简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

wy标点人生 · 发表于 Post on 2021-8-17 09:51:08

sobereva 发表于 2021-8-17 00:28
当然可以
是有点大，但只要有个像样的双路服务器，研究起来并没有多大压力。
并且记得Ge和Pd用赝势基组 ...

好滴，谢谢老师！

牧生 · 发表于 Post on 2021-8-28 16:36:33

本帖最后由牧生于 2021-8-28 21:06 编辑

无意中发现，Multiwfn不能识别虚原子，这个能解决吗？
虽然目前我并用不上这个功能，也不知道如果能识别虚原子有啥用。

比如教程里面冰的模拟（使用四点水模型），得到了ice-4p.gro，使用命令 Multiwfn ice-4p.gro，就得到如下提示

Multiwfn -- A Multifunctional Wavefunction Analyzer
Version 3.8(dev), release date: 2021-Aug-19
Developer: Tian Lu (Beijing Kein Research Center for Natural Sciences)
Below paper ***MUST BE CITED*** if Multiwfn is utilized in your work:
      Tian Lu, Feiwu Chen, J. Comput. Chem., 33, 580-592 (2012)
See "How to cite Multiwfn.pdf" in Multiwfn binary package for more information
Multiwfn official website: http://sobereva.com/multiwfn
Multiwfn English forum: http://sobereva.com/wfnbbs
Multiwfn Chinese forum: http://bbs.keinsci.com/wfn

( Number of parallel threads: 4  Current date: 2021-08-28  Time: 16:32:18 )

Please wait...
Warning: Element of " MW" cannot be recognized, assume it is carbon    ;把虚原子猜为碳原子
Warning: Element of " MW" cannot be recognized, assume it is carbon
Warning: Element of " MW" cannot be recognized, assume it is carbon
.
.
.
.
.
Warning: Element of " MW" cannot be recognized, assume it is carbon
Warning: Element of " MW" cannot be recognized, assume it is carbon
Warning: Element of " MW" cannot be recognized, assume it is carbon
Totally 3072 atoms

Loaded ice-4p.gro successfully!

Cell information:
Translation vector 1 X= 50.753316  Y= 0.000000  Z= 0.000000 Bohr
Translation vector 2 X= 0.000000  Y= 58.604938  Z= 0.000000 Bohr
Translation vector 3 X= 0.000000  Y= 0.000000  Z= 55.253131 Bohr
Cell volume:    164344.6338 Bohr^3 (    24353.3674 Angstrom^3 )
Density: 2.21616 g/cm^3 (  2216.156 kg/m^3 )
Formula: H1536 O768 Mg768             ;虚原子被猜为碳原子，那这里出现了Mg
Molecule weight:    32502.01962 Da ；手动算了一下分子量，确实是按照镁计算的

"q": Exit program gracefully       "r": Load a new file

ice-4p.gro (207.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-29 08:49:20

牧生发表于 2021-8-28 16:36
无意中发现，Multiwfn不能识别虚原子，这个能解决吗？
虽然目前我并用不上这个功能，也不知道如果能识别虚 ...

利用grep命令把含有MW的行都去除掉再载入Multiwfn

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-1 20:00:16

Sob老师好，模仿您的帖子里面写的生成计算双正交轨道能量需要的NBO .47文件时，计算任务可以正常结束，但是最后并没有找到生成的NBO .47文件，想请教一下Sob老师这个可能是什么问题，如何解决。组里计算是通过在主节点上编辑好输入文件，再提交到计算节点这样流程做的，但是我去计算节点上也没有找到NBO .47文件，希望老师能帮忙解惑一下。下面是我的输入文件。谢谢Sob老师

输入文件：

%nproc=12
%mem=10000mb
%chk=cuo2_ub3lyp_47_2
# 5d 7f
# ub3lyp/6-31g** pop=nboread scrf=(pcm,solvent=generic,read)

Cu0

-1 3
C    1.169445 -2.102266 -1.710095
C    1.210487 -3.152696 -2.625028
H    2.166228 -3.531671 -2.966888
C -0.005954 -3.675037 -3.080045
.
.
.
C    3.199764 -1.468378 3.436430
H    2.315104 -0.850563 3.620181
H    2.988202 -2.482400 3.794993
H    4.021515 -1.070142 4.042249

SolventName=THFDMF
eps=14.874
EpsInf=14.874

$NBO file=/user0/liuzheyuan/ucas/test/cuo2_ub3lyp_47_2 archive $END

Yin · 发表于 Post on 2021-9-2 14:34:45

Sob老师好，根据您的帖子学会了绘制某个分子的红外光谱图，但是我有在文献中看到有用高斯得到了特定键的伸缩振动红外光谱图，如何能够得到特定键的伸缩振动的红外光谱图呢？

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-2 19:59:42

Jameslzy 发表于 2021-9-1 20:00
Sob老师好，模仿您的帖子里面写的生成计算双正交轨道能量需要的NBO .47文件时，计算任务可以正常结束，但是 ...

Sob老师好，之前的这个问题老师改了提交作业的命令之后已经解决了。现在有一个新的问题想请教下Sob老师。就是做三重态的双正交轨道的时候，正好有两个单电子的轨道。之前看您的帖子里面写的讨论双正交轨道的能量时可以采用将α，β轨道能量平均的方法，然后现在想请教下Sob老师，讨论这两个单电子轨道的能量时，是直接采用单电子轨道的能量就可以，还是也要与对应的β空轨道能量做平均才比较好？谢谢Sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-2 21:25:07

Yin 发表于 2021-9-2 14:34
Sob老师好，根据您的帖子学会了绘制某个分子的红外光谱图，但是我有在文献中看到有用高斯得到了特定键的伸 ...

gview里挨个看振动模式，看哪个振动模式基本上对应于你感兴趣的键的振动

或者做PED分析
Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介
http://sobereva.com/75
PED分析软件VEDA4简介
http://sobereva.com/183

或者
Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
http://sobereva.com/106

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-2 21:29:01

Jameslzy 发表于 2021-9-1 20:00
Sob老师好，模仿您的帖子里面写的生成计算双正交轨道能量需要的NBO .47文件时，计算任务可以正常结束，但是 ...

自带的NBO 3.1有个毛病，就是会把file=后面设的路径所有字符都弄成大写，如果大写的路径是不存在的，自然也就没法输出相应的文件了

目前官网上最新版本Multiwfn算双正交化轨道能量没必要非得借助.47文件。
你可以把记录分子轨道的chk文件载入Multiwfn，选择主功能100的17 Generate Fock/KS matrix based on orbital energies and coefficients，输入导出的文件路径，这样Fock矩阵就会被写进去。之后在双正交化功能里，让你输入含有Fock矩阵的文件的时候输入这个文件路径即可。

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-2 22:15:15

sobereva 发表于 2021-9-2 21:29
自带的NBO 3.1有个毛病，就是会把file=后面设的路径所有字符都弄成大写，如果大写的路径是不存在的，自然 ...

好的收到，谢谢Sob老师回复

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-3 09:26:20

Sob老师好，现在有一个新的问题想请教下Sob老师。就是做三重态的双正交轨道的时候，正好有两个单电子的轨道。之前看您的帖子里面写的讨论双正交轨道的能量时可以采用将α，β轨道能量平均的方法，然后现在想请教下Sob老师，讨论这两个单电子轨道的能量时，是直接采用单电子轨道的能量就可以，还是也要与对应的β空轨道能量做平均才比较好？谢谢Sob老师。

Yin · 发表于 Post on 2021-9-3 09:59:47

sobereva 发表于 2021-9-2 21:25
gview里挨个看振动模式，看哪个振动模式基本上对应于你感兴趣的键的振动

或者做PED分析

好的，会仔细看的，谢谢Sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-3 13:23:21

Jameslzy 发表于 2021-9-3 09:26
Sob老师好，现在有一个新的问题想请教下Sob老师。就是做三重态的双正交轨道的时候，正好有两个单电子的轨道 ...

直接用单电子轨道的能量

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-3 16:31:30

sobereva 发表于 2021-9-3 13:23
直接用单电子轨道的能量

好的收到，谢谢Sob老师解答

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-3 21:34:01

sobereva 发表于 2021-9-3 13:23
直接用单电子轨道的能量

Sob老师好，又有一个关于双正交的问题想咨询您。再写计算细节的时候，介绍双正交轨道的计算是否参照您的博文和手册里面的介绍根据自己的理解写一下就可以，如果想引用一些参考文献的话，除了引用咱们Multiwfn外您还有其他推荐的参考文献吗，谢谢Sob老师

落雁 · 发表于 Post on 2021-9-3 23:21:24

本帖最后由落雁于 2021-9-4 00:19 编辑

sob老师好，我在拜读《使用Multiwfn作电子密度差图》（http://sobereva.com/113）一文中使用“绘制某个体系与组成它的各个片段的密度差图实例”的方法绘制密度差图时，在最后一步应该有密度差图弹出时Multiwfn总是会窗口突然关闭，请问这个问题应该如何解决？

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