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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2020-4-7 16:33:44 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好 我想请教一下 审稿人让我在MD后对蛋白的几个结构域的相互作用进行分析 我对之前对不同结构域之间做了mmpbsa 但审稿人认为这种方法精度差并且认为结果中结合能的范围不在正常范围内 我想请教一下卢老师
1. 我可不可以提取出来模拟的几帧结构之后 把我需要分析的结构扣出来作饱和处理 不优化直接算一下单点产生波函数并用Multiwfn按照您博文中弱相互作用的方法进行分析?因为蛋白在3000原子左右整个全算了话感觉算不动
2. 如果1可以,那我是否需要提取两个结构域之间的水分子一起去算单点?
3. 如果1 2不可以,是否有其他的方法去定性的描述同一个蛋白的两个结构域之间的相互作用的方法?
谢谢卢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-8 07:49:11 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-4-7 16:33
卢老师您好 我想请教一下 审稿人让我在MD后对蛋白的几个结构域的相互作用进行分析 我对之前对不同结构域之 ...

取决于你用什么方法分析。
如果是RDG、IGM分析,结构必须优化。完全可以在隐式溶剂模型下基于分子力场优化。在Multiwfn原文JCC, 33, 580的补充材料的Fig. S4对跨膜蛋白两条alpha螺旋之间进行了RDG分析,就是这么搞的。

然而Multiwfn中的分析并没法完全取代MM/PBSA的作用,因为这个方法分析的是能量而且还考虑了溶剂效应、动态平均。如果审稿人质疑MM/PBSA,可以再做个MM/GBSA进行对照。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-4-8 18:57:24 | 只看该作者 Only view this author
请问用在计算简缩福井函数时,把三个gjf文件放到另一台机子上算,得到的.wfn文件放入Multiwfn当前目录下,打开Multiwfn没有反应,不能在当前模块里选择2 Calculate various quantitative indices,是怎么回事?还是需要进行其他操作。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:24:40 | 只看该作者 Only view this author
Oak 发表于 2020-4-8 18:57
请问用在计算简缩福井函数时,把三个gjf文件放到另一台机子上算,得到的.wfn文件放入Multiwfn当前目录下, ...

仔细看屏幕上的提示,如果看不明白,把截图发上来

“打开Multiwfn没有反应”语义不明。Multiwfn是交互式程序,显然每一步都得按屏幕上的提示操作才能到下一步
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发表于 Post on 2020-4-10 21:22:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-9 07:24
仔细看屏幕上的提示,如果看不明白,把截图发上来

“打开Multiwfn没有反应”语义不明。Multiwfn是交互 ...

明白了,谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-4-21 10:08:33 | 只看该作者 Only view this author

Sob前辈,请问multiwfn出现这种chk转化错误的现象是什么原因啊?

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发表于 Post on 2020-4-21 11:47:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Q-Chembio-llg 于 2020-4-21 13:52 编辑


Sob前辈,我按照http://sobereva.com/399《绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法》这篇文章中的方法操作了一下,遇到了点困难,就是选中等质量后输出的txt文件数据行数太多了用Ultraedit删除左边三列时总是出现未响应的情况,有什么解决的办法吗?还有就是我按照文中的方法产生了ps文件之后用acrobat打不开,不知道是什么原因。还请sob前辈指点

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发表于 Post on 2020-4-21 17:23:31 | 只看该作者 Only view this author
想请教一个问题。我有一个反应的 IRC 想要分析,过程中,Ni和配体之间的键长有明显改变,我想了解键强的改变是由哪个轨道影响造成的。因此打算把IRC每个点都做键级分析,得到键级之后,再把重要的键级分解为轨道贡献,借此理解为什么 Ni和配体的键在过程中变强了或者变弱了。

1.        把键级分解为轨道贡献,最好的方法是使用 NAdO的方法(http://sobereva.com/535),还是把轨道定域化的方法(http://sobereva.com/380)?
2.        在这教学里(http://sobereva.com/200)得到的是 Mayer 键级,但用NAdO的方法分析轨道贡献时,得到的键级是否并不对应 Mayer 键级?如果不对应,我应该使用使用什么方式计算键级,以便对应 NAdO 的结果?还是说,我不做键级分析,直接做 NAdO再用里面的键级讨论就完事,不需要用 Mayer 键级?
3.        就算是很相似的结构,用NAdO的方法分析轨道贡献时,每个结构得到的 NAdO 轨道都有些微差异,因此讨论轨道的贡献数值在反应中如何改变是否会有问题?(在我的反应中,Ni-配体的Mayer键级,反应前后改变只有 0.2)

这种分析方向合理吗?有其他更为建议的方式吗?

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-22 04:04:26 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-21 10:08
Sob前辈,请问multiwfn出现这种chk转化错误的现象是什么原因啊?

路径里不要有括号、空格这种东西,是自找麻烦,而且路径也不要那么长
自行用formchk转换,如果还不行,把文件放到一个简短的路径下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-22 04:05:30 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-21 11:47
Sob前辈,我按照http://sobereva.com/399《绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法》这篇 ...

当前版本Multiwfn带的脚本根本不需要自己删除那三列(这在文章最上头已经明确说了)。这里还有演示
用Multiwfn+gnuplot绘制有着色效果的RDG散点图
https://www.bilibili.com/video/av36375188/
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-22 05:28:26 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-4-21 17:23
想请教一个问题。我有一个反应的 IRC 想要分析,过程中,Ni和配体之间的键长有明显改变,我想了解键强的改 ...

1 这两种分解没有可比性,思想非常不同。前者是专门为了分析特定相互作用而创造出新的轨道,而后者是考察本来就有的定域化轨道产生的贡献。

2 NAdO文章里说了,对应的是原子间的离域化指数,本身Mayer键级就是希尔伯特空间下的原子间离域化指数,在此文里专门有详述
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
把上文中的键级部分和NAdO博文多读几遍就懂了

3 不仅键级会变化,NAdO轨道图形也会随着IRC而变化。如果你对每个点做轨道定域化分析,也会发现定域化轨道形状也在不断变化,这是理所应当的,看Multiwfn手册4.19.2节对SN2反应过程中LMO的分析例子

另外,我建议不要忽略我提出的将Wiberg键级分解为原子轨道相互作用的贡献,这很有价值,很有助于把握键级值的本质,在471文章中专门介绍了。
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发表于 Post on 2020-4-22 07:34:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-22 04:04
路径里不要有括号、空格这种东西,是自找麻烦,而且路径也不要那么长
自行用formchk转换,如果还不行, ...

好的谢谢老师!我去试一下

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发表于 Post on 2020-4-23 02:11:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 elvisng 于 2020-4-23 02:38 编辑

想请教老师一个问题。我有一个化合物,R2Ni-NHC,随着 Ni 从 Y 形变成 T形的过程中,Ni-NHC键的键级明显在下降(Mayer bond order 显示从0.99 变成0.78),但同时显示 Ni 的 total valences 也在下降,从3.7 变成3.3。

1.     键级和 total valences下降,是不是意味着Ni少了电子用作成键?
2.     我想知道,这些少了的电子,是去了两个R基团上面,还是变成 Ni上面的孤对电子。请问我应该做什么样的计算?算电荷吗?这种情况应该用哪一种电荷?还是有什么办法算出孤对电子的电子数目?
3.     哪一种方法比较能对应得上 Mayer bond order 算出来的结果?也就是说,我想跟 Mayer bond order 算出来的 total valences 比较(它显示 Ni 少了0.4 个电子在成键,我想知道其中有多少去了孤对电子,有多少去了别的地方)。

谢谢老师  

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 06:44:04 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-4-23 02:11
想请教老师一个问题。我有一个化合物,R2Ni-NHC,随着 Ni 从 Y 形变成 T形的过程中,Ni-NHC键的键级明显在 ...

1 可以姑且认为用于成键的电子减少了
2 用Multiwfn将Wiberg键级分解为原子轨道对的贡献,看看是哪些原子轨道作用减少了所致。也可以做布居分析考察p、d电子数变化看看是否能解释什么。
3 别光关注Ni-N。总价体现的是Mayer键级的加和,Ni-N只降了0.21,而总价降了0.4,说明别的键的变化也不可忽略
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发表于 Post on 2020-4-30 17:07:41 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,Multiwfn输出各种图里面文字的字体是什么?是dislin库决定的么,这个编程时候能改么?谢谢。

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