简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

劲仔小鱼干 · 发表于 Post on 2021-4-16 14:00:00

sobereva 发表于 2021-4-16 09:33
你改了RDG_maxrho又忘了改回去所致。
此文里用红字都声明了使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://s ...

老师我之前用RDG_maxrho=0.05作图时，氢键部分出现了内蓝外红的圆圈。调成RDG_maxrho=0.0，氢键部分是显示为蓝色封闭圆形了，但是之后分子外面就出现了上一条中红色蓝色的一圈。该怎么做才既显示蓝色完整圆圈，有没有外面的一层呢？
谢谢老师

498746012 · 发表于 Post on 2021-4-16 16:15:43

sob老师您好，multiwfn可以分析某个金属碳键非常弱的原因是什么吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-19 06:41:12

劲仔小鱼干发表于 2021-4-16 14:00
老师我之前用RDG_maxrho=0.05作图时，氢键部分出现了内蓝外红的圆圈。调成RDG_maxrho=0.0，氢键部分是显 ...

恰当设置RDG_maxrho的值，不太大也不太小

或者用我提出的IRI分析，仔细看Multiwfn最新版手册4.20.4节。或者用我提出的IGMH分析，看手册4.20.11节

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-19 06:44:34

498746012 发表于 2021-4-16 16:15
sob老师您好，multiwfn可以分析某个金属碳键非常弱的原因是什么吗

可能可以。结合具体问题

生煎包子 · 发表于 Post on 2021-5-14 10:36:00

您好，请问multiwfn可以用来计算能量加权局部亲电指数和电荷限制局部亲电指数吗？
已用multiwfn计算了CDET的各种指数，是否可以计算这些量得到以上两种指数
两个指数来源于论文：Local Electrophilicity Predicts the Toxicity-Relevant Reactivity of Michael Acceptors
doi：10.1021/jz100247x[img][/img]

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-14 14:24:01

生煎包子发表于 2021-5-14 10:36
您好，请问multiwfn可以用来计算能量加权局部亲电指数和电荷限制局部亲电指数吗？
已用multiwfn计算了CDET ...

没听说过CDET

不支持。近期有空的话可能加上

生煎包子 · 发表于 Post on 2021-5-14 18:52:36

sobereva 发表于 2021-5-14 14:24
没听说过CDET

不支持。近期有空的话可能加上

谢谢sob老师，太感谢了。

生煎包子 · 发表于 Post on 2021-5-19 20:02:11

sobereva 发表于 2021-5-14 14:24
没听说过CDET

不支持。近期有空的话可能加上

sob老师您好，在用multiwfn计算时，我发现手册时用VIP、VEA计算亲电指数和我用高斯opt+freq算出E_LUMO和E_HOMO，用附件公式计算所得到的结果大概有两倍的差距，例如用手册方法萝卜硫素的亲电指数是0.5367，用高斯直接算是1.11，不知道是否是我哪一步计算错误，希望能指点我一下，超级感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 17:59:30

生煎包子发表于 2021-5-19 20:02
sob老师您好，在用multiwfn计算时，我发现手册时用VIP、VEA计算亲电指数和我用高斯opt+freq算出E_LUMO和E ...

本来就绝对不应该用轨道能级来算，太糙了

仔细看此文了解VIP、VEA和轨道能级的关系
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543（http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 18:00:06

jitou11 发表于 2021-5-20 10:21
Sob老师您好！
最近读到您的博文“使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图” (http://sober ...

使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

里面说了怎么产生轨道波函数的cub文件

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 20:26:02

jitou11 发表于 2021-5-20 19:04
老师您可能没看清楚，我想要输出CDA中复合物轨道(complex orbital)的cub的时候发现我找不到这个选项。我 ...

complex orbital当然是复合物本身的MO，还能是什么

wrtgcn · 发表于 Post on 2021-5-24 21:29:43

Sob老师，看了您《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》的博文后，我想请教一个问题：

对于闭壳分子体系，计算N、N+1、N-1电子态时，输入文件中电荷和自旋多重度应设置为0 1、-1 2和1 2；那若是想计算开壳体系，例如N为2重态时（0,2），其N+1和N-1的电荷和自旋多重度应怎么设置才合适呢？是否有必要比较（-1,3）和（-1,1）的单点能，然后采用更低的结果？

麻烦您了，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-25 00:31:31

wrtgcn 发表于 2021-5-24 21:29
Sob老师，看了您《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》的博文后，我想请教一个 ...

原理上是这样
绝大多数情况，N是二重态的时候N-1和N+1都是单重态能量最低

snljty · 发表于 Post on 2021-6-10 21:20:46

请问一个关于诸如RDG这类弱相互作用分析的问题。
卢老师在博文《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》http://sobereva.com/68 中提到

坐标应处于平衡状态
要注意使用这种分析方法时体系坐标应当处于，至少是接近平衡状态，否则将会得到明显错误的结论。
。不真实的结构在关键位置产生了不真实的密度，不真实的密度就导致分析结果不真实。所以直接搭建的初始结构应当进行优化再做分析，即便是很大体系也至少要在合适的力场下做分子力学级别的优化。所有基于图形化分析方法，也包括AIM分析，都要注意这点。

之后博文《通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程》 http://sobereva.com/200 中有一个乙炔三聚过程的RDG分析。请问这里反应路径上应该有很多点的结构明显偏离平衡位置，为什么还可以用RDG分析呢，如何把握这个标准？

比如我有一个体系，某个二面角a时预计会有明显的位阻，而能量极小值构象在b附近，那么如果我想说明位阻是体系优势构象不在a附近的主要（重要）原因，能否对a这个非平衡位置来做这类基于波函数的实空间函数分析来说明呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-11 23:03:17

snljty 发表于 2021-6-10 21:20
请问一个关于诸如RDG这类弱相互作用分析的问题。
卢老师在博文《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》http: ...

乙炔三聚过程是个“自主”的、有物理意义的过程。我的博文那段话说的是人为虚假的结构不能用。二者不是同一层含义
如果你的构象是优化出来的，那就是有意义的结构，即便里面某些地方有位阻，这也是实际情况所致，可以做RDG分析

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

评分 Rate