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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-11-22 16:40:42 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我在高斯中用tddft的方法优化t2结构,t2的总电子能应该是log文件中最后一个SCF Done后的能量还是最后一个SCF Done的能量再加上第二个激发能的能量呢?

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发表于 Post on 2022-11-22 16:41:13 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我在高斯中用tddft的方法优化t2结构,t2的总电子能应该是log文件中最后一个SCF Done后的能量还是最后一个SCF Done的能量再加上第二个激发能的能量呢?

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发表于 Post on 2022-11-22 16:58:42 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-22 16:26
可以。注意要写 %chk=新产生chk文件(chk前加%)

嗯嗯明白了,感谢您的解答并且指出我的问题!
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发表于 Post on 2022-11-22 17:02:16 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,在卢老师的初级班讲义中讲到如果在gview中做过对称化而gaussian却没有判断对实际点群的情况。我有一个疑问,如何才能知道gaussian有没有正确判断点群呢?是需要等高斯输出out文件后才知道吗?谢谢!
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发表于 Post on 2022-11-22 23:39:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2022-11-22 23:50 编辑

老师好,使用sob老师推荐的双路2696v3服务器进行简单有机体系(100个原子以内)的DFT计算反应能垒。软件使用gaussian。一般选用什么方法和基组呢?有正负离子的情况下,使用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(d,p)优化结构,使用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVPP 计算能量可以吗?还是使用6-31G(d)优化结构,使用def2-TZVPP 计算能量也可以呢?(纯小白)
如果有过渡金属参与,又该怎样选择基组呢,需不需要使用赝势基组?



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:29:43 | 只看该作者 Only view this author
zhuweirun 发表于 2022-11-22 12:27
如题,下面附上输入文件和输出文件

看17167L的回帖。以后有什么问题先用论坛首页google框搜索,所有常见问题肯定早就被讨论过了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:30:17 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-11-22 17:02
各位老师好,在卢老师的初级班讲义中讲到如果在gview中做过对称化而gaussian却没有判断对实际点群的情况。 ...


在输出文件最一开始就会显示,不会因此耗费时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:31:43 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-22 23:39
老师好,使用sob老师推荐的双路2696v3服务器进行简单有机体系(100个原子以内)的DFT计算反应能垒。软件使 ...

优化可以用那个级别。弥散函数顶多给阴离子部分加就足矣了

单点用B3LYP-D3(BJ)太烂,适合什么,看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

赝势基组看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:32:06 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-11-22 16:41
请问各位老师,我在高斯中用tddft的方法优化t2结构,t2的总电子能应该是log文件中最后一个SCF Done后的能量 ...

后者。具体来说是加上第2个三重态激发态的激发能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:37:32 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2022-11-22 10:58
Sob老师您好,我正在计算一个关于氢负离子转移的反应,已经找到该反应的过渡态并计算出了此过渡态的路径扫 ...

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发表于 Post on 2022-11-23 01:16:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2022-11-23 01:17 编辑
sobereva 发表于 2022-11-23 00:31
优化可以用那个级别。弥散函数顶多给阴离子部分加就足矣了

单点用B3LYP-D3(BJ)太烂,适合什么,看

老师这样组合使用可以吗?
中性分子 ,使用B3LYP-D3(BJ)/6-311G(d,p)优化结构,使用M06-2X-D3/def2-TZVP 计算能量
有阴离子,使用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(d,p)优化结构,使用M06-2X-D3/def2-TZVPP 计算能量
有Ru, Rh参与,wB97X-V/genecp 碳氢氧使用6-311G(d,p) 金属使用SDD优化结构,wB97X-V/def2-TZVP计算能量这样可以吗?

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发表于 Post on 2022-11-23 08:11:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-23 00:30

在输出文件最一开始就会显示,不会因此耗费时间

谢谢卢老师回复!
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发表于 Post on 2022-11-23 10:47:08 | 只看该作者 Only view this author
老师,我是做的过渡金属催化有机体系,我想问一下,过渡态的能垒应该是过渡态的吉布斯自由能-(IRC跑出来的)两个反应物络合后的优化后的吉布斯自由能,还是过渡态的吉布斯自由能-两个反应物分别在孤立条件下单独优化后的吉布斯自由能?
可能我说的不清楚老师,我想表达的是,比如:能垒=TS-(A---B),还是能垒=TS-A-B?
老师,我计算出来的络合后的反应物能量比单独优化后加起来的能量低很多,这样的话就显得能垒非常高

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-11-23 10:58:41 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-11-23 10:47
老师,我是做的过渡金属催化有机体系,我想问一下,过渡态的能垒应该是过渡态的吉布斯自由能-(IRC跑出来的 ...

能垒=TS- (A---B)。你这种情况是生成反应前复合物了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-11-23 11:09:26 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-23 10:58
能垒=TS- (A---B)。你这种情况是生成反应前复合物了。

好的,谢谢老师,我这一步是质子转移的过程,能垒高达40kcal/mol,老师,我感觉找不到别的路径了,这是这个反应的最后一步了,其他文献上的这一步就是质子转移过程,然后就结束反应了,实在想不到其他办法了

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