简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-4 15:10:31

dingniu2 发表于 2020-10-2 15:38
请问老师，两个片段A与B相互作用成复合物AB，想讨论A与B片段之间成键轨道，反键轨道进出电子情况，有的人用 ...

DOS本身没用，用也是用OPDOS

OPDOS和CDA没有谁更好之说，而是有互补性

dingniu2 · 发表于 Post on 2020-10-4 21:49:12

sobereva 发表于 2020-10-4 15:10
DOS本身没用，用也是用OPDOS

OPDOS和CDA没有谁更好之说，而是有互补性

谢谢老师！

LPY12345 · 发表于 Post on 2020-10-10 21:53:08

请问各位老师，我在看文献的时候，有一篇文献用到了对前线轨道的orbital population analysis（不知道该怎么用中文表达），然后他利用了分析之后的结论对反应的区域选择性进行了解释（分析完之后分子内HOMO LUMO数值大的区域优先进行反应从而解释问题），请问各位老师，他这个对前线轨道的orbital population analysis对应的是哪一种波函数分析法？用Multiwfn怎么实现？如果有老师的博文或者资料，给个传送门我自己看。

劲仔小鱼干 · 发表于 Post on 2020-10-14 19:41:12

老师

我想请教一下激发态时（S0-S1）“空穴-电子” 空穴指的是电子从哪激发，电子指的是电子被激发后去哪。我想问一下对于激发态转移后的结构，S1-S0态，用multiwfn计算出的Hole和electron是反过来对应的么？Hole指的是电子被激发后去哪，electron指的是电子从哪激发

还有就是净电荷转移量对应的转移片段是否也应该把片段反过来对应呢？比如说：multiwfn给出的结果是1->2 0.14 那S1-S0时，是不是实际应该为 2->1 0.14呢？

谢谢Sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-15 05:41:08

LPY12345 发表于 2020-10-10 21:53
请问各位老师，我在看文献的时候，有一篇文献用到了对前线轨道的orbital population analysis（不知道该怎 ...

这叫布居分析

反应的区域选择性的研究方法多了去了，一般没必要用这个
见
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml）、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节对各种Multiwfn支持的反应位点预测方法的总结
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
5 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）
6 通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点
http://sobereva.com/533
7 TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html）

诸如Multiwfn计算Hirshfeld电荷、计算福井函数、计算ALIE，都是很常用的考察反应位点的方法。

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-15 05:46:42

劲仔小鱼干发表于 2020-10-14 19:41
老师

我想请教一下激发态时（S0-S1）“空穴-电子” 空穴指的是电子从哪激发，电子指的是电子被激发后去 ...

对
是

hmlyz · 发表于 Post on 2020-10-28 21:46:23

卢老师您好，在“使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道”博文中有一张图（附件），请问我按照博文中的要求得到相应的文件后，怎么寻找像图中一样的N-H-O相互作用得的轨道，是一个一个轨道找吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-29 13:00:47

hmlyz 发表于 2020-10-28 21:46
卢老师您好，在“使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道”博文中有一张图（附件），请问我按照博文中的要求得到相 ...

NBO输出文件里给出了各个NBO对应的特征信息，在那里面搜一下原子名就能找到相关的轨道序号

akatosh · 发表于 Post on 2020-11-11 10:08:40

sob老师，您好
CDA分析可以对定域化的轨道进行分析么？如何对片段的轨道进行定域化呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-11 22:45:35

akatosh 发表于 2020-11-11 10:08
sob老师，您好
CDA分析可以对定域化的轨道进行分析么？如何对片段的轨道进行定域化呢？

不能基于定域化轨道来做，原理上没意义（虽然程序上可以实现）。定域化轨道之间的混合什么也说明不了，本来都是高度定域的

轨道定域化看
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380（http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html）

akatosh · 发表于 Post on 2020-11-12 14:27:55

sobereva 发表于 2020-11-11 22:45
不能基于定域化轨道来做，原理上没意义（虽然程序上可以实现）。定域化轨道之间的混合什么也说明不了，本 ...

谢谢老师

Jameslzy · 发表于 Post on 2020-11-13 11:01:45

Sob老师好，现在有一个课题，想用Multiwfn做波函数分析来说明，为何不同金属中心对配位到上面的烯烃产生的极化效果有大小的差别，进而导致了反应区域选择性有大小的差别。利用分析金属中心本质的不同来解释反应的区域选择性。想请教您一下，Multiwfn中的哪类功能比较适合分析这个问题，我去您的博文里学习一下

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-14 03:11:22

Jameslzy 发表于 2020-11-13 11:01
Sob老师好，现在有一个课题，想用Multiwfn做波函数分析来说明，为何不同金属中心对配位到上面的烯烃产生的 ...

我不知道你要研究的这个“事实”是实验得来的还是通过什么方法预测出来的。如果只是观测到的现象，或者都还没有明确论证，应当先通过反应位点分析方法看看到底是什么情况，诸如福井函数、双描述符、ALIE、原子电荷、静电势等等，这些方法的介绍和计算见
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml）、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节对各种Multiwfn支持的反应位点预测方法的总结
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
5 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）
6 通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点
http://sobereva.com/533
7 TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html）

如果确实发现不同金属存在显著差异，尝试用CDA分析讨论下不同金属导致的金属-配体的电荷转移特征差异
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
也考虑前线轨道分布、不同金属的引入对前线轨道能量的影响等等

Jameslzy · 发表于 Post on 2020-11-14 07:41:27

sobereva 发表于 2020-11-14 03:11
我不知道你要研究的这个“事实”是实验得来的还是通过什么方法预测出来的。如果只是观测到的现象，或者都 ...

好的收到，感谢Sob老师解答。我这边是实验人发现相同催化剂结构和反应底物的情况下，Ir的区域选择性比Rh要好。我分析了原子电荷发现Ir上配位的烯烃不同反应位点电荷差距更大，简缩福井函数也表明Ir上配位的烯烃亲电性差异更大。我感觉这应该就可以认为是Ir比Rh能更好地极化烯烃，从而提升反应选择性，现在是想进一步分析，为什么Ir比Rh更能有效地极化烯烃，想把问题分析得更加接近本质。观察前线轨道的形状Ir和Rh基本相同，那我再去看看前线轨道能量，以及去拜读下您说的CDA分析的博文，谢谢Sob老师的解答

sirical · 发表于 Post on 2020-11-16 20:12:42

sob老师你好，我想做NBO分析，需要用到这样一个关键词NRTTHR=5，我试过把它直接放在#p这一行，但是会出错，放在pop=(nbo,savenbo)中也不行，我需要怎么输入才能不出错呢？下面是我的输入文件。

%chk=TS-5r-zpof1-nbo.chk
%mem=8GB
%nprocshared=14
#p b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj pseudo=read pop=(nbo,savenbo) iop(6/7=3) gfinput geom=check guess=read

t

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