简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-2 22:15:15

sobereva 发表于 2021-9-2 21:29
自带的NBO 3.1有个毛病，就是会把file=后面设的路径所有字符都弄成大写，如果大写的路径是不存在的，自然 ...

好的收到，谢谢Sob老师回复

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-3 09:26:20

Sob老师好，现在有一个新的问题想请教下Sob老师。就是做三重态的双正交轨道的时候，正好有两个单电子的轨道。之前看您的帖子里面写的讨论双正交轨道的能量时可以采用将α，β轨道能量平均的方法，然后现在想请教下Sob老师，讨论这两个单电子轨道的能量时，是直接采用单电子轨道的能量就可以，还是也要与对应的β空轨道能量做平均才比较好？谢谢Sob老师。

Yin · 发表于 Post on 2021-9-3 09:59:47

sobereva 发表于 2021-9-2 21:25
gview里挨个看振动模式，看哪个振动模式基本上对应于你感兴趣的键的振动

或者做PED分析

好的，会仔细看的，谢谢Sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-3 13:23:21

Jameslzy 发表于 2021-9-3 09:26
Sob老师好，现在有一个新的问题想请教下Sob老师。就是做三重态的双正交轨道的时候，正好有两个单电子的轨道 ...

直接用单电子轨道的能量

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-3 16:31:30

sobereva 发表于 2021-9-3 13:23
直接用单电子轨道的能量

好的收到，谢谢Sob老师解答

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-3 21:34:01

sobereva 发表于 2021-9-3 13:23
直接用单电子轨道的能量

Sob老师好，又有一个关于双正交的问题想咨询您。再写计算细节的时候，介绍双正交轨道的计算是否参照您的博文和手册里面的介绍根据自己的理解写一下就可以，如果想引用一些参考文献的话，除了引用咱们Multiwfn外您还有其他推荐的参考文献吗，谢谢Sob老师

落雁 · 发表于 Post on 2021-9-3 23:21:24

本帖最后由落雁于 2021-9-4 00:19 编辑

sob老师好，我在拜读《使用Multiwfn作电子密度差图》（http://sobereva.com/113）一文中使用“绘制某个体系与组成它的各个片段的密度差图实例”的方法绘制密度差图时，在最后一步应该有密度差图弹出时Multiwfn总是会窗口突然关闭，请问这个问题应该如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-4 02:23:23

Jameslzy 发表于 2021-9-3 21:34
Sob老师好，又有一个关于双正交的问题想咨询您。再写计算细节的时候，介绍双正交轨道的计算是否参照您的 ...

引Multiwfn手册相应章节就行了

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-4 02:23:42

落雁发表于 2021-9-3 23:21
sob老师好，我在拜读《使用Multiwfn作电子密度差图》（http://sobereva.com/113）一文中使用“绘制某个体系 ...

确保用的是官网上最新版本

落雁 · 发表于 Post on 2021-9-4 03:39:40

sobereva 发表于 2021-9-4 02:23
确保用的是官网上最新版本

好的，问题解决了，谢谢老师

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-4 08:39:37

sobereva 发表于 2021-9-4 02:23
引Multiwfn手册相应章节就行了

好的收到，谢谢Sob老师

落雁 · 发表于 Post on 2021-9-4 14:53:02

老师您好，我通过sob老师《使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析》中进行了对一系列二聚体中两个分子的相互作用进行了分析，但其中有一个二聚体分子最后得出的总作用能为正值。请问这种情况应该如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-5 01:39:22

落雁发表于 2021-9-4 14:53
老师您好，我通过sob老师《使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析》中进行了对一系列二聚体中两个分子 ...

没细节没法说。可能原因
(1)体系没在合理级别下优化，导致位阻作用太强
(2)选择的力场不合适（比如本来能用AMBER/GAFF的情况，却为了图省事用了不那么理想的UFF）
(3)指认的原子类型有问题，导致有的原子的范德华参数不合理
(4)原子电荷用的不合理，导致静电吸引强度被低估
另外也有可能靠普通力场描述当前单体间相互作用过于粗糙，比如可能有些片段间的极化作用很强、轨道相互作用不可忽视（比如强度往往挺大的带电荷氢键就是这种情况，见《透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍》http://sobereva.com/513），此时就不适合用EDA-FF了，而应当做量子化学层面的能量分解。

落雁 · 发表于 Post on 2021-9-5 03:55:06

sobereva 发表于 2021-9-5 01:39
没细节没法说。可能原因
(1)体系没在合理级别下优化，导致位阻作用太强
(2)选择的力场不合适（比如本来 ...

谢谢老师

Jameslzy · 发表于 Post on 2021-9-5 15:44:22

本帖最后由 Jameslzy 于 2021-9-5 16:19 编辑

Sob老师好，我今天利用咱们Multiwfn里面计算NTO的功能计算了两个分子某一激发态的NTO，并将它们输出为fch文件进行查看。其中一个分子能够顺利输出，另一个分子输出的fch文件打开时就报如下图所示错误。高斯计算的out和chk文件我都检查了，是正常结束的，也可以正常打开。但是最后Multiwfn输出的fch文件打开时会报错，报错图我放到下面了，似乎是1648行有问题，但是我用文本编辑器打开fch文件也没看出有什么问题，整体的fch文件比较大上传不上来，我把前面几千行的数据复制一下上传上来放在下面，想问下Sob老师这可能是哪里有问题，如何能够解决，谢谢Sob老师

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