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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2020-2-17 00:59:28 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好

我在研究蛋白水解一系列酯类底物(相同官能团,不同脂肪链长的小分子)的时候 发现蛋白对这些不同链长的底物水解活力有区别(有的好有的差)之后对蛋白进行了改造 发现了几个突变体对长链或短链底物分别提高了水解活力

我先进行了底物和蛋白的docking 并用docking的结构跑了MD 算了各个链长底物与蛋白的结合能 发现与野生型蛋白符合不是很好
之后我分别对各个小分子发生反应位置原子的Hirshfeld电荷以及福井函数进行了计算 并与实验做了对照 发现与野生型相符情况比较好 但和改造后的突变型符合较差

我这部分工作想解决两个问题 1.为什么野生型的蛋白对不同链长的底物有选择性 2.突变后的蛋白为底物选择性什么变了

我想问的问题是
1. 我想做的第一部分可以勉强用Hirshfeld电荷以及福井函数解释 但感觉数据量有点少 请问卢老师是否可以结合Multiwfn进行别的分析去丰富数据? 比如您在培训班里说的PDOS是否可以 将不同脂肪链作为片段去算对整个DOS的贡献 如果不同底物脂肪链区域对整个分子的贡献有显著区别 说明不同链长的脂肪链对反应位点的强弱有影响 不知道这样是否合理
2. 第二部分我的理解是这样的 如果蛋白对底物的结合角度及结合作用力足够正确、足够强 那蛋白对不同链长的底物选择性应该是符合前面算的Hirshfeld电荷以及福井函数的数据 野生型蛋白符合就是这个原因 之所以突变后的蛋白不符合 那就是因为突变后的构象变化破坏了底物结合口袋的结合能或者结合角度 并通过结合Multiwfn拟合不同链长小分子的RESP电荷后进行MD去算结合能与稳定的结合构象 这样去解释可以吗?

谢谢卢老师的解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-18 12:57:25 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-17 00:59
卢老师您好

我在研究蛋白水解一系列酯类底物(相同官能团,不同脂肪链长的小分子)的时候 发现蛋白对这 ...

福井函数、Hirshfeld电荷之类对于考察反应位点、强弱不是万能的。先得考虑当前情况清楚影响反应性和位点的本质是什么。如果你说的不同链长就是烃链长短不同,那么对反应位点的电子结构特征影响应当是非常有限的(Hirshfeld电荷、福井函数应当也都变化甚微),故此时不适合做这些分析。问题更关键的本质我估计是周围侧链与底物的结合稳定性,还有反应完了扩散什么的,应当更着眼于考虑这些方面。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-2-28 12:17:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-16 10:08
1 DORI函数本身是个用户自定义函数,看手册2.7节第20号,恰当设iuserfunc就能直接用
δg_inter和δg_int ...

不好意思,还有一个读入.chg文件后转成.pqr文件的地方输出文件名还没有默认,能麻烦您以后有空受累一下么,谢谢

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发表于 Post on 2020-2-29 21:45:11 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,关于http://sobereva.com/216,通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性这篇博文和相关内容的问题。
试了一下,Multiwfn生成的计算ICSS的输入文件中的结构好像完全是从模板文件中得到的,没有利用启动程序时候载入的文件。这样如果有多个结构要处理,设计成直接用输入文件作为模板文件,或者模板文件不需要坐标,会不会方便一些呢。不是太理解这里为什么设计成要读两个文件。谢谢您。

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发表于 Post on 2020-3-1 10:16:47 | 只看该作者 Only view this author
社长您好

1.请问Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能中 可以进行混合基组设置吗?我想给指定几个原子加弥散函数
2.如果不能 还想请问社长 比如用Gaussian算热力学校正量使用混合基组 一部分带弥散一部分不带弥散 计算单点的时候用Multiwfn产生ORCA输入文件 直接全部都带弥散 最后相加 这样可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 11:02:53 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-3-1 10:16
社长您好

1.请问Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能中 可以进行混合基组设置吗?我想给指定 ...

1 目前不能
2 可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 11:03:14 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-28 12:17
不好意思,还有一个读入.chg文件后转成.pqr文件的地方输出文件名还没有默认,能麻烦您以后有空受累一下么 ...

下次更新加上
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 11:18:48 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-29 21:45
请问老师,关于http://sobereva.com/216,通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性这篇博文和相关 ...

目前的版本把模板文件作为一开始载入的文件就可以,因为gjf本身就会给Multiwfn提供坐标信息
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发表于 Post on 2020-3-1 11:41:26 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 12:15:32 | 只看该作者 Only view this author

已经更新了

另外我也更新了下文里的例子和相关说明,体现了对于当前的版本只需要gjf文件就够了,不需要准备pdb
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216

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发表于 Post on 2020-3-5 20:48:31 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,优化时基组使用了弥散的话,会影响multiwfn分析弱相互作用的结果吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 10:25:09 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-3-5 20:48
请问sob老师,优化时基组使用了弥散的话,会影响multiwfn分析弱相互作用的结果吗?

应当说明具体用什么弱相互作用分析方法,Multiwfn支持一大堆:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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发表于 Post on 2020-3-13 17:10:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-3-13 18:02 编辑

请问老师,关于http://sobereva.com/252《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》中的Multiwfn的片段组合波函数功能实现的简单能量分解方法,是不可以带有弥散函数么?谢谢!而且现在这个功能不知道是不是有bug,我用的3月5日更新的版本,输入第二个文件名后报错退出,用的examples\EDA\EDA_gau里面的例子。
  1. How many fragments? (Including the fragment 1 that has been loaded)
  2. 2
  3. Filename of fragment 1: D:\Multiwfn_3.7_dev_bin_Win64\examples\eda\EDA_gau\NH3.out
  4. Charge and multiplicity of this fragment:   0   1
  5. Input Gaussian outputted filename of fragment   2
  6. D:\Multiwfn_3.7_dev_bin_Win64\examples\eda\EDA_gau\BH3.out
  7. Charge and multiplicity of this fragment:   0   1
  8. Total charge and multiplicity:   0   1
  9. Total number of alpha and beta electrons:     9     9
  10. Total number of basis functions:      42
  11. forrtl: severe (151): allocatable array is already allocated
  12. Image              PC                Routine            Line        Source
  13. Multiwfn.exe       00007FF702B37415  Unknown               Unknown  Unknown
  14. Multiwfn.exe       00007FF7025CDDE7  Unknown               Unknown  Unknown
  15. Multiwfn.exe       00007FF70257F6F4  Unknown               Unknown  Unknown
  16. Multiwfn.exe       00007FF7028627C7  Unknown               Unknown  Unknown
  17. Multiwfn.exe       00007FF7033FA162  Unknown               Unknown  Unknown
  18. Multiwfn.exe       00007FF7036C11B4  Unknown               Unknown  Unknown
  19. KERNEL32.DLL       00007FF9BC117BD4  Unknown               Unknown  Unknown
  20. ntdll.dll          00007FF9BDD8CED1  Unknown               Unknown  Unknown
复制代码


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-14 19:49:31 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-13 17:10
请问老师,关于http://sobereva.com/252《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》中的Multiwfn的片段组 ...

我这里没发现问题。如果你之前还做了你别的操作,可能造成了冲突
  1. How many fragments? (Including the fragment 1 that has been loaded)
  2. 2
  3. Filename of fragment 1: D:\CM\my_program\Multiwfn\examples\EDA\EDA_gau\NH3.out
  4. Charge and multiplicity of this fragment:   0   1
  5. Input Gaussian outputted filename of fragment   2
  6. D:\CM\my_program\Multiwfn\examples\EDA\EDA_gau\BH3.out
  7. Charge and multiplicity of this fragment:   0   1
  8. Total charge and multiplicity:   0   1
  9. Total number of alpha and beta electrons:     9     9
  10. Total number of basis functions:      42
  11. Now loading fragment     1 ...
  12. Now loading fragment     2 ...
  13. Input file with initial guess have been saved to new.gjf in current folder
  14. Do not forget to manually check route section
复制代码


也不是不能用弥散函数,只不过用了弥散函数时容易出现线性依赖问题,情况比较复杂。
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发表于 Post on 2020-3-14 21:39:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-14 19:49
我这里没发现问题。如果你之前还做了你别的操作,可能造成了冲突

弥散函数的问题我明白了。
关于这个报错我试出来了,好像是iloadGaugeom= 1设置和这个功能不兼容,iloadGaugeom设成0没问题,改成1这个功能就用不了了。麻烦您抽空看一下是不是bug。
顺便,真的很不好意思总麻烦您,功能100;2里面生成各种文件格式的功能,比如MOPAC输出之类还没有默认文件名,能麻烦您有时间的时候加一下么,再次万谢。

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