LorneMeng 发表于 2026-4-9 21:06
谢谢sob老师的解答,我尝试在ORCA6.1中进行NEB-TS计算,思路如下:

首先通过IRC计算,并对两端结构进 ...

能量不是先单调上升后单调下降,不完全正确
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2026-4-10 09:25:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-10 06:05
能量不是先单调上升后单调下降,不完全正确

感谢sob老师的解答,上次在ORCA6.1中进行NEB-TS计算后,为了快速验证计算思路,ORCA中NEB-TS计算级别与IRC和过渡态计算并不一致,使得计算结果异常。我更新了计算级别,计算完成后.final.interp文件信息显示在过渡态两侧能量单调变化。根据.final.interp文件内容,从而确定反应复合物距离过渡态(s=0)为3.186 Bohr,产物复合物距离过渡态(s=0)为3.402 Bohr

我想咨询下,sob老师,我这样写输入文件,以及处理思路是否合理

orca输入文件
! M062X D3ZERO 6-311++g(d,p) NEB-TS TightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore     2000
%pal nprocs  32 end
%neb
  neb_end_xyzfile "ProCom.xyz"
  NImages 15
end
*xyzfile 0 2 ReaCom.xyz


.final.interp文件内容
Iteration: -1
Images: Distance  (Bohr), Energy (Eh)
0.0000   0.00000000      0.00000000
0.0587   0.38657730      0.00002461
0.1375   0.90583615      0.00025783
0.2418   1.59288762      0.00099287
0.3177   2.09284943      0.00261966
0.3773   2.48553502      0.00494737
0.4185   2.75750497      0.00778956
0.4521   2.97834248      0.01134712
0.4836   3.18628638      0.01339817
0.5134   3.38275719      0.01012776
0.5369   3.53729566      0.00303164
0.5961   3.92703752     -0.01192154
0.7438   4.90056804     -0.02170310
0.8390   5.52774534     -0.02319339
0.9038   5.95438446     -0.02349828
0.9554   6.29448426     -0.02358712
1.0000   6.58838221     -0.02359610

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-10 12:39:59 | 只看该作者 Only view this author
LorneMeng 发表于 2026-4-10 09:25
感谢sob老师的解答,上次在ORCA6.1中进行NEB-TS计算后,为了快速验证计算思路,ORCA中NEB-TS计算级别与IR ...

没明显问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
请教一下sob老师,做柔性扫描时候可以直接扫描多个键长吗?这个有没有博文和教程呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2026-4-21 18:35
请教一下sob老师,做柔性扫描时候可以直接扫描多个键长吗?这个有没有博文和教程呀

可以,虽然通常没显著意义并且超级昂贵
下文该说的都说了
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

同时柔性扫描两个二面角的意义相对更大一点,北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)讲势能面扫描的部分还专门给了例子
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发表于 Post on yesterday 23:31 | 只看该作者 Only view this author

求助镧系金属配合物计算自由能变化的方式

各位老师好,我计算镧系配合的自由能变化,参考使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元,配合物优化结构泛函用PBE0,配体基组用6-31G*,La元素用MWB46,计算单点能泛函用PBE0,配体基组用6-311G*,La元素用SDD。这种情况下,如果我想减去配体和水分子的能量,是否是接着使用PBE0优化配体和水分子的结构,并且使用PBE0计算单点能?
谢谢各位老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 7 hour ago | 只看该作者 Only view this author
nanokey 发表于 2026-4-23 23:31
各位老师好,我计算镧系配合的自由能变化,参考使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 - 思想家公社 ...

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发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author

高斯单点任务正常结束但没有输出Elapsed time:



Any fool can criticize, condemn, and complain -- and most do.
-- Dale Carnegie
Job cpu time:     102 days 18 hours 51 minutes 21.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 395827 Int=      0 D2E=      0 Chk=     25 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 09 at Fri Apr 24 04:18:27 2026.
这是输出最后
这是#p aug-cc-pvqz CCSD(T)输入文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2026-4-24 10:35
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Job cpu time ...

没有任何问题
如果想弄清楚实际经过了多长时间,用输出文件里最终的时间减去最开始显示的时间
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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