简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva

Jameslzy 发表于 2021-9-5 15:44
Sob老师好，我今天利用咱们Multiwfn里面计算NTO的功能计算了两个分子某一激发态的NTO，并将它们输出为fch文 ...

用Multiwfn打开之前Multiwfn产生的记录NTO的fch文件，如果能正常打开而且在主功能0里看轨道正常，就是gview的bug。
本来也没必要用gview看轨道，又丑又慢，用Multiwfn或Multiwfn+VMD看轨道好得多

用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频演示）
http://sobereva.com/447（http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html）

Jameslzy

sobereva 发表于 2021-9-5 16:29
用Multiwfn打开之前Multiwfn产生的记录NTO的fch文件，如果能正常打开而且在主功能0里看轨道正常，就是gvi ...

好的收到，谢谢Sob老师

Jameslzy

sobereva 发表于 2021-9-5 16:29
用Multiwfn打开之前Multiwfn产生的记录NTO的fch文件，如果能正常打开而且在主功能0里看轨道正常，就是gvi ...

Sob 老师好，我试了下用Multiwfn打开fch文件，但是发现虽然fch文件可以正常载入，却还是有点问题。具体情况如下图所示。除了其中一个激发模式有贡献值之外，其他的激发模式贡献值都是零，而且355号轨道之后的所有轨道几乎都没有等值面分布了，感觉有点奇怪，想问下Sob老师这是正常情况吗？

轨道信息输出


355轨道


356轨道


357轨道

sobereva

Jameslzy 发表于 2021-9-5 17:55
Sob 老师好，我试了下用Multiwfn打开fch文件，但是发现虽然fch文件可以正常载入，却还是有点问题。具体情 ...

不正常
如果官网上Multiwfn最新版本也这样，把用于Multiwfn做NTO分析的输入文件压缩后传网盘贴出来我看看。并且把相应的量子化学程序的输入文件也一起传便于我检查。

Jameslzy

sobereva 发表于 2021-9-6 16:03
不正常
如果官网上Multiwfn最新版本也这样，把用于Multiwfn做NTO分析的输入文件压缩后传网盘贴出来我看 ...

Sob老师好，已经上传到网盘上，链接如下，谢谢Sob老师

链接：https://pan.baidu.com/s/1G947hRtM2P1_jvagPKxVQg
提取码：59r0

sobereva

Jameslzy 发表于 2021-9-6 17:37
Sob老师好，已经上传到网盘上，链接如下，谢谢Sob老师

链接：https://pan.baidu.com/s/1G ...

文中说了，必须用IOp(9/40=4)
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377（http://bbs.keinsci.com/thread-5980-1-1.html）

Jameslzy

sobereva 发表于 2021-9-6 22:08
文中说了，必须用IOp(9/40=4)
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377（http:// ...

好的收到，谢谢Sob老师解答，确实疏忽了这个问题，实在不好意思

sobereva

Jameslzy 发表于 2021-9-1 20:00
Sob老师好，模仿您的帖子里面写的生成计算双正交轨道能量需要的NBO .47文件时，计算任务可以正常结束，但是 ...

我今天更新了官网上的Multiwfn，新版本在做双正交化的时候，会问你如何生成轨道能量，如果你选1 Evaluate, using the Fock matrix generated by MO energies and coefficients，则程序直接就会产生Fock矩阵并得到双正交化轨道能量，不再需要从外部文件读取Fock矩阵了，省事多了。

Jameslzy

sobereva 发表于 2021-9-9 08:24
我今天更新了官网上的Multiwfn，新版本在做双正交化的时候，会问你如何生成轨道能量，如果你选1 Evaluate ...

好的好的，十分感谢Sob老师的回复。老师开发Multiwfn真是越来越贴心，十分有助于平时的科研活动，真是太感谢老师了

Jameslzy

Sob老师好，有一个利用Multiwfn和VMD观看分子轨道的问题想请教您一下。我按照您博文中写的把所需文件都生成或者拷贝到VMD的目录下了，但是在载入showcub.vmd的时候感觉可能有点问题，无论是提前把source showcub.vmd写入vmd.rc中还是启动VMD后手动写source showcub.vmd命令，感觉这个文件都没有被载入，输入orb命令的时候一直显示是无效命令。具体情况截图如下，我现在用的vmd.rc文件也附在下面了。想请教下Sob老师这个可能是什么问题，谢谢老师



vmd.rc (1.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2021-9-9 16:20 上传 Uploaded

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sobereva

Jameslzy 发表于 2021-9-9 16:20
Sob老师好，有一个利用Multiwfn和VMD观看分子轨道的问题想请教您一下。我按照您博文中写的把所需文件都生成 ...

是showorb.vmd而不是showcub.vmd，后者是下文用的
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

Jameslzy

sobereva 发表于 2021-9-10 02:27
是showorb.vmd而不是showcub.vmd，后者是下文用的
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方 ...

好的收到，谢谢Sob老师解答，之前没看清楚，实在不好意思。祝Sob老师教师节快乐呀

dingniu2

请问老师，含一个Pt原子的金属配合物，其余原子为碳原子和氮原子，总原子数60个左右，考察此金属配合物与O2的相互作用，若果要用态密度考察Pt的d轨道在金属配合物与O2的相互作用过程中所起到的作用，计算用基组def2-svp，用Multiwfn可以做吗？

sobereva

dingniu2 发表于 2021-10-30 10:47
请问老师，含一个Pt原子的金属配合物，其余原子为碳原子和氮原子，总原子数60个左右，考察此金属配合物与O2 ...

可以
按下文画OPDOS
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482（http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html）

很值得推荐的是用Multiwfn把Wiberg键级分解为原子轨道的贡献，这能讨论得非常准确清楚，见此文的键级部分
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

也可以试试用ETS-NOCV
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

dingniu2

sobereva 发表于 2021-10-30 10:51
可以
按下文画OPDOS
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构

谢谢老师，刚看到“利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系”帖子，请问对于过渡金属配合物布局分析中基函数布局比如Ir原子d轨道，输出显示
500 D0 30(Ir)
501 D+1 30(Ir)
502 D-1 30(Ir)
503 D+2 30(Ir)
504 D-2 30(Ir)
505 D0 30(Ir)
506 D+1 30(Ir)
507 D-1 30(Ir)
508 D+2 30(Ir)
509 D-2 30(Ir)
请问老师：
1. 是否它们都加在一起是Ir原子的d轨道？
2.做态密度时，用的def2-svp基组，定义Ir的d轨道片段写 b 500-509对吗？，谢谢老师！