简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

little轲 · 发表于 Post on 2019-8-23 21:43:02

老师您好，最近学习了您的《绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法》一文，想学习里面用Multifwn画图的方法，但是目前遇到两个疑问。1、如何去掉我不需要的极值点，只留下我需要的。2、如何去掉原子序号（这里原文中虽有讲，但是我每次操作完点return之后，继续观看等值面时前面的操作并没有保留）。
以下是我自己做的图，和文献里的图（我预期做到的图）。感谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-23 22:23:27

little轲发表于 2019-8-23 21:43
老师您好，最近学习了您的《绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法》一文，想学习里面用Mul ...

不要24小时内同时在公社QQ群和公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的计算化学公社论坛新人必读。
群里已经回了

主功能17里显示吸引子的界面里把显示编号的选项去掉再用主功能5显示等值面
多余的直接ps掉就完了

界面上有选项选择是否显示标签

此文的图在绘制时没有利用特殊手段，直接用Multiwfn产生的
绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法
http://sobereva.com/493（http://bbs.keinsci.com/thread-13638-1-1.html）

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-9-6 17:12:33

请教一下老师我在用Multifwn+Gaussian 计算RESP电荷的时候由ATB生成的小分子结构在脂肪链的甲基上没有H 我在将RESP电荷一一对应替换到.itp和.gro之后发现由于结构里缺H 所以体系电荷不为0 遇到这种情况应该如何处理？我是否可以把多出来的电荷平局加到每个原子上比如小分子一共20个原子由于缺H 最后总电荷是-1 那我在每个原子再手动添加1/20正电荷让体系达到平衡
谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-7 02:23:29

土拔鼠发表于 2019-9-6 17:12
请教一下老师我在用Multifwn+Gaussian 计算RESP电荷的时候由ATB生成的小分子结构在脂肪链的甲基上没有H ...

必须得先加氢再做RESP电荷的计算，否则结果完全没意义。之后如果你要用到GROMOS力场里，按照联合原子的规则，把CHn基团里的原子电荷加和作为联合原子的电荷

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-9-10 22:55:04

老师您好我在尝试使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用拜读了您的博文想请教一下

我的研究的体系是蛋白在水与小分子的混合溶液中进行的MD，其中对蛋白的一段结构域（长越10个氨基酸）比较感兴趣

1. 我看您文中说“在轨迹中，感兴趣的分子的坐标应当保持固定不变” ，如果要冻结，是冻结单独的结构域还是整个蛋白域

2. 我如果想研究模拟平衡之后的蛋白域的相互作用，是否可以以前段模拟最后一帧的结构作为初始，除了冻结参数有变化之外其余参数与前段模拟一样，继续进行1ns的模拟取得1000帧的构象进行在Multiwfn进行弱aRDG分析

3. 我看您文章开头提到“下文讨论的只限于aRDG方法对全原子分子动力学轨迹的分析”，我前段模拟用的联合原子力场进行的模拟，我是否需要用全原子力场再重新跑一遍？

4. 除了使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用、表面静电势图，社长可否再推荐几种针对巨大体系、MD输出的结果使用Multiwfn的分析方法，我一定认真拜读手册相应的部分和例子

谢谢sob老师也祝老师教师节快乐

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-11 10:15:10

土拔鼠发表于 2019-9-10 22:55
老师您好我在尝试使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用拜读了您的博文想请教一下

我的研究的体 ...

1 冻结小分子
2 可以
3 需要
4 对于MD轨迹能进行讨论的目前只有aRDG这一个。如果不限于轨迹，只是对一个结构就可以用的话，Hirshfeld surface分析也是很好选择，比较直观，这里提到了：
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

高朋满座 · 发表于 Post on 2019-9-15 23:24:05

卢老师，请问Multiwfn能否通过Gaussian09E输出文件计算官能团或片段偶极矩对整个分子偶极矩的贡献，例如羧基对乙酸分子偶极矩的贡献，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-17 02:53:23

高朋满座发表于 2019-9-15 23:24
卢老师，请问Multiwfn能否通过Gaussian09E输出文件计算官能团或片段偶极矩对整个分子偶极矩的贡献，例如羧 ...

见
http://bbs.keinsci.com/thread-7422-1-1.html

值得一提的是，当片段的净电荷为0时，片段的偶极矩是受体系原点的选取影响的，因此原理上就没法严格计算

hzfish · 发表于 Post on 2019-9-21 15:23:19

EDA-SBL是否打算支持ORCA？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-23 07:57:49

hzfish 发表于 2019-9-21 15:23
EDA-SBL是否打算支持ORCA？

暂没打算

18845562783 · 发表于 Post on 2019-9-28 18:24:35

请问老师，如何使用Multiwfn计算HOMO和LUMO能量和绘制轨道图谱

Jameslzy · 发表于 Post on 2019-10-2 20:48:17

Sob老师好，最近在计算一个课题，涉及到需要讨论几个烯烃底物的双键哪一个更容易被自由基进攻。想定量或者直观的做一下比较和分析，不知道老师您有没有合适的波函数分析手段可以推荐？谢谢Sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-3 03:13:32

18845562783 发表于 2019-9-28 18:24
请问老师，如何使用Multiwfn计算HOMO和LUMO能量和绘制轨道图谱

轨道能量的计算是量化程序干的事

纯粹的绘制轨道图形，看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）
使用Multiwfn方便快速地批量绘制轨道图形
https://www.bilibili.com/video/av69765564/
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-3 03:22:03

Jameslzy 发表于 2019-10-2 20:48
Sob老师好，最近在计算一个课题，涉及到需要讨论几个烯烃底物的双键哪一个更容易被自由基进攻。想定量或者 ...

平均局部离子化能可以用，看这里面的我的博文和其它介绍
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

用福井函数f0也可以考察，看这里面的我的博文和其它介绍
概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html

Jameslzy · 发表于 Post on 2019-10-3 09:21:15

sobereva 发表于 2019-10-3 03:22
平均局部离子化能可以用，看这里面的我的博文和其它介绍
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs. ...

谢谢Sob老师的回复。昨天我和实验者又交流了一下，实验者还想从空间位阻的角度再分析一下，想问下老师分析空间位阻的话咱们Multiwfn有什么合适的手段可以使用呢？谢谢Sob老师。

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