简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

Jameslzy · 发表于 Post on 2019-10-3 15:38:08

Sob老师好，想再请教您一个问题。之前问过您用CDA研究片段间电子转移的问题，当时主要想解决的是如下图所示的脱羰问题。两种金属M1和M2的脱羰难易程度不同，最终产物也不一样，想解释为什么会出现这种情况。原本想的解释是，金属负反馈到C-C键反键轨道的电子越多，C-C键就越会被削弱，也就更容易脱羰。但是经过CDA计算，二者负反馈到底物片段上的电荷几乎没有差别，感觉可能无法从CDA的角度来解释这种情况了。想问下Sob老师还有什么其他的波函数分析手段适合分析比较这种情况吗，我去学习一下，谢谢Sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-4 04:41:51

Jameslzy 发表于 2019-10-3 09:21
谢谢Sob老师的回复。昨天我和实验者又交流了一下，实验者还想从空间位阻的角度再分析一下，想问下老师分 ...

可以做RDG或IGM分析
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

也可以作穿透图
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

也可以对分子表面反应区域的某些比较窄的地方的距离进行测量来试图说明，参考
使用Multiwfn计算分子的动力学直径
http://sobereva.com/503（http://bbs.keinsci.com/thread-14264-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-4 05:22:23

Jameslzy 发表于 2019-10-3 15:38
Sob老师好，想再请教您一个问题。之前问过您用CDA研究片段间电子转移的问题，当时主要想解决的是如下图所示 ...

做AIM分析算算C-C键的键临界点位置的电子密度，算算C-C键的拉普拉斯键级试图说明。下文中都提了
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

Jameslzy · 发表于 Post on 2019-10-4 09:04:36

sobereva 发表于 2019-10-4 05:22
做AIM分析算算C-C键的键临界点位置的电子密度，算算C-C键的拉普拉斯键级试图说明。下文中都提了
Multiwf ...

好的好的，谢谢Sob老师回复，我去学习一下

Jameslzy · 发表于 Post on 2019-10-5 20:10:48

sobereva 发表于 2019-10-4 05:22
做AIM分析算算C-C键的键临界点位置的电子密度，算算C-C键的拉普拉斯键级试图说明。下文中都提了
Multiwf ...

Sob老师好，这两天拜读了您的博文，按照您说的对C-C键临界点位置的电子密度，以及C-C 键的拉普拉斯键级进行了计算。但是结果似乎与想象的有些相悖，再向您请教一下。
用M1和M2两种金属活化苯环和羰基间的C-C键，进行脱羰反应。实验中和计算的过渡态能量都表明M1可以进行脱羰，而M2催化的反应能量较高。我想象中应该M1催化体系中的C-C键电子密度和键级更小，C-C键更弱，这样应该能与过渡态能量低更好地对应上。但是实际上算出来结果却是M2催化体系中的电子密度和键级更小，C-C键更弱。
想问您一下这是否说明AIM分析和拉普拉斯键级分析不太适合解释这个过渡态中的能量差异？有没有其他的波函数分析手段可以尝试呢？谢谢Sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-6 07:17:15

Jameslzy 发表于 2019-10-5 20:10
Sob老师好，这两天拜读了您的博文，按照您说的对C-C键临界点位置的电子密度，以及C-C 键的拉普拉斯键级进 ...

没更多细节我不好说

另外可以看看下图里的综述

Jameslzy · 发表于 Post on 2019-10-6 08:51:29

sobereva 发表于 2019-10-6 07:17
没更多细节我不好说

另外可以看看下图里的综述

好的，谢谢Sob老师的回复，那我再去您的博文和手册里学习下用Multiwfn做能量分解的相关内容，看看能不能解决这个问题。另外就是不知道老师您是否有时间，我把体系的势能面和fchk文件私信发给您，您如果有空的话帮忙看一下可以么？

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-10-6 23:49:18

本帖最后由土拔鼠于 2019-10-12 01:16 编辑

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-7 07:17:28

Jameslzy 发表于 2019-10-6 08:51
好的，谢谢Sob老师的回复，那我再去您的博文和手册里学习下用Multiwfn做能量分解的相关内容，看看能不能 ...

最近实在太忙

Jameslzy · 发表于 Post on 2019-10-7 14:53:05

sobereva 发表于 2019-10-7 07:17
最近实在太忙

嗯嗯好的，谢谢Sob老师回复，那我先自己再琢磨琢磨

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-10-12 01:16:23

sob老师您好

我在尝试计算巨大体系（3000原子）的表面静电势因为体系太大了所以用Multiwfn调用Gaussian目录下的cubegen也算不动所以我先用xtb对体系算了一次单点能然后把输出的charge文件里的电荷信息合并到.xyz坐标的右边

1. 得到了含电荷的坐标文件之后我不太清楚下一步我应该去如何操作可以得到表面静电势图我应该参考手册哪一节恳请老师明示一下

2. 我想去按照博文196的分析方法去对不同静电势区间内分子表面积进行分析但我这个体系是不是没有办法按照博文方法操作请问有什么其他的方法吗

3. 我其实是想分析蛋白在不同环境下表面静电势的区别并说明我关注区域静电势的变化进而去讨论实验结果之前您在QQ群里说过可以用MOPAC，开MOZYME去算请问Multiwfn可以结合MOPAC的输出文件去做这个表面静电势的分析吗

谢谢老师

18845562783 · 发表于 Post on 2019-10-17 23:14:19

老师您好，请教一个问题，研读了《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》计算出了电子的硬度和软度，但通过阅读文献，发现文献中对电子的硬度和软度的计算公式是(L-M)/2,1/2电子硬度，而通过使用Multiwfn观看分子轨道，得到的L和M的能量值，按照公式和使用MuLtiwfn计算得到的数值不一样，应该怎么解决？是我哪里出错了吗？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-18 01:26:16

18845562783 发表于 2019-10-17 23:14
老师您好，请教一个问题，研读了《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》计算出了 ...

通过HOMO、LUMO轨道能量进行计算那是近似形式，远没有Multiwfn这种按照严格定义方式计算的准确

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-18 01:28:26

土拔鼠发表于 2019-10-12 01:16
sob老师您好

我在尝试计算巨大体系（3000原子）的表面静电势因为体系太大了所以用Multiwfn调用Gaussian ...

把.xyz文件后缀改成chg，删除文件里前两行。看下文里说的chg格式的定义
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
选择被考察的函数的时候，选择基于原子电荷算的静电势

我不知道你算的是什么体系。如果是生物分子，不要用xtb得到的原子电荷，对静电势重现性很差，应当用生物分子力场里定义的原子电荷。

3 不能。Multiwfn不支持MOPAC的波函数

18845562783 · 发表于 Post on 2019-10-18 21:25:04

请问老师，左边是我画的，右边是您画的，我也采用了VMD带的渲染器，但颜色还是比较浅，请问这种情况应如何设置，才能加深颜色！谢谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴