简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

土拔鼠

社长您好 如果A分子团簇在水溶液中形成了氢键 其中一个A分子的O原子作为donor 另一个A分子的O作为Acceptor 但donor上没有连接氢 氢键中的氢是水分子提供的

请问社长
1. 这种情况如果用隐式溶剂模型去搜索A分子的二聚体的构象是不是结果就不合理了 应该用显示水模型加隐式水模型去进行构象搜索才比较合理？
2. 我之前在隐式溶剂模型下进行的搜索 找到了三种主要构象进行了拓补分析，想通过BCP去判断键能，在最主要出现的构象中 两个A分子之间出现了BCP,根据您论文中的公式算的氢键能是-8.35 kcal/mol 这种不带显示溶剂模型的键能可以用吗社长？还是需要再加显示溶剂重算？
3. 如果我想估算A团簇的在水中的尺寸 是不是没有办法通过计算A分子之间的相互作用去估计团簇尺寸大小？如果要用MD去估算尺寸，除了延长模拟时间之外还有其他方法可以尽可能的去让采样充分吗？就是能估算出在当前温度溶剂下团簇可能出现的大小及概率

谢谢社长

sobereva

土拔鼠 发表于 2020-5-17 19:24
社长您好 如果A分子团簇在水溶液中形成了氢键 其中一个A分子的O原子作为donor 另一个A分子的O作为Acceptor  ...

对体系的描述太抽象。O原子作为氢键的donor，那必然得有氢才行，怎么会donor上没有连接氢
能发结构图最好发图

土拔鼠

sobereva 发表于 2020-5-18 00:14
对体系的描述太抽象。O原子作为氢键的donor，那必然得有氢才行，怎么会donor上没有连接氢
能发结构图最 ...

社长 这个是其中一个二聚体的构象 是在隐式溶剂模型下作的构象搜索出来的主要构象 几何优化计算级别是B3LYP(D3)/6-31G**
为了您方便我把问题再贴一下
如果A分子团簇在水溶液中形成了氢键（或者没有形成 是我错误的以为形成了氢键） 其中一个A分子的O原子作为donor 另一个A分子的O作为Acceptor 但donor上没有连接氢

请问社长
1. 这种情况如果用隐式溶剂模型去搜索A分子的二聚体的构象是不是结果就不合理了 应该用显示水模型加隐式水模型去进行构象搜索才比较合理？
2. 我之前在隐式溶剂模型下进行的搜索 找到了三种主要构象进行了拓补分析，想通过BCP去判断键能，在最主要出现的构象中 两个A分子之间出现了BCP,根据您论文中的公式算的氢键能是-8.35 kcal/mol 这种不带显示溶剂模型的键能可以用吗社长？还是需要再加显示溶剂重算？
3. 如果我想估算A团簇的在水中的尺寸 是不是没有办法通过计算A分子之间的相互作用去估计团簇尺寸大小？如果要用MD去估算尺寸，除了延长模拟时间之外还有其他方法可以尽可能的去让采样充分吗？就是能估算出在当前温度溶剂下团簇可能出现的大小及概率

谢谢社长

sobereva

土拔鼠 发表于 2020-5-19 00:27
社长 这个是其中一个二聚体的构象 是在隐式溶剂模型下作的构象搜索出来的主要构象 几何优化计算级别是B3L ...

对于X-H...Y形式的氢键，X叫做氢键的donor，显然是必须连着氢才行。但你的图里没有一个O是带着氢的，我不理解你为什么管它叫donor

dali

sob老师，计算NICS（1）zz 有如下几个问题：
1.我的结构如下，计算的是中间的四个硼原子组成的环形，设置Bq时与顶点的硼原子重合，有影响吗？如图
2.计算出的 结果是 The shielding value normal to the plane is      -31.1233894803
                           The NICS_ZZ value is thus       31.1233894803
意思是NICS是正值吗？这与文献中的报道不一致，文献中给出的是-35，说具有高芳香性，非常稳定。请问我做的问题出在哪里了呢？

sobereva

dali 发表于 2020-5-23 23:52
sob老师，计算NICS（1）zz 有如下几个问题：
1.我的结构如下，计算的是中间的四个硼原子组成的环形，设置B ...

计算紧挨着原子核的位置的NICS毫无意义

是正值。

弄清楚文献里怎么选取的被计算的位置、Z方向是怎么定义的。

dali

感谢sob老师，再次麻烦一下，像这种有金属在环上修饰的，那个Bq与修饰原子有重合的现象，影响不影响环的NICS计算呢？

sobereva

dali 发表于 2020-5-24 13:50
感谢sob老师，再次麻烦一下，像这种有金属在环上修饰的，那个Bq与修饰原子有重合的现象，影响不影响环的NIC ...

计算这种位置的NICS完全没意义，此处磁屏蔽值不明显体现环的芳香性，而是会由金属的内核电子所主导
这种情况就完全不应该用NICS(1)。用Multiwfn算多中心键级之类来判断合适得多。就算非要用NICS也应当是NICS(0)ZZ

dali

sobereva 发表于 2020-5-25 02:36
计算这种位置的NICS完全没意义，此处磁屏蔽值不明显体现环的芳香性，而是会由金属的内核电子所主导
这种 ...

谢谢sob老师

niubaotian85

社长，您好！我学习了您的帖子“使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 ”，用在我的体系中，所得到的静电势数值的最大值和最小值都是正值，是对的吗？具体值列在下面。在画图给图上加上色彩刻度轴时我使用的是默认值，所得到的图形如下。请问我做的对吗？
The number of surface minima:     7
   #       a.u.         eV      kcal/mol
     1  0.31056905    8.451014  194.885186
     2  0.31068691    8.454221  194.959140
     3  0.13880448    3.777062   87.101200
     4  0.13886043    3.778584   87.136306
     5  0.13885480    3.778431   87.132775
     6  0.12282903    3.342348   77.076444
*    7  0.12282732    3.342301   77.075369

The number of surface maxima:     4
   #       a.u.         eV      kcal/mol
     1  0.44067329   11.991330  276.526898
*    2  0.44090782   11.997712  276.674066
     3  0.14566053    3.963625   91.403439
     4  0.14564434    3.963184   91.393282

sobereva

niubaotian85 发表于 2020-5-31 20:23
社长，您好！我学习了您的帖子“使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 ”，用在我的体系中，所 ...

阳离子体系表面各处静电势都为正值

当前作的图太难看，直接用下文的方式不仅容易得多效果还好得多
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

niubaotian85

sobereva 发表于 2020-5-31 20:43
阳离子体系表面各处静电势都为正值

当前作的图太难看，直接用下文的方式不仅容易得多效果还好得多

谢谢大神，我已经按着您的帖子学会了ps的方法，非常清晰。赞！！

jasonyangmx

sob老师好，请教一下“电荷布居分析”中的一些疑问：
请问布居分析得到的结果是电荷量吗？
如果是电荷量的话，计算某个原子的电荷转移百分比为什么能够直接用电荷数的差值乘以100%得到呢？
如果不是电荷量的话，那么它具体指的是什么呢？它是一个比值吗？那为什么又会有正负呢？
谢谢老师

sobereva

jasonyangmx 发表于 2020-6-20 22:07
sob老师好，请教一下“电荷布居分析”中的一些疑问：
请问布居分析得到的结果是电荷量吗？
如果是电荷量 ...

确切来说得到的是布居数（带的电子数）
TDDFT只能表现单电子激发，即只有一个电子被激发，显然根据激发态与基态原子或片段布居数的差值乘上100%就能判断

niubaotian85

大神，请问一下，我对一个笼型结构的某个环计算它的NICS（1） ZZ，但是Bq在环的内部，而不是在环的上方1埃的位置，请问是为什么呢？