简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-1-13 22:01:20

卢老师我的底物是对硝基笨丁酸酯计算级别是M06-2X/6-31G** 这个是我计算的福井函数（f+）的等值面图其中C15的位置是理论上的亲核进攻的反应位点我也同时算了Hirshfeld电荷 C15也不是Hirshfeld电荷最负的位置
请教一下您这种情况是不是我对福井函数和Hirshfeld电荷与亲核位点的相关性理解或者计算级别有问题？
还是这个分子的最佳亲核反应的位点并不是C15
谢谢老师

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-14 02:51:49

本帖最后由 wuzhiyi 于 2020-1-14 05:51 编辑

sobereva 发表于 2020-1-13 21:04
formchkpath写成绝对路径试试，怀疑是fortan调用命令时不认~

谢谢sob老师的回复，不好意思造成了误会。
我写的是绝对路径就是  formchkpath= "/users/XXX/src/g16/g16/formchk"
因为不想公开自己的用户名，所以就用~代替了。

顺便我找到原因了，是formchk的锅。

在正常情况下，formchk会把文件转换为fchk为后缀的fch文件，Multiwfn则默认读取生成的*.fchk文件。如找不到fchk文件，则会提示转换失败。
但如果用sob老师的xyz2QC程序生成gaussian输入文件的话，chk的默认格式则为XXX.0000001.chk。
当formchk转换文件名中含有“.”的文件的时候，则默认不会加上.fchk后缀，换句话说
执行formchk XXX.0000001.chk的话
不会生成XXX.0000001.fchk而会生成XXX.0000001，Multiwfn当然不认识XXX.0000001，于是就会报错。

建议的解决方案为显式提供输出文件
即将
$formchk $name.chk
然后查找$name.fchk
改成
$formchk $name.chk $name.fchk
则可解决这个问题。

顺便好像还有一个bug，和http://bbs.keinsci.com/thread-15317-1-1.html#pid104326蕾丝
就是如果读取多构想算RESP
如果读取的文件波函数格式是gbw的话
输入
GLU.000001.gbw 0.13984521723072146
GLU.000002.gbw 0.1411307082848102
GLU.000003.gbw 0.139883438396551
GLU.000004.gbw 0.13961729620293664
GLU.000005.gbw 0.13871149939772198
GLU.000006.gbw 0.13703445608929546
GLU.000007.gbw 0.16377738439796335

输出的时候显示
Running: /opt/gridware/apps/orca/orca_4_2_0_linux_x86-64_openmpi314/orca_2mkl "GLU.000001" -molden > /dev/null
Deleting GLU.000001.molden.input
Number of MK fitting points used:    12431
Progress: [##################################################]  100.00 %    \

Generating fitting points and calculate ESP for conformer 2
Running: /opt/gridware/apps/orca/orca_4_2_0_linux_x86-64_openmpi314/orca_2mkl "GLU.000001" -molden > /dev/null
Deleting GLU.000001.molden.input
Number of MK fitting points used:    12431
Progress: [##################################################]  100.00 %    /

Generating fitting points and calculate ESP for conformer 3
Running: /opt/gridware/apps/orca/orca_4_2_0_linux_x86-64_openmpi314/orca_2mkl "GLU.000001" -molden > /dev/null
Deleting GLU.000001.molden.input
Number of MK fitting points used:    12431
Progress: [##################################################]  100.00 %    \

Generating fitting points and calculate ESP for conformer 4
Running: /opt/gridware/apps/orca/orca_4_2_0_linux_x86-64_openmpi314/orca_2mkl "GLU.000001" -molden > /dev/null
Deleting GLU.000001.molden.input
Number of MK fitting points used:    12431
Progress: [##################################################]  100.00 %    /

Generating fitting points and calculate ESP for conformer 5
Running: /opt/gridware/apps/orca/orca_4_2_0_linux_x86-64_openmpi314/orca_2mkl "GLU.000001" -molden > /dev/null
Deleting GLU.000001.molden.input
Number of MK fitting points used:    12431
Progress: [##################################################]  100.00 %    \

Generating fitting points and calculate ESP for conformer 6
Running: /opt/gridware/apps/orca/orca_4_2_0_linux_x86-64_openmpi314/orca_2mkl "GLU.000001" -molden > /dev/null
Deleting GLU.000001.molden.input
Number of MK fitting points used:    12431
Progress: [##################################################]  100.00 %    /

Generating fitting points and calculate ESP for conformer 7
Running: /opt/gridware/apps/orca/orca_4_2_0_linux_x86-64_openmpi314/orca_2mkl "GLU.000001" -molden > /dev/null
Deleting GLU.000001.molden.input
Number of MK fitting points used:    12431
Progress: [##################################################]  100.00 %    \

我没有细查但感觉应该又是一个文件算了七遍。

顺便虽然知道sob老师在写自己的cubegen，但想其实如果当cubegenpath有设置的时候，将波函数文件自动转换到fch并调用cubegen是最方便的了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-15 00:04:16

土拔鼠发表于 2020-1-13 22:01
卢老师我的底物是对硝基笨丁酸酯计算级别是M06-2X/6-31G** 这个是我计算的福井函数（f+）的等值面图其中 ...

既然是亲核进攻，Hirshfeld电荷越正才越容易被进攻，你理解有误
从图上来看，C15连着两个氧，理应算出来Hirshfeld电荷就是最正的
等值面图不容易定量考察各个位点的情况，特别是C2既有正又有负。应当计算一下简缩福井函数
另外，对于已知不会发生反应的位点，比如硝基那种地方，直接无视掉其数值。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-15 00:21:20

wuzhiyi 发表于 2020-1-14 02:51
谢谢sob老师的回复，不好意思造成了误会。
我写的是绝对路径就是 formchkpath= "/users/XXX/src/g16/g ...

这几天正在讲培训班的课太忙，过几天抽时间我修正这些问题，谢谢报告

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-15 00:27:27

sobereva 发表于 2020-1-15 00:21
这几天正在讲培训班的课太忙，过几天抽时间我修正这些问题，谢谢报告

谢谢sob老师老师举办培训班燃烧自己照亮业界

jingnan2019 · 发表于 Post on 2020-1-15 13:17:05

请教下Sob老师，分子动力学该如何入门？课题可能需要做多孔碳材料上气体扩散的计算，但是组里同学都没接触过，想请老师指点一下刚入门去看哪些资料，选择什么软件？下次动力学与Gromacs培训什么时候开？多谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-15 23:31:54

jingnan2019 发表于 2020-1-15 13:17
请教下Sob老师，分子动力学该如何入门？课题可能需要做多孔碳材料上气体扩散的计算，但是组里同学都没接触 ...

请尽量不要在和要提问的内容无关的帖子里提问
下次时间不晚于2020年6月
做一个新课题第一件事是先用google学术搜相关的计算文章，弄清楚一般的套路

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-19 20:05:45

wuzhiyi 发表于 2020-1-14 02:51
谢谢sob老师的回复，不好意思造成了误会。
我写的是绝对路径就是 formchkpath= "/users/XXX/src/g16/g ...

我已更新主页上的Multiwfn最新版本，已使得formchk对这种情况转换正常，并且多构象gbw能正常考虑

至于将gbw自动转成fch并调用cubegen，我没在Multiwfn里面实现，因为牵扯的乱七八糟事较多。我提供了一个shell脚本，可以一键将所有gbw转成fch：http://bbs.keinsci.com/thread-16133-1-1.html

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-20 00:24:29

sobereva 发表于 2020-1-19 20:05
我已更新主页上的Multiwfn最新版本，已使得formchk对这种情况转换正常，并且多构象gbw能正常考虑

至于 ...

谢谢sob老师

snljty · 发表于 Post on 2020-2-14 14:01:45

本帖最后由 snljty 于 2020-2-14 19:59 编辑

sob老师好，想提供一点的小的建议，不知道您有时间能不能考虑一下，多谢！
1. 弱相互作用分析的部分，DORI函数以及δg_inter和δg_intra不在主功能5计算格点数据中，只在可视化弱相互作用菜单中，这样如果之前做了RDG分析保留了sign(λ_2)ρ函数的格点数据，这里还得重算一遍，这个函数计算量还比较大，如果可以在主功能5里只算DORI函数就好了。
2. 文件格式转换和其他一些功能比如从计算的输出文件读文件的功能，输入文件名的一步能否根据输入文件，设置一个按回车的默认文件名？比如输入叫test.fch，后面输出molden文件可以按回车直接采用test.molden文件名。读RESP拟合点数据时候，输入test.fch，读取一步按回车直接读取test.out(如果有，没有就读test.log)这样？软件执行中命令行没法用Tab键补全路径，文件名比较长总得拷贝过来也有些麻烦。可能会给您添一些麻烦，不过对于批处理会方便一些。

snljty · 发表于 Post on 2020-2-14 17:04:54

本帖最后由 snljty 于 2020-2-14 17:06 编辑

还有个问题想请教一下，按照您的博文绘制的静电势填色的分子范德华表面图，在调用Multiwfn附带文件提供的Tachyon渲染高质量图片的命令渲染后，经常是这样亮度过高的效果，尤其是中等阴影。全阴影也有这个问题。请问这个问题如何解决，谢谢。为了上传方便把bmp转成了png。

OpenGL窗口里一切正常。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-16 10:08:57

snljty 发表于 2020-2-14 14:01
sob老师好，想提供一点的小的建议，不知道您有时间能不能考虑一下，多谢！
1. 弱相互作用分析的部分，DORI ...

1 DORI函数本身是个用户自定义函数，看手册2.7节第20号，恰当设iuserfunc就能直接用
δg_inter和δg_intra本身没法直接作为单独的函数出现，因为只有先定义了片段这俩函数才有意义。

2 目前最新版本产生ORCA、Gaussian、PSI4输入文件的时候都有自动设置文件名的功能
fch和molden的情况之后会加上
RESP那个读取功能使用场合略少

snljty · 发表于 Post on 2020-2-16 10:10:41

sobereva 发表于 2020-2-16 10:08
1 DORI函数本身是个用户自定义函数，看手册2.7节第20号，恰当设iuserfunc就能直接用
δg_inter和δg_int ...

谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-16 10:11:01

snljty 发表于 2020-2-14 17:04
还有个问题想请教一下，按照您的博文绘制的静电势填色的分子范德华表面图，在调用Multiwfn附带文件提供的Ta ...

直接截图即可，渲染也不会得到明显更好的结果
另外可以把-trans_raster3d改成-trans_vmd试试

snljty · 发表于 Post on 2020-2-16 14:44:09

sobereva 发表于 2020-2-16 10:11
直接截图即可，渲染也不会得到明显更好的结果
另外可以把-trans_raster3d改成-trans_vmd试试

解决了，谢谢老师！

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