简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

朙天儿 · 发表于 Post on 2019-12-31 16:05:25

Linux版的Multiwfn(Dec-24)也有出现类似此贴5L 后两图后几行内容，但并不影响Multiwfn的使用。却不知什么原因？还截图记录了几个小问题，请社长帮忙解决。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 12:56:19

朙天儿发表于 2019-12-31 16:05
Linux版的Multiwfn(Dec-24)也有出现类似此贴5L 后两图后几行内容，但并不影响Multiwfn的使用。却不知什么原 ...

我已更新官网上的Multiwfn。delta显示不出来的问题已解决。按ctrl+C相当于强行中断，属于异常退出，所以会有那种报错。优雅的退出方式是手册2.2节写的，在主菜单里按q退出。

至于没法把文本框里内容复制出来的问题，对于非windows版，我让输出的信息直接显示在了文本窗口，这样就能复制出来了。

二次输入导致关闭的问题我没有发现。

Peter_zhong · 发表于 Post on 2020-1-5 11:11:51

老师我想问一下。1、a、Linux系统下的GO9 优化任务结束之后，再提交频率计算任务此时才加入out=wfn关键词。和 b、优化频率一起算加out=wfn关键词。a b二者得到的wfn文件是一样的？对后续做IGM分析或者其他分析有影响吗？ 2、Linux系统下加入out=wfn关键词得到的wfn文件只能用Linux系统下的multiwfn程序分析？可以用Windows下的multiwfn程序分析吗？

snljty · 发表于 Post on 2020-1-6 13:07:30

请问卢老师，Multiwfn的主功能100中的16，计算CDFT的功能，生成的N,N+1,N-1的gjf文件为什么默认带有NoSymmetry？我的理解是三个态几何结构完全一样，Gaussian旋转平移的方式和结果也完全一样，应该不存在分子取向变了导致的问题。谢谢您的解答！

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-7 18:32:43

snljty 发表于 2020-1-6 13:07
请问卢老师，Multiwfn的主功能100中的16，计算CDFT的功能，生成的N,N+1,N-1的gjf文件为什么默认带有NoSymme ...

最初版本是没有nosymm的，但是后来发现老有一些缺乏常识的初级用户胡搞瞎搞，费半天劲也给他们说不明白，索性都加了nosymm了事。你删了的话也完全可以。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-7 18:34:59

Peter_zhong 发表于 2020-1-5 11:11
老师我想问一下。1、a、Linux系统下的GO9 优化任务结束之后，再提交频率计算任务此时才加入out=wfn关键词 ...

1 一样。
原始版本的IGM分析并不依赖于波函数信息，只依赖于体系结构。因此实际上都没必要非得刻意生成wfn文件。你用gview打开输出文件，保存成pdb、mol等只含结构信息的格式，Multiwfn也可以照样做原始版本的IGM计算。

2 wfn文件可以跨平台

snljty · 发表于 Post on 2020-1-7 19:04:46

sobereva 发表于 2020-1-7 18:32
最初版本是没有nosymm的，但是后来发现老有一些缺乏常识的初级用户胡搞瞎搞，费半天劲也给他们说不明白， ...

好的，谢谢老师

Peter_zhong · 发表于 Post on 2020-1-7 19:37:27

sobereva 发表于 2020-1-7 18:34
1 一样。
原始版本的IGM分析并不依赖于波函数信息，只依赖于体系结构。因此实际上都没必要非得刻意生成w ...

谢谢老师

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-1-10 17:45:28

请问卢老师我研究的是一个酶反应中的水解反应属于亲核取代反应我想通过计算底物的福井函数f+说明为什么亲核反应发生在底物的某一位点但是算出f+之后发现目前公认的位点并不是最佳的位点也就是您教程中绿色等值面的体积不是最大的

我记得您说过这种预测反应位点的方法不适合酶体系那我应该从其他什么角度说明底物什么位点的亲核性是最强的或者我在计算酶体系的福井函数时不该单独对小分子进行优化而是在docking之后带着底物与口袋的氨基酸抠出来一起优化再单独对底物的构形进行福井函数的计算谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-11 20:58:03

土拔鼠发表于 2020-1-10 17:45
请问卢老师我研究的是一个酶反应中的水解反应属于亲核取代反应我想通过计算底物的福井函数f+说明为什么 ...

我没说不适合酶反应的底物。原理上是适合的

另外也考察Hirshfeld电荷，这样更稳妥
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html

原理上来说，预测反应位点时用的小分子的构型应当尽量用反应物复合物里的构型（但结果对构象也不是特别敏感）。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-13 18:00:34

我想用Multiwfn打开一个chk文件
Multiwfn GLU.000001.chk
得到
Multiwfn -- A Multifunctional Wavefunction Analyzer
Version 3.7(dev), release date: 2020-Jan-10
Project leader: Tian Lu (Beijing Kein Research Center for Natural Sciences)
Below paper ***MUST BE CITED*** if Multiwfn is utilized in your work:
Tian Lu, Feiwu Chen, J. Comput. Chem., 33, 580-592 (2012)
Multiwfn official website: http://sobereva.com/multiwfn
Multiwfn English forum: http://sobereva.com/wfnbbs
Multiwfn Chinese forum: http://bbs.keinsci.com/wfn

( The number of threads: 4 Current date: 2020-01-13 Time: 09:57:22 )

Please wait...
Running: ~/src/g16/g16/formchk "GLU.000001.chk" > /dev/null
Error: formchk conversion failed!
Press ENTER button to exit

但直接用~/src/g16/g16/formchk "GLU.000001.chk"转换成fch再用Multiwfn运行的话没有任何问题

GLU.000001.chk.zip (1.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

找镜 · 发表于 Post on 2020-1-13 18:07:48

老师好，我想请问一下怎么用molden文件看单点能呢？我用Multiwfn看了一会选项，感觉好像只能看轨道能量，分子的整体能量可以看吗？
看手册目录好像有能量分解相关的，但是似乎没有整体能量。
希望老师抽空解答~谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-13 20:47:31

找镜发表于 2020-1-13 18:07
老师好，我想请问一下怎么用molden文件看单点能呢？我用Multiwfn看了一会选项，感觉好像只能看轨道能量，分 ...

你对molden格式理解有问题
molden目的是记录坐标和波函数信息，没有强制要求记录体系电子能量，因此Multiwfn也并不会从中读取单点能。
极个别程序可能往molden里写入单点能信息，你用文本编辑器打开molden文件从开头部分就能看到；如果没记录单点能你也不可能看得到

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-13 21:04:54

wuzhiyi 发表于 2020-1-13 18:00
我想用Multiwfn打开一个chk文件
Multiwfn GLU.000001.chk
得到

formchkpath写成绝对路径试试，怀疑是fortan调用命令时不认~

找镜 · 发表于 Post on 2020-1-13 21:26:33

sobereva 发表于 2020-1-13 20:47
你对molden格式理解有问题
molden目的是记录坐标和波函数信息，没有强制要求记录体系电子能量，因此Mult ...

好的，谢谢老师！

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