将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-7 22:46:46

Novice 发表于 2019-3-13 20:45
同时安装了Multiwfn和XTB，添加了环境变量export OMP_STACKSIZE=1000m后，在运行时出现了如下提示：
OMP_S ...

不用管

hanlan8702 · 发表于 Post on 2022-10-23 17:34:18

这个接口可以只进行几何优化吗？我应该对xtb.sh进行修改吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-24 05:07:27

hanlan8702 发表于 2022-10-23 17:34
这个接口可以只进行几何优化吗？我应该对xtb.sh进行修改吗？

本来这接口直接就能用于调用xtb算受力做几何优化

Kalinite · 发表于 Post on 2022-10-25 18:16:09

请问sob老师，是否可以通过Gaussian的External功能进行MECP搜索？
我的想法是，从其他程序获得梯度，换算成f+g，然后作为受力传递给Gaussian用于更新结构。
能量差作为能量传给Gaussian，不过此时收敛标准没法设为能量差接近于0，不过应该可以在External里进行处理，一般比较难收敛的应该也不是能量差。
（主要是懒得自己写一个优化器了233）

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-26 14:24:04

Kalinite 发表于 2022-10-25 18:16
请问sob老师，是否可以通过Gaussian的External功能进行MECP搜索？
我的想法是，从其他程序获得梯度，换算 ...

我觉得希望不大，或者就算成功了，优化效率可能也很低。

Kalinite · 发表于 Post on 2022-10-30 19:06:50

sobereva 发表于 2022-10-26 14:24
我觉得希望不大，或者就算成功了，优化效率可能也很低。

我试了下，感觉效果确实不行，特别是能量差一直徘徊在0.01-0.02au左右，没有明显降低的趋势（~50 steps）。但是Harvey的文章里提到使用最陡下降法优化MECP是比较高效的：
With a simple to implement steepest descent method, the geometry can be rapidly (10-15 steps) converged, at least within chemical accuracy.
如果只给Gaussian External提供能量和梯度，优化时使用的似乎也正是最陡下降法。这里效率很低的原因是什么呢？老师有兴趣分享一下sobMECP的细节吗。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-31 05:08:28

Kalinite 发表于 2022-10-30 19:06
我试了下，感觉效果确实不行，特别是能量差一直徘徊在0.01-0.02au左右，没有明显降低的趋势（~50 steps） ...

sobMECP代码都提供了，看一下就知道，就是很简单的优化算法，没多少行

elvisng · 发表于 Post on 2022-12-2 11:21:59

不知道有沒有人提過, 似乎這個聯用也可以做 opt freq 的任務, 但需要適應設置 path variable, 讓 external = ./xtb.sh 變成 external = xtb.sh , 這樣就可以 opt freq 一起做。我懷疑是因為 Gaussian 沒法識別 ./ 的部分, 才會令後面的 freq 任務失敗

黄时清 · 发表于 Post on 2022-12-2 12:12:05

星斗如盘发表于 2021-6-7 12:12
在linux虚拟机中使用xtb的接口，报错的原因是什么呢？输入文件为里面的示例文件

我用xtb6-5-1也出现了这个问题，应该是不兼容的原因。

啊不错的飞过海 · 发表于 Post on 2022-12-2 19:20:34

本帖最后由啊不错的飞过海于 2022-12-2 19:56 编辑

2022年7月发布的xtb 6.5.1似乎是有了预编译Windows版了？主楼1.1提了一嘴xtb之前没有预编译Windows版的事，可以考虑下一版本更新一下情况。
==========
似乎仍然需要编译，只是压缩包命名和linux预编译版一致。

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-3 01:54:14

啊不错的飞过海发表于 2022-12-2 19:20
2022年7月发布的xtb 6.5.1似乎是有了预编译Windows版了？主楼1.1提了一嘴xtb之前没有预编译Windows版的事， ...

官方windows的预编译版早就有了，有一些bug，比如莫名其妙中断，我很不推荐使用

avatar_man · 发表于 Post on 2023-1-6 09:19:14

请问linux 系统里直接执行xtb的时候，怎么让他后台运行, 而不是在屏幕上输出？类似于gaussian 里面 &的命令，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-7 01:58:45

avatar_man 发表于 2023-1-6 09:19
请问linux 系统里直接执行xtb的时候，怎么让他后台运行, 而不是在屏幕上输出？类似于gaussian 里面 &的命 ...

命令行后头用>把输出信息重定向到一个文件里，同时末尾加上&在后台运行

PESPES · 发表于 Post on 2023-7-21 10:58:23

请问老师，在高斯调用xtb计算时虽然能正常计算，但是一直在屏幕上循环输出下面的语句，这个如何解决呢？
OMP: Warning #182: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined
normal termination of xtb

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-21 22:03:05

PESPES 发表于 2023-7-21 10:58
请问老师，在高斯调用xtb计算时虽然能正常计算，但是一直在屏幕上循环输出下面的语句，这个如何解决呢？
O ...

不用管
用unset命令去掉KMP_STACKSIZE环境变量的定义也可以

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