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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2020-3-15 09:35:18 | 只看该作者 Only view this author
请问卢老师, net charge 和 spin density 的中文翻译是什么呢?下图是一篇文献中TiCl3氧化中间体在Pd上的吸附,我想请问卢老师,用Multiwfn计算的话是对应手册的哪部分呢?
计算中间体和金属表面时,是否需要分开为单独仅有中间体和仅有金属表面的两个文件?
并且希望卢老师能推荐一些相关的博文学习学习,毕竟写的是中文,好理解  谢谢卢老师~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 13:24:47 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-14 21:39
弥散函数的问题我明白了。
关于这个报错我试出来了,好像是iloadGaugeom= 1设置和这个功能不兼容,iload ...

这正是为什么iloadGaugeom默认值是0。设成1的话,不仅是这个,还有很多其它的功能都可能会有各种潜在问题。目前我不把它视为bug。

不太常用的我就没打算弄默认文件名的功能。既然你需要,MOPAC输出文件下个版本就会有默认文件名。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 13:27:24 | 只看该作者 Only view this author
喝了假咖啡 发表于 2020-3-15 09:35
请问卢老师, net charge 和 spin density 的中文翻译是什么呢?下图是一篇文献中TiCl3氧化中间体在Pd上的 ...

净电荷、自旋密度(图中用词明显不妥,那叫自旋布居才对)

净电荷就是各个原子电荷的加和,原子电荷相关知识看《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)、Multiwfn手册3.9节的介绍以及4.7节的计算例子。自旋密度和自旋布居看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html

你既可以对于孤立状态计算,也可以对整体来计算,二者的差值可以用于考察结合前后单电子、电子转移情况。
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发表于 Post on 2020-3-17 14:27:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-17 13:24
这正是为什么iloadGaugeom默认值是0。设成1的话,不仅是这个,还有很多其它的功能都可能会有各种潜在问题 ...

谢谢您!抱歉添麻烦了。

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发表于 Post on 2020-3-21 18:02:09 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,Multiwfn可以添加将模糊空间划分的自旋布居导出成chg格式的功能么?谢谢您!

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发表于 Post on 2020-3-21 18:52:34 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-3-21 22:52:37 | 只看该作者 Only view this author
社长 请教一下 我在模拟RNA-蛋白体系的时候 因为RNA有一端被磷酸化了 所以没办法直接用pdb2gmx设成RNA的拓补 所以想把RNA作为配体 用Amber+GAFF力场 并用Multiwfn去拟合的RNA的RESP电荷

1. 因为pdb结构里的蛋白和RNA位置都是明确的 我是否可以用培训班给的不进行优化的acpype脚本 把RNA坐标抠出来 保存成mol去直接生成拓补文件 算RESP也不去优化直接用这个抠出来的结构?
2. 还有想请教一下社长这种方法生成的核酸拓补靠谱吗?

谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 15:11:45 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-21 18:02
请问老师,Multiwfn可以添加将模糊空间划分的自旋布居导出成chg格式的功能么?谢谢您!

不能。这通过几行shell脚本语句就能实现
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 15:17:37 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-3-21 22:52
社长 请教一下 我在模拟RNA-蛋白体系的时候 因为RNA有一端被磷酸化了 所以没办法直接用pdb2gmx设成RNA的拓 ...

RNA一般很大,acpype没法直接处理这么大的。
应当在pdb里把这个残基名改成一个新的,然后在rtp文件里也定义一个新的残基。还是用Amber力场的原子类型。根据AMBER原文里的定义判断磷酸化那一部分的原子适合用什么原子类型。
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发表于 Post on 2020-3-24 13:36:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师   在使用multiwfn计算某些分子中各原子的自旋布居数时,其顺带算出的原子电荷是什么类型的电荷呢(如下图)   其可以用于判断C-H键断裂中电荷的转移情况嘛

2.jpg (27.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 15:37:36 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2020-3-24 13:36
sob老师   在使用multiwfn计算某些分子中各原子的自旋布居数时,其顺带算出的原子电荷是什么类型的电荷呢( ...

看你选的是什么方法
诸如你选的Mulliken布居分析,则自旋布居和原子电荷就都是Mulliken方法的
可以
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发表于 Post on 2020-4-1 18:58:22 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我现在做课题,发现在相同的有机结构(比如卡宾和叶立德等)中引入不同的杂原子会影响其金属配合物的稳定性,使得有些结构易于形成过渡金属配合物,有些结构则是游离的分子更为稳定。现在想分析下这些过渡金属稳定性不同的深层次原因,看看究竟杂原子是如何影响稳定性的。想问下Sob老师这种情况从哪些方面做波函数分析比较好呢,谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2020-4-2 18:14:26 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我在用ORCA计算一个含一个碘原子的分子时,使用基组ma-def2-TZVP, 计算完后用Multiwfn加载gbw文件查看轨道信息。这时候有warning说:
The net charge of this system is quite large (   28)! Probably ECP is employed while you forgot to modify the atomic indices in [atoms] field of the .molden file to actual nuclear charges, in this case some analysis results will be problematic! Please check "Molden" part of Section 2.5 of Multiwfn manual to understand why and how to modify the file
这是因为该基组默认对碘使用了赝势吗?为什么这里的net charge会是28呢?

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发表于 Post on 2020-4-2 19:30:56 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2020-4-2 18:14
sob老师您好,我在用ORCA计算一个含一个碘原子的分子时,使用基组ma-def2-TZVP, 计算完后用Multiwfn加载gbw ...

gbw实际是被orca_2mkl转成molden再被Multiwfn读的。
看卢老师这篇博文的3.4节
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
molden格式的定义也有个明显缺点,就是没有记录核电荷数的段落,而只记录了原子序数。对于全电子基组下的计算,原子序数和核电荷数是相同的,但是对于赝势下的计算,核电荷数与原子序数的差值正是被赝势代替的内核电子数。因此,如果molden文件是在赝势下计算产生的,那么Multiwfn载入后核电荷数会当成等同于原子序数,做一些涉及到核电荷的计算,比如计算分子静电势,那么结果就完全错了。为了解决这个矛盾,Multiwfn在读取Molden文件的时候,把[atoms]字段的第三列,也即原子序数那一类,当做核电荷数来读取。因此,在赝势下计算时,只要手动把原子序数那一列改成实际核电荷数,那么Multiwfn读取后就可以正常做涉及核电荷数的分析了(Multiwfn判断原子的元素是根据molden里的原子名判断的,因此原子序数改成核电荷数后,Multiwfn并不会判断错元素)。molden格式还一个缺点就是支持的基函数最高角动量只到g。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-4 05:04:01 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2020-4-2 18:14
sob老师您好,我在用ORCA计算一个含一个碘原子的分子时,使用基组ma-def2-TZVP, 计算完后用Multiwfn加载gbw ...

这是molden格式不记录实际电荷所致的,这个问题很讨厌,也正体现了我定义的新格式mwfn(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=16363)的必要性
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