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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-30 13:04:43 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-3-29 19:09
sob老师 您好!我在“通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点”中,下载了您的例子 ...

怀疑你把原子球半径设得太大,把极值点挡住了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-30 18:29:13 | 只看该作者 Only view this author
想请教一下各位老师,这个乙烯的molden文件为什么无法被Multiwfn载入?这是用xtb的单点计算,附件里面的结构文件,gfn2方法。xTB和Multiwfn这两天刚更新过。谢谢!
inputfile.xyz (344 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)
molden.input.zip (2.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-30 19:36:50 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-3-30 18:29
想请教一下各位老师,这个乙烯的molden文件为什么无法被Multiwfn载入?这是用xtb的单点计算,附件里面的结 ...

之前有bug
我刚才更新了Multiwfn 3.8(dev)解决了此问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-30 19:37:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-30 19:36
之前有bug
我刚才更新了Multiwfn 3.8(dev)解决了此问题

谢谢卢老师!简直神速

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发表于 Post on 2021-4-15 10:22:20 | 只看该作者 Only view this author
请教一下sob老师,我用VMD显示弱相互作用时,按照您的教程在examples中复制了RDGfill.vmd,然后在VMD中输入source RDGfill.vmd 后,显示如下,我该如何把外面的红色和蓝色的一圈去除呢?

屏幕截图 2021-04-14 143936.jpg (16.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

屏幕截图 2021-04-14 143936.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-16 09:33:16 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-4-15 10:22
请教一下sob老师,我用VMD显示弱相互作用时,按照您的教程在examples中复制了RDGfill.vmd,然后在VMD中输入s ...

你改了RDG_maxrho又忘了改回去所致。
此文里用红字都声明了使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

先把multiwfn目录下的Settings.ini里的RDG_maxrho设为0.0(注意等号后面要留空格。改这个仅限此节的例子,帮助你由浅入深启发式了解RDG方法的原理,此节例子算完后应把它的数值改回默认值0.05,其原因看了后文就会明白)。然后启动Multiwfn,依次输入:
c:\methanedimer.wfn   //输入文件的路径


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发表于 Post on 2021-4-16 14:00:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-16 09:33
你改了RDG_maxrho又忘了改回去所致。
此文里用红字都声明了使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://s ...

老师 我之前用RDG_maxrho=0.05作图时,氢键部分出现了内蓝外红的圆圈。调成RDG_maxrho=0.0,氢键部分是显示为蓝色封闭圆形了,但是之后分子外面就出现了上一条中红色蓝色的一圈。该怎么做才既显示蓝色完整圆圈,有没有外面的一层呢?
谢谢老师

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发表于 Post on 2021-4-16 16:15:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,multiwfn可以分析某个金属碳键非常弱的原因是什么吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-19 06:41:12 | 只看该作者 Only view this author
劲仔小鱼干 发表于 2021-4-16 14:00
老师 我之前用RDG_maxrho=0.05作图时,氢键部分出现了内蓝外红的圆圈。调成RDG_maxrho=0.0,氢键部分是显 ...

恰当设置RDG_maxrho的值,不太大也不太小

或者用我提出的IRI分析,仔细看Multiwfn最新版手册4.20.4节。或者用我提出的IGMH分析,看手册4.20.11节
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-19 06:44:34 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-4-16 16:15
sob老师您好,multiwfn可以分析某个金属碳键非常弱的原因是什么吗

可能可以。结合具体问题
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发表于 Post on 2021-5-14 10:36:00 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问multiwfn可以用来计算能量加权局部亲电指数和电荷限制局部亲电指数吗?
已用multiwfn计算了CDET的各种指数,是否可以计算这些量得到以上两种指数
两个指数来源于论文:Local Electrophilicity Predicts the Toxicity-Relevant Reactivity of Michael Acceptors
doi:10.1021/jz100247x[img][/img]

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-14 14:24:01 | 只看该作者 Only view this author
生煎包子 发表于 2021-5-14 10:36
您好,请问multiwfn可以用来计算能量加权局部亲电指数和电荷限制局部亲电指数吗?
已用multiwfn计算了CDET ...

没听说过CDET

不支持。近期有空的话可能加上
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发表于 Post on 2021-5-14 18:52:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-14 14:24
没听说过CDET

不支持。近期有空的话可能加上

谢谢sob老师,太感谢了。

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发表于 Post on 2021-5-19 20:02:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-14 14:24
没听说过CDET

不支持。近期有空的话可能加上

sob老师您好,在用multiwfn计算时,我发现手册时用VIP、VEA计算亲电指数和我用高斯opt+freq算出E_LUMO和E_HOMO,用附件公式计算所得到的结果大概有两倍的差距,例如用手册方法萝卜硫素的亲电指数是0.5367,用高斯直接算是1.11,不知道是否是我哪一步计算错误,希望能指点我一下,超级感谢!

202105192001287801..png (41.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-20 17:59:30 | 只看该作者 Only view this author
生煎包子 发表于 2021-5-19 20:02
sob老师您好,在用multiwfn计算时,我发现手册时用VIP、VEA计算亲电指数和我用高斯opt+freq算出E_LUMO和E ...

本来就绝对不应该用轨道能级来算,太糙了

仔细看此文了解VIP、VEA和轨道能级的关系
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html
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