简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

18845562783 · 发表于 Post on 2019-10-19 15:46:48

请问老师，练习了使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图后的一个小问题，单击某个蓝色球后，VMD文本窗口提示 Index24，但sur.pdb文件中并没有序号是24+1的原子，不知道该怎么读取该点的数值。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-20 00:46:17

18845562783 发表于 2019-10-18 21:25
请问老师，左边是我画的，右边是您画的，我也采用了VMD带的渲染器，但颜色还是比较浅，请问这种情况应如何 ...

显示极值点的时候默认的设定就是浅，避免遮挡极值点
可以改透明度，graphics - material，修改当前用的材质

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-20 00:47:06

18845562783 发表于 2019-10-19 15:46
请问老师，练习了使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图后的一个小问题，单击某个蓝色 ...

看本文编辑器显示的行数（先把第一行删了）。pdb文件里一看就知道两类极值点都是从1开始标的，VMD里显示的index序号是对于所有极值点而言的

18845562783 · 发表于 Post on 2019-10-24 15:46:11

本帖最后由 18845562783 于 2019-10-25 19:55 编辑

请问老师：
1研究的分子内有氯原子，在用MULFIWFN和VMD，观看分子轨道，绘制静电势图时，氯原子的颜色默认和碳原子的颜色是一样的，请问下怎么修改氯原子的颜色。
2因为分子内含有氯原子，在使用MULTIWFN进行AIM分析时，Cl和NH也存在一个建经，请问这种卤键该怎么分析，如果只想考察氢键的成键情况，可以忽略这个卤键吗？
3做AIM分析时，先优化分子，再需要计算完单点后，在进行分析吗？
4 AIM分析氢键是否形成，需要对氢键供体和受体间的距离和范德华半径之和进行对比，请问这里的范德华半径该怎么计算？
5 想知道H和L的能隙。是不是将优化后的分子结构直接导入MULTIWFN观看，得到H和L的能量，二者做差，即为H和L的能隙值？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-26 04:34:15

18845562783 发表于 2019-10-24 15:46
请问老师：
1研究的分子内有氯原子，在用MULFIWFN和VMD，观看分子轨道，绘制静电势图时，氯原子的颜色默认 ...

1

2 用AIM分析卤键的文章一搜一大把，你不感兴趣就无视即可

3 如果优化用的级别就已经适合做波函数分析了，没必要再算单点

4 AIM分析是否存在氢键根本没必要做这个，AIM范畴里本身就有判断氢键存在性的指标：J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10865-10872
并且还可以通过Multiwfn支持的NCI、IGM方法直接图形化观察

关于半径，看
简谈原子半径
http://sobereva.com/255（http://bbs.keinsci.com/thread-99-1-1.html）

5 把fch文件载入Multiwfn，进入主功能0，文本窗口直接给出了HOMO-LUMO gap，下文提了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

耳机才是本体 · 发表于 Post on 2019-11-12 20:05:25

请问一下老师，利用multiwfn的主功能12计算分子表面静电势分析的时候，已经计算完成了，但是手滑不小心关掉了计算页面，还能不能重新调用之前的计算结果?如果可以，怎么实现呢？

dingniu2 · 发表于 Post on 2019-11-17 21:32:44

请问老师，看过老师的帖子，用Multiwfn做分子中原子的自旋布居可用 Mulliken/SCPA或Hirshfeld/Becke，前者基组不能有弥散，后者基组有没有弥散都行，请问老师在基组没有加弥散情况下，首选哪个方法？哪个方法最流行？选择方法和具体体系有关吗？

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-11-25 11:19:08

sob老师，您好，我使用gview建了一个丙烷的模型并进行了结构优化，使用Multiwfn计算RESP电荷，发现两侧的碳的电荷并不相同，跟丙烷的对称性有矛盾，请问是什么原因？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-25 19:53:00

zc_charles_li 发表于 2019-11-25 11:19
sob老师，您好，我使用gview建了一个丙烷的模型并进行了结构优化，使用Multiwfn计算RESP电荷，发现两侧的碳 ...

格点分布并不严格满足点群对称性
按此文3.5节说的，让程序根据点群自动施加电荷等价性约束就完了：
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-25 20:00:37

dingniu2 发表于 2019-11-17 21:32
请问老师，看过老师的帖子，用Multiwfn做分子中原子的自旋布居可用 Mulliken/SCPA或Hirshfeld/Becke，前者 ...

不管有没有弥散函数，都建议用Hirshfeld/Becke，唯一缺点是没法给出基函数、原子轨道、壳层的贡献，并且耗时高于Mulliken/SCPA

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-25 20:02:57

耳机才是本体发表于 2019-11-12 20:05
请问一下老师，利用multiwfn的主功能12计算分子表面静电势分析的时候，已经计算完成了，但是手滑不小心关掉 ...

不能

对于计算静电势耗时较高的情况，强烈建议按照手册里以下部分，在计算完毕后在后处理界面把表面顶点的静电势数据都导出，下次再分析的时候就可以复用，免得重新算

snljty · 发表于 Post on 2019-12-2 22:58:35

本帖最后由 snljty 于 2019-12-2 23:02 编辑

老师您好，请问您在http://sobereva.com/402和http://sobereva.com/425中计算coronene的Fukui函数和紧缩Fukui函数分布，为什么图上看不符合D6h的对称性呢，是因为有2维不可约表示么，那有没有看着更对称的方法呢？谢谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-3 07:19:35

snljty 发表于 2019-12-2 22:58
老师您好，请问您在http://sobereva.com/402和http://sobereva.com/425中计算coronene的Fukui函数和紧缩Fuk ...

不对称的原因很容易理解，通常HOMO、LUMO对f-、f+福井函数起主要贡献，而这俩轨道本身对这个体系就不是对称分布的（忽略了前线轨道简并性问题）。对于苯分子也是类似的。
有一种叫轨道权重福井函数、轨道权重双描述符的方法，这个应该是对称的，以后有空会实现在Multiwfn里。见DOI: 10.1021/acs.jpca.9b07516。

我个人建议先用ALIE，这是肯定满足点群对称性的

snljty · 发表于 Post on 2019-12-3 10:06:38

sobereva 发表于 2019-12-3 07:19
不对称的原因很容易理解，通常HOMO、LUMO对f-、f+福井函数起主要贡献，而这俩轨道本身对这个体系就不是对 ...

谢谢老师解答！

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-12-8 19:10:44

本帖最后由欢乐多于 2019-12-8 19:31 编辑

直接将文件拖到multiwfn图标上，multiwfn不认修改的setting.ini文件？

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